個(gè)人wx公眾號(hào)：木舟筆記。
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進(jìn)行這步分析python -m jcvi.graphics.karyotype seqids layout
報(bào)錯(cuò)IndexError: list index out of range，該怎么解決共線性分析 | MCscan (Python version JCVI 包)
共線性分析可以很好地解釋進(jìn)化關(guān)系和多倍化事件。今天主要測(cè)試的是Python版McScan（jcvi工具包），這個(gè)包很強(qiáng)大，是從MCScanx升級(jí)而來(lái)的基因組共線性分析軟件。 ...
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進(jìn)行這步分析python -m jcvi.graphics.karyotype seqids layout
報(bào)錯(cuò)IndexError: list index out of range，該怎么解決python版的MCScan繪圖
最近發(fā)現(xiàn)了python版的MCScan，是個(gè)大寶藏。由于走了不少?gòu)澛?，終于畫(huà)出美圖，趕緊記錄下來(lái)。github地址 https://github.com/tanghaibao...
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幾種繪制基因組共線圖的方法
1.MCscanMCscan繪制共線圖MCscan需要準(zhǔn)備cds.fasta和.gff注釋文件cds.fasta文件可以從基因組序列中提取 配置layout文件 y：調(diào)整染色...
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jcvi報(bào)錯(cuò)解決
1、報(bào)錯(cuò)信息：AttributeError: 'LayoutLine' object has no attribute 'color' 解決方案：在color一列輸入指定顏色...
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python版的MCScan繪圖最近發(fā)現(xiàn)了python版的MCScan，是個(gè)大寶藏。由于走了不少?gòu)澛罚K于畫(huà)出美圖，趕緊記錄下來(lái)。github地址 https://github.com/tanghaibao...
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請(qǐng)問(wèn)合并后的1.geneLinks.tab.xls的格式是如何的，可以分享一下嗎？
零基礎(chǔ)多物種間共線性分析
首先非常感謝Cj大神開(kāi)發(fā)出來(lái)的TBtools生信工具，為生信分析做圖帶來(lái)了極大的便利。作為生信小白，在做多物種間共線性分析時(shí)，嘗試了多種方法，苦于沒(méi)有計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)，一直沒(méi)能完成...
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冒昧請(qǐng)教
Error: Require Genotypes in VCF file in order to output Fst statistics.
請(qǐng)問(wèn)這個(gè)報(bào)錯(cuò)該怎么解決Fst的計(jì)算原理與實(shí)戰(zhàn)
概念回顧 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法，分化指數(shù)越大，差異越大。適用于亞群體間多樣性的比較。 用于衡量種群分化程度，取值從0到1，為0則認(rèn)為...
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vcftools --vcf test.vcf --weir-fst-pop 1_population.txt --weir-fst-pop 2_population.txt --out p_1_2—single
可以麻煩將pop 1_population.txt和pop 2_population.txt的數(shù)據(jù)展示一下嗎群體中的Fst值-學(xué)習(xí)篇
這里有一份群體的學(xué)習(xí)課程，這篇推送主要基于這個(gè)作為參考，群體課程[http://www.uwyo.edu/dbmcd/popecol/index.html]Fst值[http...
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