一、簡(jiǎn)介 會(huì)得到一系列變異數(shù)據(jù)，這些變異數(shù)據(jù)只是告訴我們?cè)诨蚪M的某個(gè)位置發(fā)生了一段序列的改變，至于這個(gè)改變會(huì)不會(huì)影響生物學(xué)功能，我們并不清楚。而注釋就是將基因組的序列變異數(shù)...
IP屬地：浙江
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ANNOVAR | 變異注釋【上】
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您好老師，請(qǐng)問(wèn)miRNA過(guò)濾的時(shí)候，只需要去除3'的接頭嗎（-a AGATCGGAAGAG）？還需不需要去除5‘的呢？謝謝！我是單端測(cè)序數(shù)據(jù)。
miRNA-seq分析流程-----轉(zhuǎn)載
miRNA-seq分析流程 轉(zhuǎn)載2016-11-28 16:29:44 miRNA是生物中非常重要的一類非編碼小RNA，其在生物體的調(diào)控中具有非常重要的作用，在人中大約三分之...
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您好，請(qǐng)問(wèn)“遺傳距離(可簡(jiǎn)單的物理距離/100000000)”這樣最終的結(jié)果準(zhǔn)確嗎？是否有計(jì)算遺傳距離的方法呢？謝謝！
XP-CLR選擇信號(hào)
檢測(cè)基因組選擇信號(hào)的方法有很多種，其中 XP-CLR 方法是常用的一種。XP-CLR 是陳華老師、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年發(fā)...
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您好 請(qǐng)問(wèn)解決了嗎 我也很困惑
群體遺傳學(xué)之個(gè)體間遺傳距離及其計(jì)算方法
01-Definition Genetic Distance Genetic distance is the degree of genetic difference (ge...
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Lee小余 ·
請(qǐng)問(wèn)SNP數(shù)據(jù)怎么計(jì)算其遺傳距離呢，如Nei,Roger等
木? 評(píng)論自群體遺傳學(xué)之個(gè)體間遺傳距離及其計(jì)算方法 -
@6e37a5161fc5 你可以試試用你所研究的物種已發(fā)表過(guò)的注釋文件
關(guān)于stringtie定量基因的時(shí)候，最后輸出很多MSTRG樣式的geneid
相信大家在用hisat2-stringtie-DESeq2這一套流程做差異表達(dá)基因分析的時(shí)候的時(shí)候，最后會(huì)輸出很多帶MSTRG字樣的geneid。 我一開(kāi)始搜索這個(gè)問(wèn)題，...
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請(qǐng)問(wèn)SSH檢查，防火墻設(shè)置是在自己的win主機(jī)上做的嗎？
遠(yuǎn)程連接虛擬機(jī)中ubuntu報(bào)錯(cuò)：Network error：Connection refused
遠(yuǎn)程連接虛擬機(jī)中ubuntu報(bào)錯(cuò)：Network error：Connection refused 檢測(cè)本機(jī)與主機(jī)連通性 說(shuō)明主機(jī)是沒(méi)問(wèn)題的； ssh檢查 結(jié)果顯示ssh沒(méi)有...
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R ggplot2 繪制箱線、散點(diǎn)疊加圖
之前一直在畫(huà)圖，但是沒(méi)有系統(tǒng)的整理過(guò)。今天梳理了一遍，更加清晰一些。 完事兒！export保存。
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您好，安裝cnvnator的時(shí)候，是不是還需要make一下
CNVnator安裝使用說(shuō)明
最近在做WES數(shù)據(jù)分析，后期需要檢測(cè)樣本CNV的結(jié)果，于是看到cnvnator這個(gè)軟件，導(dǎo)致我未來(lái)的一周在坑中度過(guò)，翻看別人寫(xiě)的博文，不懂（什么啊一個(gè)都走不通）--不斷嘗試-...
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CNVnator安裝使用說(shuō)明最近在做WES數(shù)據(jù)分析，后期需要檢測(cè)樣本CNV的結(jié)果，于是看到cnvnator這個(gè)軟件，導(dǎo)致我未來(lái)的一周在坑中度過(guò)，翻看別人寫(xiě)的博文，不懂（什么啊一個(gè)都走不通）--不斷嘗試-...
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NGS 數(shù)據(jù)過(guò)濾之 Trimmomatic 詳細(xì)說(shuō)明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過(guò)濾對(duì)后續(xù)分析至關(guān)重要，去除一些無(wú)用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效率。Trimmomatic 是...
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GWAS分析-說(shuō)人話（20）-單倍體關(guān)聯(lián)分析前言 來(lái)到這里，已經(jīng)漸漸不是人話了... 估計(jì)這輩子我也沒(méi)有想到，我把我最厭惡的東西寫(xiě)出來(lái)， 居然是最多人看的...... 分析方法很多，這一小節(jié)吐槽官網(wǎng)的這一行代碼，大神請(qǐng)...
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大佬您好，請(qǐng)問(wèn)exonic_variant_function文件中只有SNV變異嗎？那SNP的同義和非同義突變?cè)谀睦锟茨?？謝謝！
ANNOVAR | 注釋
標(biāo)簽（空格分隔）： annovar 注釋 [TOC] 介紹 參考鏈接 http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/用于對(duì)S...
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您好大佬，請(qǐng)問(wèn)blup值為什么還要加上blp@beta？實(shí)在是不太理解。我看到文獻(xiàn)中的blup值只是blups$lines這一部分。謝謝！
GWAS之表型最優(yōu)無(wú)偏預(yù)測(cè)（BLUP)與遺傳力計(jì)算
表型分析之最優(yōu)無(wú)偏預(yù)測(cè) 最佳線性無(wú)偏預(yù)測(cè)（Best Linear Unbiased Prediction，簡(jiǎn)稱BLUP）可以對(duì)多環(huán)境數(shù)據(jù)進(jìn)行整合，去除環(huán)境效應(yīng)，得到個(gè)體穩(wěn)定遺...
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GWAS之表型最優(yōu)無(wú)偏預(yù)測(cè)（BLUP)與遺傳力計(jì)算表型分析之最優(yōu)無(wú)偏預(yù)測(cè) 最佳線性無(wú)偏預(yù)測(cè)（Best Linear Unbiased Prediction，簡(jiǎn)稱BLUP）可以對(duì)多環(huán)境數(shù)據(jù)進(jìn)行整合，去除環(huán)境效應(yīng)，得到個(gè)體穩(wěn)定遺...
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請(qǐng)問(wèn)過(guò)濾indel的時(shí)候,如果只想要小于50bp長(zhǎng)度的indels怎么操作呢?謝謝!
GATK4.0-vqsr
轉(zhuǎn)載GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（下） 原創(chuàng)：礦工堿基礦工2018-03-23 前言 在上一篇文章中我已經(jīng)用例子仔細(xì)跟大家分享了WGS從原始數(shù)據(jù)到變異數(shù)據(jù)（Fastq...
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「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第三課: 如何對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行過(guò)濾
往期教程 「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第一課: 對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行注釋 「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第二課: 畫(huà)出和文章幾乎一樣的PCA圖 SNP位點(diǎn)過(guò)濾 SNP過(guò)濾有兩種情況，一種是僅根據(jù)位點(diǎn)質(zhì)...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問(wèn))
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2018-10-25 GWAS實(shí)戰(zhàn)（一） qqman繪制曼哈頓圖作為一個(gè)統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)室里的學(xué)生，怎么可以不會(huì)GWAS分析，雖然學(xué)的是生物信息學(xué)，但是每天聽(tīng)?zhēng)熜謳熃阍谀抢镉懻撨@個(gè)模型，那個(gè)矩陣啥的，多多少少有點(diǎn)印象，雖然不會(huì)推導(dǎo)公式吧，用...
