發(fā)簡(jiǎn)信
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芯片數(shù)據(jù)和RNA-seq的差異分析流程由于太久沒有分析過bulk數(shù)據(jù)了，前幾天突然被要求分析一個(gè)文章的數(shù)據(jù)時(shí)有點(diǎn)亂了手腳，所以在這里想總結(jié)一下關(guān)于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程。...
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CIBERSORT：反卷積推測(cè)bulk中的細(xì)胞類型五一學(xué)了一個(gè)新的分析方法-CIBERSORT，這個(gè)包其實(shí)很早就想學(xué)的，因?yàn)楝F(xiàn)在一般的單細(xì)胞文章的套路，很難不用到它，那么它能干什么呢？它能夠推測(cè)...
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單細(xì)胞差異基因展示圖最近看到一個(gè)公眾號(hào)，分享了一個(gè)圖片，公眾號(hào)的名字為西紅柿的空間轉(zhuǎn)錄組，代碼均來著這個(gè)公眾號(hào)，廢話不多說，先看看圖長(zhǎng)什么樣 直接上代碼 加載數(shù)據(jù)與...
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ComplexHeatmap：在熱圖上把基因標(biāo)記出來今天給大家介紹一個(gè)很強(qiáng)大的包，這個(gè)包我也是只是學(xué)了冰山一角，更多的功能還是需要多查一些資料。想必大家看文章經(jīng)常看見這種比較漂亮的圖片吧 哦豁，這...
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Monocle3：擬時(shí)序分析寫在前面：今天突然想寫這個(gè)教程，花了一下午看資料，其實(shí)我前面是有一些基礎(chǔ)的，但是看的還是會(huì)很亂，所以想把這個(gè)包的脈絡(luò)寫一下，希望能夠可以跟大家討...
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SCENIC-轉(zhuǎn)錄因子分析
今天寫一篇關(guān)于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子的分析-scenic在做分析之前你應(yīng)該看一下這篇文獻(xiàn)，看看別人做了什么scenic分析《Single-cell RN...
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Rcis Target：基因集找其調(diào)控因子和motif寫在前面：今天學(xué)習(xí)了Rcis Target這個(gè)包，每一次在學(xué)習(xí)一個(gè)包之前，苦惱和痛苦是不知道這個(gè)R包用來do for what？why to d...
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簡(jiǎn)書創(chuàng)作淺顯的簡(jiǎn)書創(chuàng)作格式的講解，適用人群為想在簡(jiǎn)書上寫/分享代碼的好同學(xué) 1.理解簡(jiǎn)書的兩種編輯器 簡(jiǎn)書有兩種編輯器，一種是富文本編輯器，還有一種是M...
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AUCell:單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組中識(shí)別每一個(gè)細(xì)胞對(duì)某個(gè)通路的富集程度AUCell：能夠看出某個(gè)通路在細(xì)胞中的激活情況，在文章中可以用于差異比較，即這個(gè)通路多數(shù)在巨噬細(xì)胞中激活，而在其他細(xì)胞群中不激活 1.R包的下...