膜拜大神，好用，
1、最后別忘了進(jìn)入服務(wù)器中進(jìn)入R環(huán)境，source("~/.Rprofile")，運(yùn)行剛才設(shè)置的Rprofile。
2、關(guān)了vscode，重新打開vscode，即可實(shí)現(xiàn)：實(shí)時(shí)圖像。
vscode 遠(yuǎn)程linux R配置（實(shí)時(shí)圖像配置-debug）作為生信分析，由于許多包的相互不兼容，這時(shí)可能需要很多下載很多不同版本的R。而遠(yuǎn)程使用rstudio-server 來進(jìn)行編程非常麻煩（1.root權(quán)限 2.不易安裝 3.端...
作為生信分析，由于許多包的相互不兼容，這時(shí)可能需要很多下載很多不同版本的R。而遠(yuǎn)程使用rstudio-server 來進(jìn)行編程非常麻煩（1.root權(quán)限 2.不易安裝 3.端...
單細(xì)胞分析流程之Cell Ranger 相信做單細(xì)胞的小伙伴對(duì)Cell Ranger這個(gè)軟件都不陌生，我們今天就來了解一下Cell Ranger的安裝和使用方法。Cell R...
yyds，永遠(yuǎn)的神，下面這句話寫得太關(guān)鍵了。
作者推薦使用在RNA assay上做差異表達(dá)分析，而不是 SCTransform。
切換到RNA assay，對(duì)原始的基因counts矩陣進(jìn)行NormalizeData和ScaleData，獲取歸一化的seurat_obj[['RNA']]@data后，進(jìn)行差異基因分析。
即使用data數(shù)據(jù)，進(jìn)行差異表達(dá)分析。
seurat-FindAllMarkers()源碼解析現(xiàn)在回想單細(xì)胞項(xiàng)目的一些常規(guī)分析，clusters/groups間的差異表達(dá)分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項(xiàng)，F(xiàn)ind...
現(xiàn)在回想單細(xì)胞項(xiàng)目的一些常規(guī)分析，clusters/groups間的差異表達(dá)分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項(xiàng)，F(xiàn)ind...
hello，大家好，今天我們來分享一個(gè)做細(xì)胞通訊的分析軟件NicheNet，這個(gè)軟件最大特點(diǎn)就是預(yù)測(cè)配體活性，所以很多文章里都將NicheNet和cellphoneDB聯(lián)合使...
作者，Evil Genius 慢慢的也要把空間的分析升級(jí)到高精度平臺(tái)了。 群里有人分享自己發(fā)表的文章，說實(shí)話，我真心的羨慕，做科研這條路，文章是硬通貨，把自己說的天花亂墜，什...
在多篇高分文章中都出現(xiàn)了評(píng)估細(xì)胞亞群純度的內(nèi)容，用到的是張澤民團(tuán)隊(duì)的ROGEU包。提出了一個(gè)基于熵的統(tǒng)計(jì)量(ROGUE)來準(zhǔn)確地定量鑒定的細(xì)胞團(tuán)的純度，可應(yīng)用于所有測(cè)試的sc...
作者，Evil Genius 什么是空間軌跡？ 以一個(gè)空間位置為起點(diǎn)（例如上圖的交界區(qū)域），沿著固定方向上的細(xì)胞、基因表達(dá)的變化。 還有如下的分析結(jié)果，沿著相同方向、以相同的...
雖然我是生信人員，但是我研究生階段做的內(nèi)容跟蛋白結(jié)晶有關(guān)，蛋白的三維結(jié)構(gòu)非常重要，只可惜當(dāng)時(shí)的我能力有限，僅僅是用swissmodel模擬一下就算了，下面的圖是我當(dāng)年碩士畢業(yè)...
其實(shí)我平時(shí)很少分享代碼，因?yàn)槲矣X得代碼其實(shí)都是抄別人的，沒什么意思，理解最重要，但是現(xiàn)實(shí)的情況是，大家需要代碼作為參考 今天我們來分享的是，對(duì)細(xì)胞類型在空間距離上的分析，也就...
細(xì)胞通訊根據(jù)不同細(xì)胞群、不同空間區(qū)域基因表達(dá)的特征，分析兩者之間特異的配受體對(duì)，以此來代表細(xì)胞類型或者空間區(qū)域之間的通訊?？臻g轉(zhuǎn)錄組配受體（Spatial Transcrip...
在我們生物學(xué)的世界里，細(xì)胞類型無論是交流還是位置都是在不斷的變化之中，當(dāng)形成一個(gè)成熟的組織之后，細(xì)胞類型的位置才會(huì)相對(duì)固定，但真正意義上也是一種動(dòng)態(tài)平衡，當(dāng)發(fā)生疾病之后，免疫...
10X空間轉(zhuǎn)錄組這項(xiàng)技術(shù)出現(xiàn)的時(shí)間也有了1年多之久，很多分析的思路也已經(jīng)有了比較深的認(rèn)識(shí)，但是對(duì)于細(xì)胞通訊而言，無論是發(fā)表的文章，還是個(gè)人分析，都還是需要很多的探索，今天我們...
我們做過單細(xì)胞的童鞋們來說，軌跡分析并不陌生，然而如果將單細(xì)胞的軌跡分析結(jié)果運(yùn)用到空間轉(zhuǎn)錄組上，就可以幫助我們了解到細(xì)胞隨著時(shí)間進(jìn)行的過程中，細(xì)胞位置的遷移。其中最常用的方式...
RNA速率分析是一個(gè)非常重要的分析內(nèi)容，我們這里來深入解析一下這個(gè)分析內(nèi)容（python版本，個(gè)人喜歡python），參考網(wǎng)址在Velocyto[https://velocy...
_init_() 所有類的超類object，有一個(gè)默認(rèn)包含pass的init()實(shí)現(xiàn)，這個(gè)函數(shù)會(huì)在對(duì)象初始化的時(shí)候調(diào)用，我們可以選擇實(shí)現(xiàn)，也可以選擇不實(shí)現(xiàn)，一般建議是實(shí)現(xiàn)的，...
（3）刪除部分spot
這部分寫得挺好的，獲益匪淺，點(diǎn)贊。??
空間轉(zhuǎn)錄組-多樣本數(shù)據(jù)合并分析1. 讀入單個(gè)樣本 2. 合并數(shù)據(jù) 這里補(bǔ)充一點(diǎn)更新：合并空間數(shù)據(jù)后hvg怎么處理？從github上參考作者回復(fù)，有個(gè)函數(shù)來生成整體的hvg Yes, we do recom...
1. 讀入單個(gè)樣本 2. 合并數(shù)據(jù) 這里補(bǔ)充一點(diǎn)更新：合并空間數(shù)據(jù)后hvg怎么處理？從github上參考作者回復(fù)，有個(gè)函數(shù)來生成整體的hvg Yes, we do recom...
