許久未回簡書平臺(tái),臨近假期,又到了學(xué)習(xí)新知識(shí)的時(shí)間 關(guān)于科研中,植物科學(xué)常見的分析問題,有了些許經(jīng)驗(yàn)和沉淀,那就等待假期慢慢更新吧 私信和郵件會(huì)慢慢回復(fù),希望能對(duì)疑惑有所幫助...
許久未回簡書平臺(tái),臨近假期,又到了學(xué)習(xí)新知識(shí)的時(shí)間 關(guān)于科研中,植物科學(xué)常見的分析問題,有了些許經(jīng)驗(yàn)和沉淀,那就等待假期慢慢更新吧 私信和郵件會(huì)慢慢回復(fù),希望能對(duì)疑惑有所幫助...
I have a Python, I have a BEDTools.Ah,pybedtools!原文:https://www.cnblogs.com/huanping/p/...
該教程分為2部分,第2部分在:miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline:從raw reads,鑒定已知miRNA-預(yù)測新miRNA,到表達(dá)矩陣【二】 因?yàn)橹芭龅?..
最近停了一下 學(xué)習(xí)了表觀遺傳的課程,相關(guān)的測序原理,比對(duì)算法思路,以及應(yīng)用到具體操作中一些參數(shù)的意義 還是要整理一下,接下來一周多,我會(huì)在學(xué)習(xí)python的同時(shí),整理我全部的...
前幾天,基本每天一邊做事情一邊帶陳及時(shí)。陳及時(shí)的作息時(shí)間比較規(guī)律,只是每天晚上要等到23:30之后才會(huì)睡覺。當(dāng)然,這個(gè)是我們以前給他養(yǎng)成的習(xí)慣。有一天晚上,確實(shí)是很困。當(dāng)然也...
寫在前面 TBtools已經(jīng)拆除了絕大部分生信分析的門檻,讓眾多濕實(shí)驗(yàn)工作者們(無代碼基礎(chǔ))可以暢快地分析他們的數(shù)據(jù)。 不求人非常爽! 不用跟公司低效溝通分析細(xì)節(jié)非常爽! 很...
這里是佳奧! 這里記錄一些我使用GSAman 的心得。 1、.gsaman文件 選擇一個(gè).gff3文件,直接修改文件后綴為.gff3.gsaman 把修改后綴的文件拖入即可,...
這里是佳奧!多一個(gè)工具多一種方法,除了R語言,下游分析的方法還有很多很多。 這里記錄一些我使用TBtools的心得。 1 、安裝 2、手冊(cè) 3、熱圖 按住Alt水平或豎直方向...
這里是佳奧!這一部分是Linux常用的命令。 1、釋放WSL2子系統(tǒng)空間 2、刪除進(jìn)程 3、改命令行配色 4、啟動(dòng)ssh服務(wù) 5、conda鏡像: 6、啟動(dòng)conda進(jìn)程 7...
這里是佳奧!新的一年,ATAC-Seq的學(xué)習(xí)也進(jìn)入了尾聲。 讓我們開始吧! 1 peaks注釋 統(tǒng)計(jì)peak在promoter,exon,intron和intergenic區(qū)...
這里是佳奧! 2022年的最后一天,讓我們繼續(xù)ATAC-Seq的學(xué)習(xí)! 1 計(jì)算插入片段長度 非冗余非線粒體能夠比對(duì)的fragment、比對(duì)率、NRF、PBC1、PBC2、p...
前言 ATAC-seq/ChIP-Seq中重復(fù)樣本的處理ATAC-Seq要求必須有2次或更多次生物學(xué)重復(fù)(十分珍貴或者稀有樣本除外,但必須做至少2次技術(shù)重復(fù))。理論上重復(fù)樣本...
這個(gè)是有讀者在B站給我的留言問到的問題 熱圖每隔三行分開一小段 怎么實(shí)現(xiàn)?我最開始的想法是用ggplot2來做,將數(shù)據(jù)拆分,每三行數(shù)據(jù)做一個(gè)圖,最后采取拼圖的方式來實(shí)現(xiàn)。 后...
基因組組裝之前,有一些問題還是需要注意的, genome size是多少? 評(píng)估得到的genome heterozygosity是多少? 重復(fù)序列的占比是多少? 可以系統(tǒng)性地...
這里是佳奧!我們繼續(xù)clean數(shù)據(jù)的比對(duì)。 1 使用bowtie2進(jìn)行比對(duì) 用bowtie2進(jìn)行比對(duì)和統(tǒng)計(jì)比對(duì)率, 需要提前下載參考基因組然后使用命令構(gòu)建索引,或者直接就下載...