1.MCscanMCscan繪制共線圖MCscan需要準(zhǔn)備cds.fasta和.gff注釋文件cds.fasta文件可以從基因組序列中提取 配置layout文件 y：調(diào)整染色...
IP屬地：陜西
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幾種繪制基因組共線圖的方法
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jcvi報錯解決
1、報錯信息：AttributeError: 'LayoutLine' object has no attribute 'color' 解決方案：在color一列輸入指定顏色...
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python版的MCScan繪圖最近發(fā)現(xiàn)了python版的MCScan，是個大寶藏。由于走了不少彎路，終于畫出美圖，趕緊記錄下來。github地址 https://github.com/tanghaibao...
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bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程call SNP GATK bwa+samtools 參考文檔 一、原始數(shù)據(jù)處理 測序得到的RAW DATA，使用NGSQCToolkit進(jìn)行過濾$PATH/Il...
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用TBtools，快速高效實現(xiàn)基因組共線性分析與可視化， 贊！寫在前面 對于沒有做過共線性分析的小伙伴，可以通過以下幾段內(nèi)容，了解一下，我為什么要費勁巴拉畫出這樣一張圖。 除了基因組成的相似性,在不同基因組中基因排列順序的一致性更能夠體...
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基因家族分析 | 預(yù)測基因家族收縮與擴(kuò)張（orthofinder，cafe）
以下參照 hoptop的「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)行直系同源基因分析這篇帖子試跑了一遍 1.軟件安裝 2.數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 下載「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)...
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TBtools基因家族分析詳細(xì)教程(3)基因家族成員的進(jìn)化分析2基因-共線性的定義與常見算法原理 物種內(nèi)的共線性分析文件準(zhǔn)備（物種比對到自身的.blast文件，物種基因信息文件.gff文件），運(yùn)行MCScanX，輸出collinear和t...
