引言 本系列講解 使用 Scanpy 分析單細(xì)胞(scRNA-seq)數(shù)據(jù) 教程[https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/tutori...
引言 本系列講解 使用 Scanpy 分析單細(xì)胞(scRNA-seq)數(shù)據(jù) 教程[https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/tutori...
摘要 結(jié)構(gòu)變異(SVs)是大型基因組重排,由于基因組重復(fù)序列和復(fù)雜 SV 結(jié)構(gòu)等各種混淆因素的存在,當(dāng)前使用短讀長(zhǎng)測(cè)序技術(shù)進(jìn)行識(shí)別頗具挑戰(zhàn)。Hi-C breakfinder ...
引言 本系列講解 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué) (Spatial Transcriptomics) 相關(guān)基礎(chǔ)知識(shí)與數(shù)據(jù)分析教程[https://lmweber.org/OSTA/],持續(xù)更新...
diffHic diffHic是一款 R 包,幾乎包含了 Hi-C 數(shù)據(jù)分析的全部流程。它從對(duì)原始數(shù)據(jù)(. fastq 格式)進(jìn)行比對(duì)開始,接著進(jìn)行過濾、分箱、標(biāo)準(zhǔn)化,然后運(yùn)...
通過聚合峰分析進(jìn)行可視化 既然已經(jīng)找出了“WT”和“FS”條件之間的差異loop結(jié)構(gòu),就可以利用聚合峰分析(APA)來直觀地展示loop結(jié)構(gòu)調(diào)用的質(zhì)量。APA 是一種以 Hi...
引言 本系列講解 使用Scanpy分析單細(xì)胞(scRNA-seq)數(shù)據(jù)教程[https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/tutorials...
引言 本文展示了如何利用 hictoolsr、DESeq2 和 plotgardener 包來尋找和可視化兩種生物條件下差異loop結(jié)構(gòu)的流程。首先,需要對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理...
引言 在 Linux 系統(tǒng)管理與開發(fā)領(lǐng)域,比較文件是更新配置文件、審查代碼更改或排查問題時(shí)的一項(xiàng)重要任務(wù)。掌握比較兩個(gè)文本文件并快速找出差異的技能,可以為你節(jié)省時(shí)間,避免因錯(cuò)...
引言 本系列講解 CUT&Tag 數(shù)據(jù)處理和分析教程 教程[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/#VIII_Diffe...
引言 什么是壞扇區(qū)/壞塊?它指的是磁盤驅(qū)動(dòng)器或閃存上某個(gè)區(qū)域無法進(jìn)行讀寫操作,通常是由于磁盤表面有永久性物理?yè)p傷或者閃存晶體管出現(xiàn)故障。 壞扇區(qū)越來越多的話,會(huì)對(duì)存儲(chǔ)設(shè)備的性...
引言 本系列講解 單細(xì)胞(scRNA-seq)中RNA“速率”分析 教程[https://scvelo.readthedocs.io/en/stable/about.html...
引言 本系列[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/] 將開展全新的CUT&Tag 數(shù)據(jù)處理和分析專欄。想要獲取更多教程...
引言 本系列主要講解 3D-Genome (Hi-C) 系列的分析,主要涉及三維基因組分析中的數(shù)據(jù)處理,重復(fù)性評(píng)估,Compartment/TAD/Loop 檢測(cè),差異分析等...
簡(jiǎn)介 Tensorflow是由Google開發(fā)的一個(gè)強(qiáng)大的開源庫(kù),用于機(jī)器學(xué)習(xí)和深度學(xué)習(xí)任務(wù),研究人員,開發(fā)人員和數(shù)據(jù)科學(xué)家廣泛使用,以構(gòu)建和培訓(xùn)機(jī)器學(xué)習(xí)模型。 如果您使用的...
引言 本系列開啟 R 中scRNA-seq數(shù)據(jù)分析教程[https://github.com/quadbio/scRNAseq_analysis_vignette],持續(xù)更新...
引言 Transfer.txt 是一款簡(jiǎn)單、便捷且高效的命令行文件共享服務(wù)。它支持最多 10GB 的文件上傳,文件會(huì)免費(fèi)存儲(chǔ) 14 天。 該服務(wù)不僅允許無限次下載,還支持加密...
引言 在我們之前的文章里,我們已經(jīng)講過怎么去數(shù)一個(gè)目錄里文件和子目錄的總數(shù)。這篇指南會(huì)教你在 Linux 系統(tǒng)里,把所有文件和目錄的名字改成小寫字母。 做到這件事有好幾種方法...
引言 本系列[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/] 將開展全新的CUT&Tag 數(shù)據(jù)處理和分析專欄。想要獲取更多教程...
引言 本系列開啟 R 中單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)分析教程[https://github.com/quadbio/scRNAseq_analysis_vignette],持續(xù)更...
引言 將Python編寫的桌面和命令行程序發(fā)布到PyPI是一個(gè)簡(jiǎn)單直接的分發(fā)方式,PyPI上存放著成千上萬的第三方程序包。這些程序包里很多都帶有可以直接運(yùn)行的腳本,但要使用它...