參考資料:參考生物技能樹[https://mp.weixin.qq.com/s/TJsdj7qesZGlvmEkNLAy0A]Velocyto官網(wǎng)Tutorial[https...
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常用的細(xì)胞通訊軟件:CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]:是公開的人工校正的,儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
定義:GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一種基于基因集的富集分析方法, 用來評(píng)估一個(gè)預(yù)先定義的基因集的基因在與表型相關(guān)度排序的基因表中的分...
單細(xì)胞大多數(shù)東西我都不是那么想寫,因?yàn)榫褪钦罩鞒坛6覍懙娜送Χ嗟牧?,不差我一個(gè)。但是最近谷歌了一下cellranger multi的中文教程,都沒有讓我滿意的,就寫一個(gè)...
部分代碼參考自10x genomics官網(wǎng)[what-is-cell-ranger-atac],但絕大多數(shù)代碼融入了我自己的思考 1、上游分析(軟件安裝 + 數(shù)據(jù)獲取 + c...
MACS2是peak calling最常用的工具。 callpeak用法 這是MACS2的主要功能,因?yàn)镸ACS2的目的就是找peak,其他功能都是可有可無,唯獨(dú)callpe...
整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時(shí)用到的工具。本文只對(duì)使用的工具用法進(jìn)行簡單介紹。 deeptools 提供兩個(gè)bam轉(zhuǎn)換為bw的命令,分別是bamCove...
一、 基本介紹 ※ 峰識(shí)別(peak calling)工具包括:MACS2和HOMER(適用于ChIP-seq和ATAC-seq)、HMMRATAC(針對(duì)于ATAC-seq...