導(dǎo)讀 前面我們已經(jīng)整合了高質(zhì)量的細胞,現(xiàn)在我們想知道細胞群中存在的不同細胞類型 ,因此下面將進行細胞聚類分析。 學(xué)習(xí)目標 描述評估用于聚類的主成分數(shù)量的方法 根據(jù)重要的主成分...
導(dǎo)讀 前面我們已經(jīng)整合了高質(zhì)量的細胞,現(xiàn)在我們想知道細胞群中存在的不同細胞類型 ,因此下面將進行細胞聚類分析。 學(xué)習(xí)目標 描述評估用于聚類的主成分數(shù)量的方法 根據(jù)重要的主成分...
.rds和.rda(.Rdata的簡稱 )文件都可用于以R本機格式存儲R對象。 1. 與非本機存儲方法(例如write.table)相比,此保存方法有多個優(yōu)點: 更緊湊,讀取...
目錄前言 計算實例 純度的計算公式2.1 結(jié)果的理解 蘭德系數(shù)(RI)的計算公式2.1 計算方法1:列舉法2.2 計算方法2:混淆矩陣2.2.1 混淆矩陣的計算(重點)2.2...
參考: 發(fā)現(xiàn)AB區(qū)室 09 science Comprehensive mapping of long range interactions reveals folding ...
學(xué)習(xí)摸索了很久,在中文網(wǎng)沒有找到很理想的帶領(lǐng)小白入門三維基因組學(xué)的專題內(nèi)容,因此在學(xué)習(xí)的過程中想把這寫內(nèi)容記錄下來,希望對后來的像我這樣的學(xué)生能夠得到一些幫助。 隨著Hi-C...
概念 FDR,Q value,adjust p valuep-value:衡量一次檢驗假陽性率的指標(False positive rate) ;q value:衡量錯誤發(fā)現(xiàn)...
陳巍學(xué)基因-illumina測序原理官方-illumina測序原理步驟:一、sample prep(樣本準備):基因文庫制備(一個基因組切斷再加接頭)二、cluster ge...
Shell 腳本一直以來不是很入門,很多時候就是用到再查,發(fā)現(xiàn)自己有幾個重復(fù)用比較高的點,還是記錄一下,至少查的時候能少費點功夫~~ 1. for 循環(huán) (1)列表for循環(huán)...
一、技術(shù)原理 基因組研究的維度可以分為很多種,例如下圖所示 其中Hi-C是研究三維結(jié)構(gòu)的一種方法。Hi-C技術(shù)源于染色體構(gòu)象捕獲(Chromosome Conformatio...
GEO 數(shù)據(jù)是生信技能樹生信爆款入門課程[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247497973&i...
最近的一次組會上看到實驗室的同學(xué)匯報的結(jié)果里有Hi-C的圖,所以我就悄咪咪的去了解了一下Hi-C技術(shù)的原理。整理一下。 Q1: Hi-C的全稱是什么? A: 高通量染色體構(gòu)象...
目前針對GWAS分析有很多軟件,比如Plink、 Tassel、Gapit、EMMAX、gemma和GCTA等等,這些軟件通過輸入基因型文件和表型文件,可以直接求出每個標記對...
小鼠基因組信息MGI(Mouse Genome Informatics)是實驗小鼠的國際數(shù)據(jù)資源庫,提供整合的遺傳,基因組和生物學(xué)數(shù)據(jù),以促進人類健康和疾病的研究。如可以直接...
上一篇:(PNAS 2019) scHiCluster (Part I:文章梳理)[http://www.itdecent.cn/p/5ef81eca986c] 原文:Zh...
關(guān)鍵詞:single-cell, Hi-C,3D chromosomal structure,random walk 文章概要 本文的作者團隊開發(fā)了scHiCluster[h...
在碩士就讀期間,就已經(jīng)做過 GWAS 相關(guān)的分析。當(dāng)時標記量非常少, windows 系統(tǒng)分析就足夠了,作圖方面涉及的腳本也基本是蔡師兄幫寫的。后來,隨著高通量測序成本的降低...
文章來自:Concepts and relevance of genome-wide association studies 我覺得讀完這篇文章需要認識SNP, Haplot...
1.新建一個excel空文檔 2.打開這個新建的空文檔,找到“數(shù)據(jù)”一欄,然后點擊“自文本” 3.接下來就會彈出一個文本框,選擇要導(dǎo)入成excel文本的CSV文件。 4.接下...