開始操作 第一步：準備原始測序數(shù)據(jù) 我們下載第一個：GSE106273_RAW.tar（183.5 Mb）[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/...
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使用merge整合多組單細胞數(shù)據(jù) -
單細胞之富集分析-1：單細胞GSEA分析流程單細胞GSEA分析需要的文件有兩個：1. 單細胞基因表達變化數(shù)據(jù)（兩列，一列是geneid/gene symbol，一列是logFC）（文件格式：.rnk）2. 目標基因集（...
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使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第十四章)本文首發(fā)于我的個人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章) 使用ArchR分析單細胞ATAC-...
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使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第十二章)本文首發(fā)于我的個人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章) 使用ArchR分析單細胞ATAC-...
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使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第十章)本文首發(fā)于我的個人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章) 使用ArchR分析單細胞ATAC-...
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單/多個基因在組間同時展示的多種選擇：分組小提琴圖、分組/分面柱狀圖、單基因蜂群點圖拼圖繪制這是ggplot2可視化專題的第二個實例操作 【ggplot2的基本思路見前文總論】：基于ggplot2的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組可視化：總述和分文目錄 【ggplot2繪圖具體...
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單細胞CNV分析——inferCNV 結(jié)果再挖計算每個細胞的CNV score或者判斷每個細胞是否是癌細胞 文獻《Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heteroge...
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基于單細胞測序的蛋白活性推斷（PISCES）分析流程筆記，凎！
寫在前面 感謝califano-lab[https://github.com/califano-lab]團隊將代碼無私的分享出來=。=！ 本流程需要一點點R語言與linux基...
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相關(guān)性分析 | R語言 -- 相關(guān)性矩陣及可視化感謝各位簡友一直的關(guān)注。 請關(guān)注：感謝陪伴[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg4MjY2NTA2Nw==&mid=2247483891&...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負了努力
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RNA-seq數(shù)據(jù)分析---方法學文章的實戰(zhàn)練習前言 這次給大家?guī)淼氖?6年發(fā)表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇處理RNA-seq數(shù)據(jù)的文章：Transcript-level expression analy...
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IsoformSwitchAnalyzeR 可變剪切分析曾經(jīng)我用 rMATS 進行可變剪切分析，現(xiàn)在我覺得 IsoformSwitchAnalyzeR 更香。 IsoformSwitchAnalyzeR 功能總結(jié)如下。 In su...
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KM生存分析如何取最佳的cutoffKM生存分析 如何取最佳cutoff KM生存分析中通常取中位值作為cutoff，但也并不一定是這樣 必要時可以選擇最佳的cutoff值，如何實現(xiàn)？ ### survival...
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R做GSEA富集分析首先感謝Y叔的clusterprofiler神包，做富集分析優(yōu)點是在線爬取數(shù)據(jù)，結(jié)果很可信，但是缺點也是網(wǎng)絡(luò)問題，網(wǎng)絡(luò)差點就要等很久，不過GSEA有自帶GMT文件，因此下載好...
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R語言入門筆記5-數(shù)據(jù)整理dplyr包
根據(jù)dplyr包的幫助文檔，來學習dplyr包 示例數(shù)據(jù)集：nycflights13包中的flights 函數(shù)：filter():根據(jù)變量對數(shù)據(jù)進行過濾篩選arrange()...
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生信小白教程之Count轉(zhuǎn)TPM，F(xiàn)PKM相信很多科研工作者（不包括比我厲害的大佬們）在做轉(zhuǎn)錄組時，都是在公司做測序，然后數(shù)據(jù)也交給公司分析，又然后，期待做個差異分析，得出像下圖那么完美的熱圖。 然而，然而，，我們得...
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R-ggplot2-箱圖系列（2） 注釋P值與組間比較R-ggplot2-箱圖系列（1） basic - 簡書 (jianshu.com)[http://www.itdecent.cn/p/bafbd08b28ef]R-ggp...
