膜拜大神，好用，
1、最后別忘了進入服務(wù)器中進入R環(huán)境，source("~/.Rprofile")，運行剛才設(shè)置的Rprofile。
2、關(guān)了vscode，重新打開vscode，即可實現(xiàn)：實時圖像。
vscode 遠程linux R配置（實時圖像配置-debug）作為生信分析，由于許多包的相互不兼容，這時可能需要很多下載很多不同版本的R。而遠程使用rstudio-server 來進行編程非常麻煩（1.root權(quán)限 2.不易安裝 3.端...
作為生信分析，由于許多包的相互不兼容，這時可能需要很多下載很多不同版本的R。而遠程使用rstudio-server 來進行編程非常麻煩（1.root權(quán)限 2.不易安裝 3.端...
單細胞分析流程之Cell Ranger 相信做單細胞的小伙伴對Cell Ranger這個軟件都不陌生，我們今天就來了解一下Cell Ranger的安裝和使用方法。Cell R...
yyds，永遠的神，下面這句話寫得太關(guān)鍵了。
作者推薦使用在RNA assay上做差異表達分析，而不是 SCTransform。
切換到RNA assay，對原始的基因counts矩陣進行NormalizeData和ScaleData，獲取歸一化的seurat_obj[['RNA']]@data后，進行差異基因分析。
即使用data數(shù)據(jù)，進行差異表達分析。
seurat-FindAllMarkers()源碼解析現(xiàn)在回想單細胞項目的一些常規(guī)分析，clusters/groups間的差異表達分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項，F(xiàn)ind...
現(xiàn)在回想單細胞項目的一些常規(guī)分析，clusters/groups間的差異表達分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項，F(xiàn)ind...
hello，大家好，今天我們來分享一個做細胞通訊的分析軟件NicheNet，這個軟件最大特點就是預(yù)測配體活性，所以很多文章里都將NicheNet和cellphoneDB聯(lián)合使...
作者，Evil Genius 慢慢的也要把空間的分析升級到高精度平臺了。 群里有人分享自己發(fā)表的文章，說實話，我真心的羨慕，做科研這條路，文章是硬通貨，把自己說的天花亂墜，什...
在多篇高分文章中都出現(xiàn)了評估細胞亞群純度的內(nèi)容，用到的是張澤民團隊的ROGEU包。提出了一個基于熵的統(tǒng)計量(ROGUE)來準確地定量鑒定的細胞團的純度，可應(yīng)用于所有測試的sc...
作者，Evil Genius 什么是空間軌跡？ 以一個空間位置為起點（例如上圖的交界區(qū)域），沿著固定方向上的細胞、基因表達的變化。 還有如下的分析結(jié)果，沿著相同方向、以相同的...
雖然我是生信人員，但是我研究生階段做的內(nèi)容跟蛋白結(jié)晶有關(guān)，蛋白的三維結(jié)構(gòu)非常重要，只可惜當時的我能力有限，僅僅是用swissmodel模擬一下就算了，下面的圖是我當年碩士畢業(yè)...
其實我平時很少分享代碼，因為我覺得代碼其實都是抄別人的，沒什么意思，理解最重要，但是現(xiàn)實的情況是，大家需要代碼作為參考 今天我們來分享的是，對細胞類型在空間距離上的分析，也就...
細胞通訊根據(jù)不同細胞群、不同空間區(qū)域基因表達的特征，分析兩者之間特異的配受體對，以此來代表細胞類型或者空間區(qū)域之間的通訊?？臻g轉(zhuǎn)錄組配受體（Spatial Transcrip...
在我們生物學(xué)的世界里，細胞類型無論是交流還是位置都是在不斷的變化之中，當形成一個成熟的組織之后，細胞類型的位置才會相對固定，但真正意義上也是一種動態(tài)平衡，當發(fā)生疾病之后，免疫...
10X空間轉(zhuǎn)錄組這項技術(shù)出現(xiàn)的時間也有了1年多之久，很多分析的思路也已經(jīng)有了比較深的認識，但是對于細胞通訊而言，無論是發(fā)表的文章，還是個人分析，都還是需要很多的探索，今天我們...
我們做過單細胞的童鞋們來說，軌跡分析并不陌生，然而如果將單細胞的軌跡分析結(jié)果運用到空間轉(zhuǎn)錄組上，就可以幫助我們了解到細胞隨著時間進行的過程中，細胞位置的遷移。其中最常用的方式...
RNA速率分析是一個非常重要的分析內(nèi)容，我們這里來深入解析一下這個分析內(nèi)容（python版本，個人喜歡python），參考網(wǎng)址在Velocyto[https://velocy...
_init_() 所有類的超類object，有一個默認包含pass的init()實現(xiàn)，這個函數(shù)會在對象初始化的時候調(diào)用，我們可以選擇實現(xiàn)，也可以選擇不實現(xiàn)，一般建議是實現(xiàn)的，...
（3）刪除部分spot
這部分寫得挺好的，獲益匪淺，點贊。??
空間轉(zhuǎn)錄組-多樣本數(shù)據(jù)合并分析1. 讀入單個樣本 2. 合并數(shù)據(jù) 這里補充一點更新：合并空間數(shù)據(jù)后hvg怎么處理？從github上參考作者回復(fù)，有個函數(shù)來生成整體的hvg Yes, we do recom...
1. 讀入單個樣本 2. 合并數(shù)據(jù) 這里補充一點更新：合并空間數(shù)據(jù)后hvg怎么處理？從github上參考作者回復(fù)，有個函數(shù)來生成整體的hvg Yes, we do recom...
