導(dǎo)讀 前面我們已經(jīng)整合了高質(zhì)量的細胞，現(xiàn)在我們想知道細胞群中存在的不同細胞類型 ，因此下面將進行細胞聚類分析。 學(xué)習(xí)目標(biāo) 描述評估用于聚類的主成分?jǐn)?shù)量的方法 根據(jù)重要的主成分...
發(fā)簡信
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單細胞分析：細胞聚類（十） -
R語言基礎(chǔ)1--R數(shù)據(jù)格式：.rds和.rda的區(qū)別
.rds和.rda（.Rdata的簡稱 ）文件都可用于以R本機格式存儲R對象。 1. 與非本機存儲方法（例如write.table）相比，此保存方法有多個優(yōu)點： 更緊湊，讀取...
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評價聚類的指標(biāo)：純度、蘭德系數(shù)以及調(diào)整蘭德系數(shù)目錄前言 計算實例 純度的計算公式2.1 結(jié)果的理解 蘭德系數(shù)（RI）的計算公式2.1 計算方法1：列舉法2.2 計算方法2：混淆矩陣2.2.1 混淆矩陣的計算（重點）2.2...
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【Hi-C】交互頻率與距離衰減曲線繪制參考： 發(fā)現(xiàn)AB區(qū)室 09 science Comprehensive mapping of long range interactions reveals folding ...
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DNA loop是什么——Loop結(jié)構(gòu)學(xué)習(xí)摸索了很久，在中文網(wǎng)沒有找到很理想的帶領(lǐng)小白入門三維基因組學(xué)的專題內(nèi)容，因此在學(xué)習(xí)的過程中想把這寫內(nèi)容記錄下來，希望對后來的像我這樣的學(xué)生能夠得到一些幫助。 隨著Hi-C...
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FDR-P值是什么東西！
概念 FDR，Q value，adjust p valuep-value：衡量一次檢驗假陽性率的指標(biāo)（False positive rate） ；q value：衡量錯誤發(fā)現(xiàn)...
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第二代測序—illumina測序原理陳巍學(xué)基因-illumina測序原理官方-illumina測序原理步驟：一、sample prep（樣本準(zhǔn)備）：基因文庫制備（一個基因組切斷再加接頭）二、cluster ge...
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Linux shell for 循環(huán)和雙層循環(huán)
Shell 腳本一直以來不是很入門，很多時候就是用到再查，發(fā)現(xiàn)自己有幾個重復(fù)用比較高的點，還是記錄一下，至少查的時候能少費點功夫~~ 1. for 循環(huán) （1）列表for循環(huán)...
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Hi-C | 基礎(chǔ)介紹一、技術(shù)原理 基因組研究的維度可以分為很多種，例如下圖所示 其中Hi-C是研究三維結(jié)構(gòu)的一種方法。Hi-C技術(shù)源于染色體構(gòu)象捕獲（Chromosome Conformatio...
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數(shù)據(jù)挖掘?qū)W習(xí)---GEO 數(shù)據(jù)庫簡介GEO 數(shù)據(jù)是生信技能樹生信爆款入門課程[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247497973&i...
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Hi-C技術(shù)的初步了解最近的一次組會上看到實驗室的同學(xué)匯報的結(jié)果里有Hi-C的圖，所以我就悄咪咪的去了解了一下Hi-C技術(shù)的原理。整理一下。 Q1: Hi-C的全稱是什么？ A: 高通量染色體構(gòu)象...
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GWAS分析- P值計算過程 (七)目前針對GWAS分析有很多軟件，比如Plink、 Tassel、Gapit、EMMAX、gemma和GCTA等等,這些軟件通過輸入基因型文件和表型文件，可以直接求出每個標(biāo)記對...
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MGI ||鼠基因組信息網(wǎng)站小鼠基因組信息MGI(Mouse Genome Informatics)是實驗小鼠的國際數(shù)據(jù)資源庫，提供整合的遺傳，基因組和生物學(xué)數(shù)據(jù)，以促進人類健康和疾病的研究。如可以直接...
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(PNAS 2019) scHiCluster（Part II：數(shù)據(jù)分析）上一篇：(PNAS 2019) scHiCluster （Part I：文章梳理）[http://www.itdecent.cn/p/5ef81eca986c] 原文：Zh...
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(PNAS 2019) scHiCluster （Part I：文章梳理）關(guān)鍵詞：single-cell, Hi-C，3D chromosomal structure，random walk 文章概要 本文的作者團隊開發(fā)了scHiCluster[h...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析 (GWAS) - 簡介在碩士就讀期間，就已經(jīng)做過 GWAS 相關(guān)的分析。當(dāng)時標(biāo)記量非常少， windows 系統(tǒng)分析就足夠了，作圖方面涉及的腳本也基本是蔡師兄幫寫的。后來，隨著高通量測序成本的降低...
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GWAS基本概念文章來自：Concepts and relevance of genome-wide association studies 我覺得讀完這篇文章需要認(rèn)識SNP, Haplot...
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csv轉(zhuǎn)excel格式萬能大法！1.新建一個excel空文檔 2.打開這個新建的空文檔，找到“數(shù)據(jù)”一欄，然后點擊“自文本” 3.接下來就會彈出一個文本框，選擇要導(dǎo)入成excel文本的CSV文件。 4.接下...