目標(biāo) 通過(guò)varscan等找到somatic mutations之后，想看多個(gè)樣本的突變之間的交集。bcftools是用來(lái)處理vcf文件，可以進(jìn)行各種相關(guān)的處理和分析。 軟件...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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bcftools 處理vcf文件，尋找多個(gè)vcf文件中突變的交集
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RNA何時(shí)迎來(lái)AlphaFold時(shí)刻抽象的 AlphaFold 已經(jīng)解決了多種蛋白質(zhì)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)問(wèn)題。最近，人們非常興奮地希望借助 AlphaFold 的成功預(yù)測(cè) RNA 的 3D 結(jié)構(gòu)。RNA 預(yù)測(cè)方法使...
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Seurat中Featureplot的問(wèn)題I used Featureplot to get the visualization of my srobj. I found cells were not sorted...
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inferCNV相關(guān)思考（配對(duì)樣本、多樣本問(wèn)題 ）由于層次聚類的問(wèn)題（數(shù)據(jù)量太大的時(shí)候，層次聚類的速度很慢，同時(shí)會(huì)報(bào)堆錯(cuò)誤，出現(xiàn)內(nèi)存溢出），inferCNV的不能處理大批量的數(shù)據(jù)。另外，對(duì)于來(lái)源于不同病人的樣本，inferC...
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建議最好開一個(gè)aws的云主機(jī)，感覺(jué)他們對(duì)于亞馬遜的支持比較好，對(duì)于國(guó)內(nèi)非常不友好，而且使用conda環(huán)境也容易出奇怪的
問(wèn)題環(huán)境設(shè)置
使用nextflow，主要有2種方式： 本地安裝 如果你熟悉docker和git，或者離線工作模式，這是首選的方式； 使用gitpod，這對(duì)于初學(xué)者友好，因?yàn)檫@個(gè)平臺(tái)包含了所...
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環(huán)境設(shè)置使用nextflow，主要有2種方式： 本地安裝 如果你熟悉docker和git，或者離線工作模式，這是首選的方式； 使用gitpod，這對(duì)于初學(xué)者友好，因?yàn)檫@個(gè)平臺(tái)包含了所...
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HPC上使用nextflow的建議
Nextflow是開發(fā)科學(xué)工作流程在HPC系統(tǒng)上使用的強(qiáng)大工具。它提供了一種簡(jiǎn)單的解決方案，以一種便攜式的方式使用優(yōu)雅的反應(yīng)式/函數(shù)式編程模型來(lái)部署大規(guī)模的并行化工作負(fù)載。 ...
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染色體異常與其在有絲分裂時(shí)的位置相關(guān)在細(xì)胞核中的位置預(yù)示著染色體異常 單細(xì)胞分析表明，染色體在細(xì)胞核中的 3D 位置有助于它們參與與癌癥相關(guān)的基因組重排的可能性。 正常人類細(xì)胞的每條染色體都有兩份拷貝。相比之下...
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前言
挖個(gè)坑，后續(xù)想看看snakemake有沒(méi)有比較系統(tǒng)的中文教程，如果沒(méi)有的話，自己也學(xué)一下，然后整合到這里來(lái)。
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nextflow-簡(jiǎn)單訓(xùn)練-歡迎語(yǔ)
歡迎 歡迎來(lái)到 Nextflow 培訓(xùn)工作坊 我們很高興能夠與您一起探索使用 Nextflow 編寫可重復(fù)和可擴(kuò)展的科學(xué)工作流程的道路。本指南是 Nextflow 完整文檔的...
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文件命名規(guī)范
整體思想： （1）機(jī)器可讀（2）人可讀（3）排序與默認(rèn)排序類似部分原則：（1）名字不帶空格（2）最好不大小寫敏感，所有文件都轉(zhuǎn)換成大寫或者小寫后，不能有重名文件；（3）連字符...
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要是有人也有相同的問(wèn)題，歡迎一起吐槽
Y9000X吐槽記錄
22年底買了Y9000X，i7+3060，拼多多上車。感覺(jué)這個(gè)機(jī)器的電池、厚度以及顏值都好評(píng)，但是它也有一堆毛病。（1）只要開啟了legion zone的igpu的自動(dòng)或者開...
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Y9000X吐槽記錄22年底買了Y9000X，i7+3060，拼多多上車。感覺(jué)這個(gè)機(jī)器的電池、厚度以及顏值都好評(píng)，但是它也有一堆毛病。（1）只要開啟了legion zone的igpu的自動(dòng)或者開...
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微信公眾號(hào)：office技能精選。<br>專注分享Office辦公軟件技能，間歇性分享一些有趣好玩的事，一個(gè)你值得關(guān)注的公眾號(hào)。
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學(xué)到了，正好需要
R語(yǔ)言pheatmap熱圖色條控制小技巧
本期介紹一個(gè)控制熱圖顏色范圍并規(guī)定指定值顏色的小技巧。 使用的是R語(yǔ)言的pheatmap包，先生成隨機(jī)數(shù)據(jù)： data1如下： 查看數(shù)據(jù)范圍： 使用上面的矩陣做熱圖，要求低值...
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@Hayley他整個(gè)數(shù)據(jù)集都卡的這么多，都50%的MT了還剩下啥
文獻(xiàn)學(xué)習(xí)067--[sc]肝癌免疫微環(huán)境和中性粒細(xì)胞異質(zhì)性
張澤民大佬剛剛online的nature，來(lái)學(xué)習(xí)一下。 原發(fā)性肝癌(primary liver cancer, PLC)有三種主要的組織學(xué)亞型-肝細(xì)胞癌(hepatocell...
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MT比例直接卡到50%，這結(jié)果做出來(lái)真的靠譜嗎？
文獻(xiàn)學(xué)習(xí)067--[sc]肝癌免疫微環(huán)境和中性粒細(xì)胞異質(zhì)性
張澤民大佬剛剛online的nature，來(lái)學(xué)習(xí)一下。 原發(fā)性肝癌(primary liver cancer, PLC)有三種主要的組織學(xué)亞型-肝細(xì)胞癌(hepatocell...
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區(qū)分旁觀者T細(xì)胞與腫瘤反應(yīng)性T細(xì)胞（一）文獻(xiàn)標(biāo)題： Bystander CD8+ T cells are abundant and phenotypically distinct in human tumour i...
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infercnv需要的R包rjags的安裝
error: installing source package 'rjags' ...** package 'rjags' successfully unpacked an...
