寫這個(gè)記錄的緣由，是我在生信技能樹[https://wemp.app/accounts/9b0e20f5-631b-40f3-8f16-4bdb30bc9753]上看到這樣一...
IP屬地：廣東
-
2020-11-08 SRA上那些奇怪的10x Genomics數(shù)據(jù) -
MacOS完全卸載Docker，然后重新安裝
Remove all docker related file using terminal command lines below Create .docker direct...
-
解決國(guó)內(nèi)GitHub訪問慢的問題(修改 hosts)1、打開 https://www.ipaddress.com/[https://www.ipaddress.com/] 這個(gè)全球最好的 IP 地址查詢工具網(wǎng)站來查詢出域名當(dāng)前...
-
一個(gè)完整的WGS變異檢測(cè)snakemake流程詳解
寫在前邊的話 ??在此要感謝堿基礦工[http://www.itdecent.cn/u/47e9e401869f]，第一次做全外顯子測(cè)序的變異檢測(cè)時(shí)便是參考了他寫的教程，當(dāng)...
-
Mac系統(tǒng)的.DS_store文件
DS_Store 文件的主要作用，是存儲(chǔ)當(dāng)前文件夾在桌面顯示相關(guān)方面的一些自定義屬性，包括文件圖標(biāo)的位置、文件夾上次打開時(shí)窗口的大小、展現(xiàn)形式和位置等。 如需要阻止自動(dòng)生成，...
-
Mac 系統(tǒng) Cairo R包安裝錯(cuò)誤
錯(cuò)誤提示如下： 這是因?yàn)橄到y(tǒng)沒有安裝Cairo，在終端中執(zhí)行下邊兩個(gè)命令： 然后再回到R中安裝Cairo即可成功。
-
WGCNA包的blockwiseModules函數(shù)debug
WGCNA debug 運(yùn)行到這里報(bào)錯(cuò)：Error in (new("standardGeneric", .Data = function (x, y = NULL, use...
-
禁止mac系統(tǒng)更新
個(gè)人覺得系統(tǒng)還是原裝的好，曾經(jīng)升級(jí)過幾次，但是耗電、散熱等都出現(xiàn)了異常，就又降回了原裝版本。但是每次系統(tǒng)有更新都會(huì)有一個(gè)小紅點(diǎn)提示，看著特別別扭。在系統(tǒng)設(shè)置里關(guān)閉更新設(shè)置后，...
-
這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
-
機(jī)器學(xué)習(xí)的常用算法（生信必備）作為一個(gè)合格的生物信息工程師，生物學(xué)的算法是必備的技能。本人從業(yè)不到一年，深感統(tǒng)計(jì)學(xué)知識(shí)匱乏，希望以簡(jiǎn)書作為自己的學(xué)習(xí)平臺(tái)，和大家分享一些常用的算法，本人能力有限，只能介紹一...
-
Bulk RNA-seq上游分析流程（Salmon）
轉(zhuǎn)錄組分析一般通過比對(duì)或非比對(duì)的方法對(duì)基因表達(dá)進(jìn)行定量，得到一個(gè)樣本-基因表達(dá)矩陣用于下游數(shù)據(jù)分析。下游分析通常是進(jìn)行差異表達(dá)分析，對(duì)差異基因進(jìn)行功能注視，如Gene Ont...
-
服務(wù)器端部署網(wǎng)站上線
Step1: 首先把所有寫好的文件放在html這個(gè)文件夾中，然后上傳文件到服務(wù)器 Step2: 在服務(wù)器創(chuàng)建/var/www/html文件夾，并把上一步的文件轉(zhuǎn)移到這個(gè)文件夾...
-
推薦幾款Mac平臺(tái)上不錯(cuò)的Markdown軟件1、Typora 這也是我現(xiàn)在主要使用的，優(yōu)點(diǎn)是界面簡(jiǎn)潔，可以即時(shí)的預(yù)覽所書寫的內(nèi)容，而且還有Windows版和Linux，無論在公司還是在家都可以使用。 缺點(diǎn)是不能同步筆記...
-
fastp我用挺好的啊，你是不是漏掉了--detect_adapter_for_pe這個(gè)參數(shù)，如果是雙端測(cè)序，不加這個(gè)參數(shù)才會(huì)出現(xiàn)去接頭不干凈的情況，加了這個(gè)參數(shù)就沒問題了
二代測(cè)序數(shù)據(jù)（RNA-seq）比對(duì)率低怎么辦
在分析二代數(shù)據(jù)的時(shí)候，很常見的一個(gè)問題就是比對(duì)率低，下面是我就經(jīng)常遇到的一些情況，以及解決方法。 影響測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)率的原因 1.接頭污染: 測(cè)序接頭: 最常見的污染源就是測(cè)序...
-
多款軟件進(jìn)行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
vcf文件儲(chǔ)存的是樣本的變異信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式進(jìn)行分析，最終會(huì)獲得單個(gè)樣本的變異數(shù)據(jù)。這種文件很難對(duì)同組不同樣本進(jìn)行差異...
-
-
3. SNP Calling以GATK流程為例，簡(jiǎn)單來說，SNP Calling主要包括以下幾步： 1. 給參考基因組建立索引：samtools faidx、bwa index, gatk Create...
-
當(dāng)然用默認(rèn)的參數(shù)--option-file是最佳選擇，我這樣用也不是錯(cuò)呀，只是另一種傳遞參數(shù)的方式，如果prefetch沒有參數(shù)讓你傳遞整個(gè)文件，那我這種方式就很省事了，其他軟件我也有這樣用，很方便
教你3種方法下載NCBI GEO數(shù)據(jù)
1.常規(guī)下載方式：prefetch ????對(duì)于常規(guī)下載sra數(shù)據(jù)來說，NCBI提供了它自己的一套工具(SRA-Toolkit)，其中用prefetch來下載數(shù)據(jù)，用fast...
