作為生信分析，由于許多包的相互不兼容，這時可能需要很多下載很多不同版本的R。而遠程使用rstudio-server 來進行編程非常麻煩（1.root權(quán)限 2.不易安裝 3.端...
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
-
vscode 遠程linux R配置（實時圖像配置-debug） -
單細胞轉(zhuǎn)錄組流程一：安裝運行cellranger及結(jié)果解讀
單細胞分析流程之Cell Ranger 相信做單細胞的小伙伴對Cell Ranger這個軟件都不陌生，我們今天就來了解一下Cell Ranger的安裝和使用方法。Cell R...
-
seurat-FindAllMarkers()源碼解析現(xiàn)在回想單細胞項目的一些常規(guī)分析，clusters/groups間的差異表達分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項，F(xiàn)ind...
-
10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）通訊分析之NicheNethello，大家好，今天我們來分享一個做細胞通訊的分析軟件NicheNet，這個軟件最大特點就是預(yù)測配體活性，所以很多文章里都將NicheNet和cellphoneDB聯(lián)合使...
-
流程升級----高精度空間平臺的細胞鄰域分析（固定范圍）
作者，Evil Genius 慢慢的也要把空間的分析升級到高精度平臺了。 群里有人分享自己發(fā)表的文章，說實話，我真心的羨慕，做科研這條路，文章是硬通貨，把自己說的天花亂墜，什...
-
ROGUE： 細胞亞群純度評估在多篇高分文章中都出現(xiàn)了評估細胞亞群純度的內(nèi)容，用到的是張澤民團隊的ROGEU包。提出了一個基于熵的統(tǒng)計量(ROGUE)來準(zhǔn)確地定量鑒定的細胞團的純度，可應(yīng)用于所有測試的sc...
-
課前準(zhǔn)備---空間軌跡作者，Evil Genius 什么是空間軌跡？ 以一個空間位置為起點（例如上圖的交界區(qū)域），沿著固定方向上的細胞、基因表達的變化。 還有如下的分析結(jié)果，沿著相同方向、以相同的...
-
三維蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測之RoseTTAFold雖然我是生信人員，但是我研究生階段做的內(nèi)容跟蛋白結(jié)晶有關(guān)，蛋白的三維結(jié)構(gòu)非常重要，只可惜當(dāng)時的我能力有限，僅僅是用swissmodel模擬一下就算了，下面的圖是我當(dāng)年碩士畢業(yè)...
-
空間轉(zhuǎn)錄組細胞類型的距離分析之二---代碼實現(xiàn)其實我平時很少分享代碼，因為我覺得代碼其實都是抄別人的，沒什么意思，理解最重要，但是現(xiàn)實的情況是，大家需要代碼作為參考 今天我們來分享的是，對細胞類型在空間距離上的分析，也就...
