一、序 目前對蛋白基因家族進行分析主要有兩種方法，一基于同源性，二基于HMM模型。想要通過HMM模型預(yù)測蛋白基因家族，首先得需要HMM模型數(shù)據(jù)。HMM模型可以從Pfam數(shù)據(jù)庫...
發(fā)簡信
IP屬地：浙江
-
基因家族：pfam數(shù)據(jù)庫下載基因家族的HMM模型 -
@恰好_fcc2 rmOutToGFF3.pl genome.fa.out > genome.fa.out.gff3 #使用RepeatMasker提供的rmOutToGFF3.pl 工具將結(jié)果轉(zhuǎn)化為gff3， 但是需要注意，這里的gff3不是標(biāo)準的gff3
rmOutToGFF3.pl , 是Repeatmasker 軟件包里面有的腳本RepeatModeler安裝及使用
細節(jié)參閱RepeatModele官方文檔：http://www.repeatmasker.org/RepeatModeler/RepeatMasker和RepeatModel...
-
RepeatModeler2.0＋RepeatMasker?。?分享篇使用RepeatModeler2.0＋RepeatMasker 的時候，嚴格按照命令跑程序，出現(xiàn)結(jié)果不如我意代碼： 出現(xiàn)的結(jié)果： 我想要的結(jié)果 原因：repeat...
-
RepeatModeler2.0安裝及使用
RepeatModeler已更新，擁有了一些新的功能，可以識別LTR的結(jié)構(gòu)在基因組注釋中第一步就是重復(fù)序列的屏蔽，目前常用的從頭注釋pipeline就是RepeatModel...
-
conda報錯Segmentation fault (core dumped)
今天安裝軟件時，發(fā)生報錯，經(jīng)過查詢，可能是之前安裝過這個軟件，但是不成功，部分文件下載一半就結(jié)束了。軟件在conda用不了時，可clean一下重新安裝 所以將這些下載了一半的...
-
Ubuntu18.04 將磁盤掛載在某目錄下情況說明： 在安裝Ubuntu18.04的系統(tǒng)時，不小心將內(nèi)存分區(qū)了，導(dǎo)致根目錄只用了其中的一個區(qū)，后面沒有內(nèi)存用了，不想重新裝系統(tǒng)，遂想方法解決 解決方法 1.合并分區(qū) ...
-
-
分享和錢有關(guān)的那些事，省錢、賺錢、存錢、錢生錢~
-
2019.8月中旬開始系統(tǒng)自學(xué)生信，<br>自學(xué)路漫漫索性報個班。<br><br>生信技能樹真的很棒！<br><br>這是我的一個學(xué)習(xí)筆記平臺，點滴記錄。
-
MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負了努力
-
-
R 報錯
問題1： Installation path not writeable, unable to update packages: boot, class, KernSmoot...
-
CSS顏色代碼大全
R語言畫圖，自定義顏色，代碼http://www.mamicode.com/info-detail-1448036.html[http://www.mamicode.com/...
-
常用的基因組數(shù)據(jù)庫匯總原文地址：http://www.360doc.com/content/18/0127/20/19913717_725596003.shtml[http://www.360do...
-
綜述：人類對作物馴化基因組變異的影響
Title：Demography and its effects on genomic variation in crop domestication 原文鏈接 背景 ： 超...
-
Aspera Connect，高速下載sra數(shù)據(jù)
一、下載安裝Aspera Connect Linux系統(tǒng)下的Aspera Connect安裝（Windows下的Aspera Connect安裝參考）。查看最新版本的Aspe...
-
基因組共線性工具MCScanXMCScanX一般是做基因組之間的共線性 一、MCScanX安裝 MCScanX官網(wǎng)http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm下載MCSca...
-
多序列比對并建樹－ClustalW1.安裝包 軟件使用： ClustalW 提供了兩種操作方式：1、鍵盤交互的菜單界面2、命令行方式由于命令行模式參數(shù)比較長，看起來也比較復(fù)雜，我們主要介紹鍵盤交互的菜單界面運...
