在讀張澤民老師發(fā)表的新冠文獻的時候看到計算免疫細胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函數...
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在單細胞數據分析的過程中,Seurat包提供了一個為一個基因集打分的函數AddModuleScore(自定基因集),為基因集進行打分常見的富集分析軟件GSVA,今天我們來看看...
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1. 簡介 SCENIC(single-cell regulatory network inference and clustering)是一個基于共表達和motif分析,計...
我們用seurat選取HVG來進行細胞軌跡推斷,并且過濾了一些低質量的細胞 加載相應的工具包 本文的數據和預處理來源于:單細胞之軌跡分析-2:monocle2 原理解讀+實操...
scanpy也可以使用harmony,但是其實調用的Harmonypy這個包,其實使用的話倒是比較簡單,就是下面這些命令,但是我不是很關心這個,關鍵是它怎么寫的Fast, s...
說在前面 在單細胞數據分析流程中,細胞亞群注釋的準確性一直都是重中之重,生信寶庫在之前的推文:一文解決單細胞亞群注釋的所有問題[https://mp.weixin.qq.co...
相信很多專題應該已經講過SCENIC的使用,這兒,針對我自己對SCENIC的學習使用,遇到的問題做一個詳細的講解說明,希望能對大家理解學習應用SCENIC起到一些幫助。 SC...