發(fā)簡(jiǎn)信
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學(xué)習(xí)筆記目錄開(kāi)個(gè)帖子整理一下自己的生信學(xué)習(xí)筆記目錄，方便日后查看：最近更新：2022.07.03 bulk RNA-seq: 實(shí)戰(zhàn)系列: RNA-seq入門...
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啥是向量、數(shù)據(jù)框、因子？搞不懂這仨，R語(yǔ)言真的白學(xué)了
你是不是也有過(guò)這種經(jīng)歷：興沖沖地打開(kāi)RStudio，敲了一行 read.csv，數(shù)據(jù)是讀進(jìn)來(lái)了，可接下來(lái)就懵了——想提某一列出來(lái)不知道怎么弄，想...
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2026版RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（五）：差異分析前的準(zhǔn)備——數(shù)據(jù)檢查本節(jié)概覽：數(shù)據(jù)預(yù)處理, 進(jìn)行樣本間具有可比性boxplot查看樣本的基因整體表達(dá)情況查看不同分組的聚類情況：樣本hclust 圖、距離熱圖、PC...
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2026版RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（四）：從featureCounts輸出文件獲取counts矩陣本節(jié)概覽：從featureCounts輸出文件中獲取counts與TPM矩陣:讀取counts.txt構(gòu)建counts矩陣；樣品的重命名和分組；...
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告別Error：R包安裝報(bào)錯(cuò)？這篇萬(wàn)能排錯(cuò)手冊(cè)請(qǐng)收好
還記得你第一次在R里裝包嗎？滿心歡喜敲下 install.packages("DESeq2")，回車一按，就會(huì)刷出滿屏紅字：“Error in ...
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2026版RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（三）：下游R環(huán)境設(shè)置本節(jié)概覽：R下RNA-seq環(huán)境創(chuàng)建R與Rstudio下載安裝、Bioconductor與R包下載 承接上節(jié)2026版RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（二...
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2026版RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（二）：上游數(shù)據(jù)的比對(duì)計(jì)數(shù)——Hisat2+ featureCounts本節(jié)概覽：獲取hisat2索引文件：直接下載與本地創(chuàng)建hisat2比對(duì)和samtools格式轉(zhuǎn)化featureCounts計(jì)數(shù)得到counts表...
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Ubuntu安裝——Windows子系統(tǒng)WSL的體驗(yàn)與配置前言：為什么選擇Windows子系統(tǒng)Windows Subsystem for Linux (WSL)，即Windows的linux子系統(tǒng)，可在...
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2026版RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（一）：GEO數(shù)據(jù)下載、格式轉(zhuǎn)化和質(zhì)控清洗本節(jié)概覽：1.在文章中找到 GEO accession number, 從NCBI獲取數(shù)據(jù)SRR號(hào)2.在linux中使用prefetch命令根據(jù)...