1.1 我們要將上游處理得到的the methylation call files轉(zhuǎn)換為methylKit這個R包可以識別的格式 該文作者寫了三種命令來轉(zhuǎn)換格式，對應(yīng)不同的c...
發(fā)簡信
IP屬地：河南
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WGBS 下游處理-Package methylKit -
2023-06-30 qxz ribo mouse
mkdir trim ; for i in *.R1.fastq.gz ; do i=${i%.R1.fastq.gz*} ; cutadapt -j 20 --trim-n...
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2023-02-09 ubuntu18.04升級R 親測可用
sudo su echo "deb http://www.stats.bris.ac.uk/R/bin/linux/ubuntu bionic-cran40/" >> /et...
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剛好用到 感謝分享！
R數(shù)據(jù)可視化22:怎么獲取CNS級顏色搭配
雖然對于大部分的實驗數(shù)據(jù)而言，可能往往只涉及到幾組，即需要集幾種顏色，然而在組學(xué)分析中則常?？赡軙枰獢?shù)十種甚至更多的顏色來表示不同的物質(zhì)。那么如何在R中選擇好看的顏色呢？ ...
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MEGA 新版 MEGAX 蛋白質(zhì)序列進化樹構(gòu)建軟件下載：https://www.megasoftware.net/ 1、數(shù)據(jù)輸入 2、進化樹構(gòu)建 這就畫出來了 調(diào)整成圓形 有點多哈 此外這次分析的蛋白質(zhì)序列，大概這個樣子
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RNAseq一般是60%—80%
hisat2+featurecounts+DESeq2
##從hisat2官網(wǎng)下載打包好的reference，然后比對## hisat2 -p 16 -x ../reference/hg19/hisat2/grch37_snp_t...
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@hzrdnn 沒有用過monocle，你可以看看他的官方文檔
hisat2+featurecounts+DESeq2
##從hisat2官網(wǎng)下載打包好的reference，然后比對## hisat2 -p 16 -x ../reference/hg19/hisat2/grch37_snp_t...
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取rawcounts列，deseq2只需要這一列輸入即可
hisat2+featurecounts+DESeq2
##從hisat2官網(wǎng)下載打包好的reference，然后比對## hisat2 -p 16 -x ../reference/hg19/hisat2/grch37_snp_t...
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2019-08-28 R作韋恩圖
library(reshape) library(eulerr) MIIZygoteup <- read.table("upgene.txt") MIIRIP<-read.t...
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2019-08-26 biomaRt 進行基因轉(zhuǎn)換
library("biomaRt") human = useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl") mouse ...
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2019-08-14 biomaRt 轉(zhuǎn)換
library("biomaRt") human = useMart("ensembl", dataset ="hsapiens_gene_ensembl") mouse =...
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@dashingling 不好意思，看到的比較晚，拆分的方法是 fastq-dump --split-3 SRR44933$x.sra 如果拆分后只有一個fastq文件，說明原始數(shù)據(jù)就是單端測序哦～
10xgenomics做scRNA-seq
PATH=/media/pc/disk2/jjc/2018-9-5-scRNA-seq/cellranger-2.2.0:$PATH ##fastq文件名字要改為SRR623...
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2019-07-05 macs14 bdg to bw
samtools merge -@ 45 final.bam 1in.bam 2in.final.bam macs14 -t 2cell-rep1.bam -g hs -n ...
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2019-07-03 ATAC-seq根據(jù)RPKM作peaks heatmap
bedtools intersect -a ../../bam2bwfile/male_per_bin_rawcounts.tab -b ../allmale_ltr.bed...