導讀 前面我們已經(jīng)整合了高質量的細胞，現(xiàn)在我們想知道細胞群中存在的不同細胞類型 ，因此下面將進行細胞聚類分析。 學習目標 描述評估用于聚類的主成分數(shù)量的方法 根據(jù)重要的主成分...
發(fā)簡信
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單細胞分析：細胞聚類（十） -
R語言基礎1--R數(shù)據(jù)格式：.rds和.rda的區(qū)別
.rds和.rda（.Rdata的簡稱 ）文件都可用于以R本機格式存儲R對象。 1. 與非本機存儲方法（例如write.table）相比，此保存方法有多個優(yōu)點： 更緊湊，讀取...
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評價聚類的指標：純度、蘭德系數(shù)以及調(diào)整蘭德系數(shù)目錄前言 計算實例 純度的計算公式2.1 結果的理解 蘭德系數(shù)（RI）的計算公式2.1 計算方法1：列舉法2.2 計算方法2：混淆矩陣2.2.1 混淆矩陣的計算（重點）2.2...
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【Hi-C】交互頻率與距離衰減曲線繪制參考： 發(fā)現(xiàn)AB區(qū)室 09 science Comprehensive mapping of long range interactions reveals folding ...
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DNA loop是什么——Loop結構學習摸索了很久，在中文網(wǎng)沒有找到很理想的帶領小白入門三維基因組學的專題內(nèi)容，因此在學習的過程中想把這寫內(nèi)容記錄下來，希望對后來的像我這樣的學生能夠得到一些幫助。 隨著Hi-C...
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FDR-P值是什么東西！
概念 FDR，Q value，adjust p valuep-value：衡量一次檢驗假陽性率的指標（False positive rate） ；q value：衡量錯誤發(fā)現(xiàn)...
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第二代測序—illumina測序原理陳巍學基因-illumina測序原理官方-illumina測序原理步驟：一、sample prep（樣本準備）：基因文庫制備（一個基因組切斷再加接頭）二、cluster ge...
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Linux shell for 循環(huán)和雙層循環(huán)
Shell 腳本一直以來不是很入門，很多時候就是用到再查，發(fā)現(xiàn)自己有幾個重復用比較高的點，還是記錄一下，至少查的時候能少費點功夫~~ 1. for 循環(huán) （1）列表for循環(huán)...
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Hi-C | 基礎介紹一、技術原理 基因組研究的維度可以分為很多種，例如下圖所示 其中Hi-C是研究三維結構的一種方法。Hi-C技術源于染色體構象捕獲（Chromosome Conformatio...
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數(shù)據(jù)挖掘學習---GEO 數(shù)據(jù)庫簡介GEO 數(shù)據(jù)是生信技能樹生信爆款入門課程[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247497973&i...
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Hi-C技術的初步了解最近的一次組會上看到實驗室的同學匯報的結果里有Hi-C的圖，所以我就悄咪咪的去了解了一下Hi-C技術的原理。整理一下。 Q1: Hi-C的全稱是什么？ A: 高通量染色體構象...
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GWAS分析- P值計算過程 (七)目前針對GWAS分析有很多軟件，比如Plink、 Tassel、Gapit、EMMAX、gemma和GCTA等等,這些軟件通過輸入基因型文件和表型文件，可以直接求出每個標記對...
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MGI ||鼠基因組信息網(wǎng)站小鼠基因組信息MGI(Mouse Genome Informatics)是實驗小鼠的國際數(shù)據(jù)資源庫，提供整合的遺傳，基因組和生物學數(shù)據(jù)，以促進人類健康和疾病的研究。如可以直接...
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(PNAS 2019) scHiCluster（Part II：數(shù)據(jù)分析）上一篇：(PNAS 2019) scHiCluster （Part I：文章梳理）[http://www.itdecent.cn/p/5ef81eca986c] 原文：Zh...
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(PNAS 2019) scHiCluster （Part I：文章梳理）關鍵詞：single-cell, Hi-C，3D chromosomal structure，random walk 文章概要 本文的作者團隊開發(fā)了scHiCluster[h...
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全基因組關聯(lián)分析 (GWAS) - 簡介在碩士就讀期間，就已經(jīng)做過 GWAS 相關的分析。當時標記量非常少， windows 系統(tǒng)分析就足夠了，作圖方面涉及的腳本也基本是蔡師兄幫寫的。后來，隨著高通量測序成本的降低...
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GWAS基本概念文章來自：Concepts and relevance of genome-wide association studies 我覺得讀完這篇文章需要認識SNP, Haplot...
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csv轉excel格式萬能大法！1.新建一個excel空文檔 2.打開這個新建的空文檔，找到“數(shù)據(jù)”一欄，然后點擊“自文本” 3.接下來就會彈出一個文本框，選擇要導入成excel文本的CSV文件。 4.接下...