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發(fā)簡信
IP屬地：上海
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那令人困惑的比對(duì)工具選擇啊~
寫在前面的廢話 我可能不適合做科研，因?yàn)槲铱偸菍?duì)一些“沒有必要”的事斤斤計(jì)較~ 剛開始接觸二代測序時(shí)，是跟著Jimmy大神從RNA-seq開始入門的。那時(shí)候使用的比對(duì)工具是H...
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使用htseq-count進(jìn)行定量分析和featurecounts一樣，htseq-count也是一款進(jìn)行raw count定量的軟件。該軟件采用python語言進(jìn)行開發(fā)，集成在HTseq這個(gè)包中。 對(duì)于pyth...
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西澳大學(xué)生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學(xué)的挖掘<br><br>簡信不回答問題，有問題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
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@許東 是不是類似于blastx呢？
diamond & blast：DNA蛋白序列比對(duì)
導(dǎo)讀 用query基因、DNA序列、16S擴(kuò)增子序列、蛋白序列比對(duì)基因注釋、物種注釋 、基因功能注釋數(shù)據(jù)庫。Blast準(zhǔn)確性高，速度慢。Diamond速度更快，常用于二代測序...
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Mash: 使用MinHash快速估算基因距離
工具介紹 Mash擴(kuò)展了MinHash降維技術(shù)，使其成對(duì)的突變距離和P值顯著性檢驗(yàn)，從而可以有效地聚類和搜索大量序列集合?；齑顚⒋笮蛄泻托蛄屑€原為較小的代表性草圖，進(jìn)而可以...
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你好，我在看一邊文獻(xiàn)，上面有方法展示了怎么處理這個(gè)零值，需要交流一下嗎？
微生物組數(shù)據(jù)的centered log-ratio transformation
?在分析腸道微生物數(shù)據(jù)中，一般會(huì)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行一定的轉(zhuǎn)換，以使數(shù)據(jù)盡可能的服從正態(tài)分布。常用的方法有Centered Log-ratio (CLR) transformation...
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微生物組數(shù)據(jù)的centered log-ratio transformation?在分析腸道微生物數(shù)據(jù)中，一般會(huì)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行一定的轉(zhuǎn)換，以使數(shù)據(jù)盡可能的服從正態(tài)分布。常用的方法有Centered Log-ratio (CLR) transformation...
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群落多樣性之Alpha多樣性（一）
學(xué)習(xí)生物學(xué)，一項(xiàng)很重要的事情就是理解概念。有一種方法就是直接從名字上理解概念。小RNA，是不是就是很小的RNA？宏基因組，是不是就是很“宏”的基因組？……答案很統(tǒng)一：必須是啊...