導(dǎo)讀 前面我們已經(jīng)整合了高質(zhì)量的細(xì)胞，現(xiàn)在我們想知道細(xì)胞群中存在的不同細(xì)胞類型 ，因此下面將進(jìn)行細(xì)胞聚類分析。 學(xué)習(xí)目標(biāo) 描述評估用于聚類的主成分?jǐn)?shù)量的方法 根據(jù)重要的主成分...
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單細(xì)胞分析：細(xì)胞聚類（十） -
R語言基礎(chǔ)1--R數(shù)據(jù)格式：.rds和.rda的區(qū)別
.rds和.rda（.Rdata的簡稱 ）文件都可用于以R本機(jī)格式存儲R對象。 1. 與非本機(jī)存儲方法（例如write.table）相比，此保存方法有多個優(yōu)點(diǎn)： 更緊湊，讀取...
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評價聚類的指標(biāo)：純度、蘭德系數(shù)以及調(diào)整蘭德系數(shù)目錄前言 計(jì)算實(shí)例 純度的計(jì)算公式2.1 結(jié)果的理解 蘭德系數(shù)（RI）的計(jì)算公式2.1 計(jì)算方法1：列舉法2.2 計(jì)算方法2：混淆矩陣2.2.1 混淆矩陣的計(jì)算（重點(diǎn)）2.2...
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【Hi-C】交互頻率與距離衰減曲線繪制參考： 發(fā)現(xiàn)AB區(qū)室 09 science Comprehensive mapping of long range interactions reveals folding ...
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DNA loop是什么——Loop結(jié)構(gòu)學(xué)習(xí)摸索了很久，在中文網(wǎng)沒有找到很理想的帶領(lǐng)小白入門三維基因組學(xué)的專題內(nèi)容，因此在學(xué)習(xí)的過程中想把這寫內(nèi)容記錄下來，希望對后來的像我這樣的學(xué)生能夠得到一些幫助。 隨著Hi-C...
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FDR-P值是什么東西！
概念 FDR，Q value，adjust p valuep-value：衡量一次檢驗(yàn)假陽性率的指標(biāo)（False positive rate） ；q value：衡量錯誤發(fā)現(xiàn)...
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第二代測序—illumina測序原理陳巍學(xué)基因-illumina測序原理官方-illumina測序原理步驟：一、sample prep（樣本準(zhǔn)備）：基因文庫制備（一個基因組切斷再加接頭）二、cluster ge...
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Linux shell for 循環(huán)和雙層循環(huán)
Shell 腳本一直以來不是很入門，很多時候就是用到再查，發(fā)現(xiàn)自己有幾個重復(fù)用比較高的點(diǎn)，還是記錄一下，至少查的時候能少費(fèi)點(diǎn)功夫~~ 1. for 循環(huán) （1）列表for循環(huán)...
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Hi-C | 基礎(chǔ)介紹一、技術(shù)原理 基因組研究的維度可以分為很多種，例如下圖所示 其中Hi-C是研究三維結(jié)構(gòu)的一種方法。Hi-C技術(shù)源于染色體構(gòu)象捕獲（Chromosome Conformatio...
