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Seurat的打分函數(shù)AddMouduleScore在讀張澤民老師發(fā)表的新冠文獻(xiàn)的時候看到計(jì)算免疫細(xì)胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函數(shù)...
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Seurat包的打分函數(shù)AddModuleScore
在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的過程中，Seurat包提供了一個為一個基因集打分的函數(shù)AddModuleScore（自定基因集），為基因集進(jìn)行打分常見的富集分析軟件GSVA，今天我們來看看...
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SCENIC單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析介紹及操作| 1. 簡介 SCENIC[http://www.360doc.com/content/21/0322/18/15690396_968318453.shtml]（singl...
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日拱一卒，功不唐捐??更多內(nèi)容<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.yuque.com%2Fbooks%2Fshare%2F24352a21-d357-4bd2-b211-fbc801f0cb79%3F%23" target="_blank">https://www.yuque.com/books/share/24352a21-d357-4bd2-b211-fbc801f0cb79?#</a> 《大魚的生信筆記》
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SCENIC單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析1. 簡介 SCENIC（single-cell regulatory network inference and clustering）是一個基于共表達(dá)和motif分析，計(jì)...
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monocle細(xì)胞軌跡追蹤原理我們用seurat選取HVG來進(jìn)行細(xì)胞軌跡推斷，并且過濾了一些低質(zhì)量的細(xì)胞 加載相應(yīng)的工具包 本文的數(shù)據(jù)和預(yù)處理來源于：單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操...
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Harmonypy解析scanpy也可以使用harmony，但是其實(shí)調(diào)用的Harmonypy這個包,其實(shí)使用的話倒是比較簡單，就是下面這些命令，但是我不是很關(guān)心這個，關(guān)鍵是它怎么寫的Fast, s...
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mtSC：整合多參考數(shù)據(jù)集進(jìn)行單細(xì)胞亞群注釋說在前面 在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析流程中，細(xì)胞亞群注釋的準(zhǔn)確性一直都是重中之重，生信寶庫在之前的推文：一文解決單細(xì)胞亞群注釋的所有問題[https://mp.weixin.qq.co...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析工具（TF，motifs）-SCENIC相信很多專題應(yīng)該已經(jīng)講過SCENIC的使用，這兒，針對我自己對SCENIC的學(xué)習(xí)使用，遇到的問題做一個詳細(xì)的講解說明，希望能對大家理解學(xué)習(xí)應(yīng)用SCENIC起到一些幫助。 SC...
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跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(七):細(xì)胞亞群分析及細(xì)胞互作
想獲取更多，請至公眾號-KS科研分享與服務(wù)- 其實(shí)之前我們細(xì)胞的分群是很粗糙的，只是一個大概的方向，隨著深入的研究，需要對特定細(xì)胞的更多亞群進(jìn)行分析，這里我們選擇免疫細(xì)胞進(jìn)行...
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RNA velocity分析練習(xí)（四）聚類以及velocity可視化系列回顧：1.RNA velocity分析練習(xí)（一）文件下載以及預(yù)處理2.RNA velocity分析練習(xí)（二）軟件安裝3.RNA velocity分析練習(xí)（三）生成loom...
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單細(xì)胞之富集分析-5：一張圖展示多組富集分析結(jié)果單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.itdecent.cn/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
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單細(xì)胞之軌跡分析-6：velocyto.R+Seurat軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 單細(xì)胞之軌跡分析-2：mono...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
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免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋： 免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.itdecent.cn/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
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免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋： 免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.itdecent.cn/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
