作為生信分析,由于許多包的相互不兼容,這時可能需要很多下載很多不同版本的R。而遠程使用rstudio-server 來進行編程非常麻煩(1.root權(quán)限 2.不易安裝 3.端...
作為生信分析,由于許多包的相互不兼容,這時可能需要很多下載很多不同版本的R。而遠程使用rstudio-server 來進行編程非常麻煩(1.root權(quán)限 2.不易安裝 3.端...
單細胞分析流程之Cell Ranger 相信做單細胞的小伙伴對Cell Ranger這個軟件都不陌生,我們今天就來了解一下Cell Ranger的安裝和使用方法。Cell R...
現(xiàn)在回想單細胞項目的一些常規(guī)分析,clusters/groups間的差異表達分析(differential expression analysis)幾乎是分析必備項,F(xiàn)ind...
hello,大家好,今天我們來分享一個做細胞通訊的分析軟件NicheNet,這個軟件最大特點就是預(yù)測配體活性,所以很多文章里都將NicheNet和cellphoneDB聯(lián)合使...
作者,Evil Genius 慢慢的也要把空間的分析升級到高精度平臺了。 群里有人分享自己發(fā)表的文章,說實話,我真心的羨慕,做科研這條路,文章是硬通貨,把自己說的天花亂墜,什...
在多篇高分文章中都出現(xiàn)了評估細胞亞群純度的內(nèi)容,用到的是張澤民團隊的ROGEU包。提出了一個基于熵的統(tǒng)計量(ROGUE)來準(zhǔn)確地定量鑒定的細胞團的純度,可應(yīng)用于所有測試的sc...
作者,Evil Genius 什么是空間軌跡? 以一個空間位置為起點(例如上圖的交界區(qū)域),沿著固定方向上的細胞、基因表達的變化。 還有如下的分析結(jié)果,沿著相同方向、以相同的...
雖然我是生信人員,但是我研究生階段做的內(nèi)容跟蛋白結(jié)晶有關(guān),蛋白的三維結(jié)構(gòu)非常重要,只可惜當(dāng)時的我能力有限,僅僅是用swissmodel模擬一下就算了,下面的圖是我當(dāng)年碩士畢業(yè)...
其實我平時很少分享代碼,因為我覺得代碼其實都是抄別人的,沒什么意思,理解最重要,但是現(xiàn)實的情況是,大家需要代碼作為參考 今天我們來分享的是,對細胞類型在空間距離上的分析,也就...