你是不是也覺得—— GraphPad很好用，但一到組圖排版、配色微調、個性化注釋，就開始頭疼。更別提正版軟件的付費提醒時不時彈出來，實驗室還只有一臺電腦有裝。 其實，在R語言...
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SCI繪圖革命：扔掉GraphPad，用R繪出可編輯的箱線圖與散點圖 -
2026版RNA-seq入門實戰(zhàn)（十一）：2026版WGCNA加權基因共表達網(wǎng)絡分析——關聯(lián)基因模塊與表型本節(jié)概覽1. WGCNA基本概念：定義、關鍵術語、基本流程、一些注意事項2. WGCNA運行：?輸入數(shù)據(jù)準備①判斷數(shù)據(jù)質量，繪制樣品的系統(tǒng)聚類樹②挑選最佳閾值power③ 構...
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2026版RNA-seq入門實戰(zhàn)（十）：PPI蛋白互作網(wǎng)絡構建（下）——Cytoscape軟件的使用本節(jié)概覽：1. Cytoscape 軟件基本介紹2. 數(shù)據(jù)導入：蛋白互作節(jié)點信息導入、其他注釋信息的導入3. PPI網(wǎng)絡圖繪制：?選取部分節(jié)點展示 ?Analyse Netw...
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2026版RNA-seq入門實戰(zhàn)（九）：PPI蛋白互作網(wǎng)絡構建（上）——STRING數(shù)據(jù)庫的使用本節(jié)概覽：1.STRING數(shù)據(jù)庫基本介紹2.STRING R語言版——STRINGdb的使用：①STRINGdb數(shù)據(jù)庫導入 ②獲取STRING_id ③PPI繪制④clust...
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數(shù)據(jù)清洗的藝術：dplyr五大金剛函數(shù)，幫你省下80%的Excel時間
你是不是也這樣—— 拿到一個RNA-seq表達矩陣，想干幾件再正常不過的事： ——只要p值小于0.05的基因； ——按表達量從高到低排個序； ——把重復的基因行去掉； ——按...
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2026版RNA-seq入門實戰(zhàn)（八）：GSEA——基因集富集分析本節(jié)概覽：1.GSEA簡單介紹2.創(chuàng)建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clusterProfiler進行GS...
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2026版RNA-seq入門實戰(zhàn)（七）：GO、KEGG富集分析與enrichplot超全可視化攻略本節(jié)概覽：1.獲取DEG結果的上下調差異基因2.bitr()函數(shù)轉化基因名為entrez ID3.利用clusterProfiler進行KEGG與GO富集4.用enrichp...
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2026版RNA-seq入門實戰(zhàn)（六）：差異分析——DESeq2 edgeR limma的使用與比較本節(jié)概覽：1.DESeq2、 edgeR、limma的使用2.三類差異分析軟件的結果比較——相關性、韋恩圖3.選取差異基因繪制火山圖和熱圖ps:本次分析示例文件可在關注后私信...
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別再雙擊打開文件了！用R優(yōu)雅讀取和預覽你的基因表達矩陣從公司拿到的RNA-seq表達矩陣，習慣性雙擊，Excel打開，然后卻突然發(fā)現(xiàn)： 第一列基因名全變成日期； 好幾列的數(shù)字后面自動加了小數(shù)點； 文件太大，滾動半天還找不到最后一...
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啥是向量、數(shù)據(jù)框、因子？搞不懂這仨，R語言真的白學了
你是不是也有過這種經(jīng)歷：興沖沖地打開RStudio，敲了一行 read.csv，數(shù)據(jù)是讀進來了，可接下來就懵了——想提某一列出來不知道怎么弄，想把它變成分組信息結果全變成數(shù)字...
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2026版RNA-seq入門實戰(zhàn)（五）：差異分析前的準備——數(shù)據(jù)檢查本節(jié)概覽：數(shù)據(jù)預處理, 進行樣本間具有可比性boxplot查看樣本的基因整體表達情況查看不同分組的聚類情況：樣本hclust 圖、距離熱圖、PCA圖、差異基因熱圖、相關性熱圖...
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2026版RNA-seq入門實戰(zhàn)（四）：從featureCounts輸出文件獲取counts矩陣本節(jié)概覽：從featureCounts輸出文件中獲取counts與TPM矩陣:讀取counts.txt構建counts矩陣；樣品的重命名和分組；counts與TPM轉換；基因...
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告別Error：R包安裝報錯？這篇萬能排錯手冊請收好
還記得你第一次在R里裝包嗎？滿心歡喜敲下 install.packages("DESeq2")，回車一按，就會刷出滿屏紅字：“Error in install.package...
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2026版RNA-seq入門實戰(zhàn)（三）：下游R環(huán)境設置本節(jié)概覽：R下RNA-seq環(huán)境創(chuàng)建R與Rstudio下載安裝、Bioconductor與R包下載 承接上節(jié)2026版RNA-seq入門實戰(zhàn)（二）：上游數(shù)據(jù)的比對計數(shù)——Hi...
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2026版RNA-seq入門實戰(zhàn)（二）：上游數(shù)據(jù)的比對計數(shù)——Hisat2+ featureCounts本節(jié)概覽：獲取hisat2索引文件：直接下載與本地創(chuàng)建hisat2比對和samtools格式轉化featureCounts計數(shù)得到counts表達矩陣 承接上節(jié)2026版RN...
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2026版RNA-seq入門實戰(zhàn)（零）（補充）Ubuntu安裝——Windows子系統(tǒng)WSL的體驗與配置前言：為什么選擇Windows子系統(tǒng)Windows Subsystem for Linux (WSL)，即Windows的linux子系統(tǒng)，可在win系統(tǒng)中無縫切換使用lin...
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2026版RNA-seq入門實戰(zhàn)（一）：GEO數(shù)據(jù)下載、格式轉化和質控清洗本節(jié)概覽：1.在文章中找到 GEO accession number, 從NCBI獲取數(shù)據(jù)SRR號2.在linux中使用prefetch命令根據(jù)SRR號下載SRA文件3.使用...