發(fā)簡信
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單細(xì)胞分析: Scanpy 核心繪圖 (2)引言 本系列講解 使用 Scanpy 分析單細(xì)胞（scRNA-seq）數(shù)據(jù) 教程[https://scanpy.readthedocs.io/e...
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利用 Hi-C 挖掘癌癥結(jié)構(gòu)變異 (1)
摘要 結(jié)構(gòu)變異（SVs）是大型基因組重排，由于基因組重復(fù)序列和復(fù)雜 SV 結(jié)構(gòu)等各種混淆因素的存在，當(dāng)前使用短讀長測序技術(shù)進(jìn)行識別頗具挑戰(zhàn)。Hi...
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空間轉(zhuǎn)錄組學(xué): 測序數(shù)據(jù)介紹
引言 本系列講解 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué) (Spatial Transcriptomics) 相關(guān)基礎(chǔ)知識與數(shù)據(jù)分析教程[https://lmweber....
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三維基因組：diffHic 差異分析
diffHic diffHic是一款 R 包，幾乎包含了 Hi-C 數(shù)據(jù)分析的全部流程。它從對原始數(shù)據(jù)（. fastq 格式）進(jìn)行比對開始，接著...
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三維基因組：Loop結(jié)構(gòu) 差異分析(2)
通過聚合峰分析進(jìn)行可視化 既然已經(jīng)找出了“WT”和“FS”條件之間的差異loop結(jié)構(gòu)，就可以利用聚合峰分析（APA）來直觀地展示loop結(jié)構(gòu)調(diào)用...
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ingest和BBKNN進(jìn)行單細(xì)胞整合（1）
引言 本系列講解 使用Scanpy分析單細(xì)胞（scRNA-seq）數(shù)據(jù)教程[https://scanpy.readthedocs.io/en/s...
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三維基因組：Loop結(jié)構(gòu) 差異分析(1)
引言 本文展示了如何利用 hictoolsr、DESeq2 和 plotgardener 包來尋找和可視化兩種生物條件下差異loop結(jié)構(gòu)的流程。...
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7種比較Linux中文本文件的最佳工具
引言 在 Linux 系統(tǒng)管理與開發(fā)領(lǐng)域，比較文件是更新配置文件、審查代碼更改或排查問題時(shí)的一項(xiàng)重要任務(wù)。掌握比較兩個(gè)文本文件并快速找出差異的技...
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CUT&Tag 分析教程 | 完結(jié)撒花
引言 本系列講解 CUT&Tag 數(shù)據(jù)處理和分析教程 教程[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutor...