How to map cell fate to branches? 擬時(shí)間分析結(jié)果有很多重要的結(jié)果，但是這些結(jié)果如何解讀？比如下圖的分支點(diǎn)分析結(jié)果： 從圖中可以看到，行代表基...
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monocle2 擬時(shí)間分支點(diǎn)分析結(jié)果解讀 -
Seurat Weekly NO.2 || 我該如何取子集？Seurat Weekly NO.0 || 開刊詞Seurat Weekly NO.1 || 到底分多少個(gè)群是合適的？！ 在過(guò)去的一周里Seurat社區(qū)在github總提問(wèn)數(shù)...
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為什么要以數(shù)據(jù)庫(kù)的思維來(lái)理解單細(xì)胞數(shù)據(jù)在我們涉足單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析不久之后就會(huì)發(fā)現(xiàn)，我們?cè)诤鸵惶仔碌睦砟畲蚪坏?。在這套理念中，對(duì)象是常見的，數(shù)據(jù)是多維的，往往是一張核心表及其附屬。我們對(duì)一張表是熟悉的，Excel極大...
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CIBERSORT 免疫浸潤(rùn)(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸潤(rùn)計(jì)算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介紹CIBERSORT。 1.輸入數(shù)據(jù)要什么 下面這段話摘自CIBERSORT的介紹 Importantly...
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CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（1）前幾天學(xué)習(xí)了文獻(xiàn)CUT&Tag[http://www.itdecent.cn/p/335aec753039]，了解了原理以后，可以跟著官網(wǎng)來(lái)學(xué)習(xí)如何分析CUT&Tag數(shù)據(jù)了...
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ChIP-seq和 CUT&Tag、CUT&RUN講座視頻筆記系列筆記基于達(dá)澈生物講座視頻，從中初步學(xué)習(xí)了解生信分析中常遇到的組學(xué)分析技術(shù)。ChIP-seq和 CUT&Tag、CUT&RUN講座視頻筆記 - 簡(jiǎn)書 [https://w...
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CRISPR/Cas9文庫(kù)篩選原理及步驟CRISPR/Cas9文庫(kù)篩選原理： 用于高通量篩選文庫(kù)的形式主要有陣列文庫(kù)和混合文庫(kù)兩種。前者將單個(gè)或數(shù)個(gè)sgRNA列于芯片或多孔板中進(jìn)行處理，每孔中的基因編輯序列已知；后...
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GSE120974多組學(xué)分析復(fù)現(xiàn)0.數(shù)據(jù)介紹 這是一篇發(fā)表在Cancer Cell 2019 Sep的文章——Single-Cell Transcriptomics in Medulloblastoma R...
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R語(yǔ)言的字符操作
R語(yǔ)言主要擅長(zhǎng)于數(shù)值向量和矩陣操作，但是讓他去做字符串操作也可以。 字符串的基本操作類型： 查找和替換 大小寫轉(zhuǎn)換 字符數(shù)統(tǒng)計(jì) 字符串連接和拆分 就我所知，有兩套處理函數(shù)，一...
