一、背景介紹 一個R/MATLAB/Python軟件包，用于對單細胞基因調(diào)控網(wǎng)絡進行虛擬敲除實驗。scTenifoldKnk 是一種機器學習工作流程。該方法通過構(gòu)建基因共表達...
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細胞基因虛擬敲除-scTenifoldKnk -
monocle3擬時分析導讀語 你是否想通過單細胞數(shù)據(jù)揭示細胞命運的動態(tài)變化，卻對復雜的軌跡分析感到無從下手？本文是一份面向生物信息學初學者的 Monocle3 擬時分析實戰(zhàn)指南。文章不僅清晰地對比...
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一文學會單細胞轉(zhuǎn)錄組的CellRanger（二）前面說了cellranger安裝和一些簡單的使用，我們繼續(xù)看一下cellranger的結(jié)果。一文學會單細胞轉(zhuǎn)錄組的CellRanger（一） - 簡書 (jianshu.co...
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R包安裝時報錯 package xxx is not available (for R versionXXX)
Warning in install.packages :package ‘STRINGdb’ is not available (for R version 4.0.2) ...
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單細胞量化代謝活性-scMetabolism一、scMetabolism的安裝 scMetabolism是一個R包，用于在單細胞分辨率下量化代謝活性，目前只適用于物種是人的單細胞數(shù)據(jù)。作者推薦使用seurat的數(shù)據(jù)進行...
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一文學會單細胞轉(zhuǎn)錄組的CellRanger（一）一、什么是Cell Ranger？ Cell Ranger 是一組分析管道，用于處理 Chromium 單細胞數(shù)據(jù)，將fastq原始數(shù)據(jù)經(jīng)過比對等、生成表達定量矩陣、執(zhí)行聚類...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負了努力
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sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程: Using sctransform in Seurat本教程介紹了Seurat包與sctransform 包一起分析時候的一般方法。首先你也許會問：sctransform包是用來干嘛的？ 這是一個值得關心和探討的問題，我也將做一...
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ChIP-Seq——MAnorm差異分析
一、 MANorm介紹 MAnorm是一個穩(wěn)健的模型，用于定量比較 TF（轉(zhuǎn)錄因子）或表觀遺傳修飾的 ChIP-Seq 數(shù)據(jù)集。MAnorm 使用兩個樣本的共同峰作為參考來建...
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Seurat的打分函數(shù)AddMouduleScore在讀張澤民老師發(fā)表的新冠文獻的時候看到計算免疫細胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函數(shù)...
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秘籍 | 驚了，使用aspera下載SRA數(shù)據(jù)速度高達 291Mb/s
2024年5月20日更新：目前大家可以參考這篇??，更加方便：生信 | 超便捷！iSeq同時支持快速下載GSA/SRA/ENA的數(shù)據(jù)[https://www.jianshu.c...
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單細胞免疫組庫VDJ——scRepertoire （四）一、介紹 scRepertoire 旨在從 10x Genomics Cell Ranger 管道中獲取過濾器 contig 輸出，處理該數(shù)據(jù)以根據(jù)兩個 TCR 或 Ig 鏈...
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Rcis Target：基因集找其調(diào)控因子和motif寫在前面：今天學習了Rcis Target這個包，每一次在學習一個包之前，苦惱和痛苦是不知道這個R包用來do for what？why to do？今天看了https://w...
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這個和服務器網(wǎng)絡有關系
KEGGREST使用方法
一、介紹 KEGG[https://www.kegg.jp/kegg/] 是一個數(shù)據(jù)庫資源，用于從分子水平信息，特別是基因組測序和其他高通量產(chǎn)生的大規(guī)模分子數(shù)據(jù)集，了解生物系...
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非模式物種KEGG富集數(shù)據(jù)庫準備（二）一、KEGG數(shù)據(jù)下載 1、先進入官網(wǎng)：https://www.kegg.jp/[https://www.kegg.jp/] 2、進入KO (KEGG ORTHOLOGY) D...
