參考資料：參考生物技能樹[https://mp.weixin.qq.com/s/TJsdj7qesZGlvmEkNLAy0A]Velocyto官網(wǎng)Tutorial[https...
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基于Seurat UAMP和celltype的RNA Velocity速率分析的全套流程 -
單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-1：CellphoneDB常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
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R語言分析7：GSEA分析（Gene Set Enrichment Analysis）定義：GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）是一種基于基因集的富集分析方法， 用來評(píng)估一個(gè)預(yù)先定義的基因集的基因在與表型相關(guān)度排序的基因表中的分...
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cellranger multi使用（單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組+VDJ）單細(xì)胞大多數(shù)東西我都不是那么想寫，因?yàn)榫褪钦罩鞒坛６覍懙娜送Χ嗟牧?，不差我一個(gè)。但是最近谷歌了一下cellranger multi的中文教程，都沒有讓我滿意的，就寫一個(gè)...
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生信 | scATAC-Seq數(shù)據(jù)獲?。ǔ靤ra轉(zhuǎn)fq）部分代碼參考自10x genomics官網(wǎng)[what-is-cell-ranger-atac]，但絕大多數(shù)代碼融入了我自己的思考 1、上游分析（軟件安裝 + 數(shù)據(jù)獲取 + c...
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如何使用MACS進(jìn)行peak callingMACS2是peak calling最常用的工具。 callpeak用法 這是MACS2的主要功能，因?yàn)镸ACS2的目的就是找peak，其他功能都是可有可無，唯獨(dú)callpe...
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使用deeptools將bam文件轉(zhuǎn)換為bw文件整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時(shí)用到的工具。本文只對(duì)使用的工具用法進(jìn)行簡單介紹。 deeptools 提供兩個(gè)bam轉(zhuǎn)換為bw的命令，分別是bamCove...
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軟件9 —— MACS2
一、 基本介紹 ※ 峰識(shí)別（peak calling）工具包括：MACS2和HOMER（適用于ChIP-seq和ATAC-seq）、HMMRATAC（針對(duì)于ATAC-seq...
