在讀張澤民老師發(fā)表的新冠文獻的時候看到計算免疫細胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函數...
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Seurat的打分函數AddMouduleScore -
Seurat包的打分函數AddModuleScore
在單細胞數據分析的過程中，Seurat包提供了一個為一個基因集打分的函數AddModuleScore（自定基因集），為基因集進行打分常見的富集分析軟件GSVA，今天我們來看看...
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SCENIC單細胞轉錄因子分析介紹及操作| 1. 簡介 SCENIC[http://www.360doc.com/content/21/0322/18/15690396_968318453.shtml]（singl...
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SCENIC單細胞轉錄因子分析1. 簡介 SCENIC（single-cell regulatory network inference and clustering）是一個基于共表達和motif分析，計...
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monocle細胞軌跡追蹤原理我們用seurat選取HVG來進行細胞軌跡推斷，并且過濾了一些低質量的細胞 加載相應的工具包 本文的數據和預處理來源于：單細胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操...
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Harmonypy解析scanpy也可以使用harmony，但是其實調用的Harmonypy這個包,其實使用的話倒是比較簡單，就是下面這些命令，但是我不是很關心這個，關鍵是它怎么寫的Fast, s...
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mtSC：整合多參考數據集進行單細胞亞群注釋說在前面 在單細胞數據分析流程中，細胞亞群注釋的準確性一直都是重中之重，生信寶庫在之前的推文：一文解決單細胞亞群注釋的所有問題[https://mp.weixin.qq.co...
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單細胞轉錄調控網絡分析工具（TF，motifs）-SCENIC相信很多專題應該已經講過SCENIC的使用，這兒，針對我自己對SCENIC的學習使用，遇到的問題做一個詳細的講解說明，希望能對大家理解學習應用SCENIC起到一些幫助。 SC...
