開(kāi)個(gè)帖子整理一下自己的生信學(xué)習(xí)筆記目錄,方便日后查看:最近更新:2022.07.03 bulk RNA-seq: 實(shí)戰(zhàn)系列: RNA-seq入門...
你是不是也有過(guò)這種經(jīng)歷:興沖沖地打開(kāi)RStudio,敲了一行 read.csv,數(shù)據(jù)是讀進(jìn)來(lái)了,可接下來(lái)就懵了——想提某一列出來(lái)不知道怎么弄,想...
本節(jié)概覽:數(shù)據(jù)預(yù)處理, 進(jìn)行樣本間具有可比性boxplot查看樣本的基因整體表達(dá)情況查看不同分組的聚類情況:樣本hclust 圖、距離熱圖、PC...
本節(jié)概覽:從featureCounts輸出文件中獲取counts與TPM矩陣:讀取counts.txt構(gòu)建counts矩陣;樣品的重命名和分組;...
還記得你第一次在R里裝包嗎?滿心歡喜敲下 install.packages("DESeq2"),回車一按,就會(huì)刷出滿屏紅字:“Error in ...
本節(jié)概覽:R下RNA-seq環(huán)境創(chuàng)建R與Rstudio下載安裝、Bioconductor與R包下載 承接上節(jié)2026版RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)(二...
本節(jié)概覽:獲取hisat2索引文件:直接下載與本地創(chuàng)建hisat2比對(duì)和samtools格式轉(zhuǎn)化featureCounts計(jì)數(shù)得到counts表...
前言:為什么選擇Windows子系統(tǒng)Windows Subsystem for Linux (WSL),即Windows的linux子系統(tǒng),可在...
本節(jié)概覽:1.在文章中找到 GEO accession number, 從NCBI獲取數(shù)據(jù)SRR號(hào)2.在linux中使用prefetch命令根據(jù)...