劉小澤寫(xiě)于18.11.21聚類(lèi)樹(shù)是個(gè)有意思的東西，可以十分直觀地看到每個(gè)物種的親緣關(guān)系之前沒(méi)有涉及到相關(guān)的分析，相關(guān)的工具只是聽(tīng)說(shuō)過(guò)大家都在用的MEGA，另外還有Y叔的ggt...
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一起來(lái)爬聚類(lèi)樹(shù)！ -
轉(zhuǎn)錄組分析----數(shù)據(jù)下載From 生信技能樹(shù) 的娟老師 1、從數(shù)據(jù)庫(kù)中下載之后通過(guò)xftp傳遞到服務(wù)器上。（傳遞到當(dāng)前目錄，利用pwd命令看當(dāng)前路徑，之后復(fù)制到ftp） 2、我們利用asp軟件下載...
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使用rsync下載PDB數(shù)據(jù)庫(kù)
2018.5.28 星期一 多云 biolearn 從PDB數(shù)據(jù)庫(kù)下載復(fù)合物的結(jié)構(gòu)有兩種方式，一是直接通過(guò)網(wǎng)頁(yè)檢索下載，二是使用rsync從PDB ftp端下載。 下載指...
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利用NetworkAnalyst在線工具對(duì)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中表達(dá)基因進(jìn)行差異分析上一個(gè)課程，我們對(duì)NetworkAnalyst在線工具進(jìn)行概述，簡(jiǎn)單回顧一下，我們使用的NetworkAnalyst包括五個(gè)功能模塊，分別是 1）Gene list inpu...
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簡(jiǎn)單小需求：如何將FPKM轉(zhuǎn)換成TPM？
劉小澤寫(xiě)于19.2.21或許這還是個(gè)比較常用的需求 我們做轉(zhuǎn)錄組分析，得到的結(jié)果可能是FPKM。但是FPKM確實(shí)存在不準(zhǔn)確性，推薦使用TPM。 read count和FPKM...
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Motif和domain的區(qū)別Protein domain： 結(jié)構(gòu)域domain的概念由Wetlaufer于1973年首次提出，他定義結(jié)構(gòu)域?yàn)榭梢宰詣?dòng)折疊的穩(wěn)定的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)單位。過(guò)去，結(jié)構(gòu)域被描述為，折疊...
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蛋白和轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析數(shù)據(jù)庫(kù)推薦現(xiàn)在多組學(xué)研究很火，今天小編給大家介紹幾個(gè)蛋白組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)聯(lián)合分析實(shí)用數(shù)據(jù)庫(kù)： 1 CRN（Cancer RNA-Seq Nexus）數(shù)據(jù)庫(kù) 網(wǎng)址：http://sysl...
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R語(yǔ)言轉(zhuǎn)錄組分析-GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載及Illumina數(shù)據(jù)處理一、簡(jiǎn)單認(rèn)識(shí)一下GEO數(shù)據(jù)庫(kù) 入口：在NCBI主頁(yè) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 的搜索入口輸入關(guān)鍵字，比如某個(gè)基因或某個(gè)疾病，選擇數(shù)據(jù)類(lèi)型為GE...
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轉(zhuǎn)錄組分析——利用GEO數(shù)據(jù)挖掘構(gòu)建基因表達(dá)圖譜一、前言 前段時(shí)間主管讓我在GEO數(shù)據(jù)庫(kù)弄個(gè)表達(dá)圖譜，準(zhǔn)備接下來(lái)做各種轉(zhuǎn)錄組分析，現(xiàn)在回過(guò)頭來(lái)，覺(jué)得這個(gè)東西比較簡(jiǎn)單，十分適合上手練習(xí)。思考了一下，決定寫(xiě)下來(lái)分享給大家。注意...
