GSEA的介紹：https://www.omicsclass.com/article/230GSEA有相應(yīng)的軟件，其實(shí)clusterProfiler除了做go term 富集...
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用clusterProfiler做GSEA（一） -
R繪制維恩圖 —— ggvenn韋恩圖，Venn diagram，常用圖的一種，用來展示集合之間的特異性和共同性。現(xiàn)在有很多在線的網(wǎng)站都可以繪制，但是R來畫也方便，其中g(shù)gvenn是基于ggplot2的專門...
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AUCell：計算單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的每個細(xì)胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細(xì)胞rna數(shù)據(jù)集中識別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細(xì)胞。AUCell使用曲線下面積來計算輸入基因集的一個關(guān)鍵子集是...
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從GO數(shù)據(jù)庫找基因集合做AUCellAUCell 1.提取指定GOterm的基因 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7606976/[https://ww...
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WGCNA實(shí)例分析及解讀（附代碼）WGCNA分析基于兩個假設(shè)：1.相似表達(dá)模式的基因可能存在共調(diào)控、功能相關(guān)或處于同一通路，2.基因網(wǎng)絡(luò)符合無尺度分布。基于這兩點(diǎn)，可以將基因網(wǎng)絡(luò)根據(jù)表達(dá)相似性劃分為不同的模塊...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞通訊：cellchat這篇文章在2020年7月上傳到了bioRxiv（Inference and analysis of cell-cell communication using CellCha...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組高級分析五：GSEA與GSVA分析
以下文章來源于生信會客廳[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1Njk4ODE0MQ==&mid=2247488442&idx=1&sn=...
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【W(wǎng)GCNA】WGCNA學(xué)習(xí)（一）其實(shí)我一直沒用過WGCNA，因?yàn)榉治鼍W(wǎng)絡(luò)的方法有很多，但是大家好像都更愛用這個。最近幫人分析的幾組數(shù)據(jù)，他們指名要用WGCNA分析，所以就學(xué)習(xí)一下。 =======WGCNA...
