共線性分析可以很好地解釋進化關(guān)系和多倍化事件。今天主要測試的是Python版McScan（jcvi工具包），這個包很強大，是從MCScanx升級而來的基因組共線性分析軟件。 ...
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共線性分析 | MCscan (Python version JCVI 包) -
GATK4 多個樣本GenotypeGVCFs前用 CombineGVCFs還是GenomicsDBImport
我們知道，GATK 4 多個樣本joint genotyping用模塊GenotypeGVCFs, 目前GenotypeGVCFs只支持以下三種形式的輸入文件：1）a sin...
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基因組結(jié)構(gòu)注釋1. 組裝基因組質(zhì)控 得到組裝好的基因組序列之后，首先要使用多種方法評估組裝質(zhì)量。這里用到2款可用于基因組組裝質(zhì)量評估的軟件——QUAST和BUSCO。 1.1 quast—...
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用verkko組裝基因組
背景介紹 verkko是一個最新的可以應(yīng)用于二倍體基因組T2T（telomere-to-telomere）級別的基因組組裝的組裝軟件。 2022年9月14號李恒在主題為Pac...
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聊聊“基因組共線性”最近看了幾篇關(guān)于共線性分析的微信/簡書推送，發(fā)現(xiàn)不少研究人員把“編碼基因共線性”錯誤地描述為“全基因組共線性”。這是兩個完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
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gvcf文件與vcf文件一、解釋一 這里注意HaplotypeCaller只能處理單樣本文件，當(dāng)有多樣本時，官方建議使用HaplotypeCaller對單bam文件分別進行變異檢測，生成GVCF文件...
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Exons,Introns,ORF,CDS,UTR,lncRNA,轉(zhuǎn)錄本,可變剪切,密碼子,啟動子,順式作用元件,轉(zhuǎn)錄起始位點,終止子,轉(zhuǎn)錄因子,結(jié)構(gòu)基因轉(zhuǎn)自: http://www.itdecent.cn/p/379affdebabe[http://www.itdecent.cn/p/379affdebabe] 一.核酸...
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「生信」共線性分析——MCScanX目錄MCScanX下載及安裝數(shù)據(jù)準(zhǔn)備MCScanX運行及結(jié)果Ka & Ks 計算下游畫圖腳本最后 MCScanX有兩個主要的功能, 一是, 方便使用者發(fā)現(xiàn)共線性(collin...
