許久未回簡書平臺(tái)，臨近假期，又到了學(xué)習(xí)新知識(shí)的時(shí)間 關(guān)于科研中，植物科學(xué)常見的分析問題，有了些許經(jīng)驗(yàn)和沉淀，那就等待假期慢慢更新吧 私信和郵件會(huì)慢慢回復(fù)，希望能對(duì)疑惑有所幫助...
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2023-11-25
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【pybedtools】在Python中使用BEDTools功能
I have a Python, I have a BEDTools.Ah,pybedtools!原文：https://www.cnblogs.com/huanping/p/...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預(yù)測新miRNA，到表達(dá)矩陣【一】該教程分為2部分，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預(yù)測新miRNA，到表達(dá)矩陣【二】 因?yàn)橹芭龅?..
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2023-01-15
最近停了一下 學(xué)習(xí)了表觀遺傳的課程，相關(guān)的測序原理，比對(duì)算法思路，以及應(yīng)用到具體操作中一些參數(shù)的意義 還是要整理一下，接下來一周多，我會(huì)在學(xué)習(xí)python的同時(shí)，整理我全部的...
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自省 | 保持理性，控制情緒
前幾天，基本每天一邊做事情一邊帶陳及時(shí)。陳及時(shí)的作息時(shí)間比較規(guī)律，只是每天晚上要等到23:30之后才會(huì)睡覺。當(dāng)然，這個(gè)是我們以前給他養(yǎng)成的習(xí)慣。有一天晚上，確實(shí)是很困。當(dāng)然也...
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Seurat | 我用「TBtools」學(xué)會(huì)了「單細(xì)胞測序」數(shù)據(jù)分析寫在前面 TBtools已經(jīng)拆除了絕大部分生信分析的門檻，讓眾多濕實(shí)驗(yàn)工作者們（無代碼基礎(chǔ)）可以暢快地分析他們的數(shù)據(jù)。 不求人非常爽！ 不用跟公司低效溝通分析細(xì)節(jié)非常爽！ 很...
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【GSAman 使用記錄】
這里是佳奧！ 這里記錄一些我使用GSAman 的心得。 1、.gsaman文件 選擇一個(gè).gff3文件，直接修改文件后綴為.gff3.gsaman 把修改后綴的文件拖入即可，...
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【TBtools 使用記錄】
這里是佳奧！多一個(gè)工具多一種方法，除了R語言，下游分析的方法還有很多很多。 這里記錄一些我使用TBtools的心得。 1 、安裝 2、手冊(cè) 3、熱圖 按住Alt水平或豎直方向...
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【linux 常用】
這里是佳奧！這一部分是Linux常用的命令。 1、釋放WSL2子系統(tǒng)空間 2、刪除進(jìn)程 3、改命令行配色 4、啟動(dòng)ssh服務(wù) 5、conda鏡像： 6、啟動(dòng)conda進(jìn)程 7...
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【ATAC-Seq 實(shí)戰(zhàn)】五、peaks、motif注釋這里是佳奧！新的一年，ATAC-Seq的學(xué)習(xí)也進(jìn)入了尾聲。 讓我們開始吧！ 1 peaks注釋 統(tǒng)計(jì)peak在promoter，exon，intron和intergenic區(qū)...
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【ATAC-Seq 實(shí)戰(zhàn)】四、計(jì)算插入片段長度，F(xiàn)RiP，IDR值與deeptools可視化這里是佳奧！ 2022年的最后一天，讓我們繼續(xù)ATAC-Seq的學(xué)習(xí)！ 1 計(jì)算插入片段長度 非冗余非線粒體能夠比對(duì)的fragment、比對(duì)率、NRF、PBC1、PBC2、p...
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第6篇：重復(fù)樣本的處理——IDR前言 ATAC-seq/ChIP-Seq中重復(fù)樣本的處理ATAC-Seq要求必須有2次或更多次生物學(xué)重復(fù)（十分珍貴或者稀有樣本除外，但必須做至少2次技術(shù)重復(fù)）。理論上重復(fù)樣本...
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R語言ComplexHeatmap包做熱圖：熱圖每隔三行分開一小段這個(gè)是有讀者在B站給我的留言問到的問題 熱圖每隔三行分開一小段 怎么實(shí)現(xiàn)？我最開始的想法是用ggplot2來做，將數(shù)據(jù)拆分，每三行數(shù)據(jù)做一個(gè)圖，最后采取拼圖的方式來實(shí)現(xiàn)。 后...
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「干活」基因組組裝之前要做的：Genome Survey基因組組裝之前，有一些問題還是需要注意的， genome size是多少？ 評(píng)估得到的genome heterozygosity是多少？ 重復(fù)序列的占比是多少？ 可以系統(tǒng)性地...
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【ATAC-Seq 實(shí)戰(zhàn)】三、比對(duì)與Peaks Calling這里是佳奧！我們繼續(xù)clean數(shù)據(jù)的比對(duì)。 1 使用bowtie2進(jìn)行比對(duì) 用bowtie2進(jìn)行比對(duì)和統(tǒng)計(jì)比對(duì)率, 需要提前下載參考基因組然后使用命令構(gòu)建索引，或者直接就下載...
