導(dǎo)讀 上一篇:宏基因組分箱(一)Megahit組裝和QUAST質(zhì)量評(píng)價(jià)[http://www.itdecent.cn/p/41f7d6134c0d]。分箱工具有很多,我為什...
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Kraken和Kraken2(Kraken的迭代版本)是微生物組分析中最常用的軟件,與其他同功能的軟件相比,在速度快的前提下,準(zhǔn)確性也很高。那么,Kraken究竟是如何做到的...
前言 ??一般生物信息分析流程都包含很多的分析步驟,這些步驟之間的聯(lián)系也有很多情況。例如,流程的步驟中有不少是依賴上一步的結(jié)果,同時(shí)也有些步驟之間沒(méi)有聯(lián)系可以同時(shí)進(jìn)行,還有的...
在日常工作中常遇到這樣的情況,我們需要一個(gè)監(jiān)控線程用于隨時(shí)的獲得其他進(jìn)程的任務(wù)請(qǐng)求,或者我們需要監(jiān)視某些資源等的變化,一個(gè)高效的Monitor程序如何使用python語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)...
--------------- Nickier 2018-12-21 --------------- samtools是一個(gè)用于操作sam和bam文件的工具合集。能夠?qū)崿F(xiàn)二進(jìn)...
部分摘自# VincentLuo91的博客 Part 1 VCF格式的學(xué)習(xí) 1.什么是vcf?VCF是用于描述SNP,INDEL和SV結(jié)果的文本文件。在GATK軟件中得到最好...
文章來(lái)源 http://www.itdecent.cn/p/38f734ae47f5 天秤座的機(jī)器狗關(guān)注 0.92018.08.03 14:52*字?jǐn)?shù) 2060閱讀 213...
vcftools是用來(lái)處理vcf和bcf文件的工具集,功能涵蓋了過(guò)濾,數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換,一些指標(biāo)的統(tǒng)計(jì)計(jì)算,vcf文件之間變異信息的差異比較等等。 1.基本用法 2.使用 官網(wǎng)提...
在用于存儲(chǔ)reads比對(duì)結(jié)果的SAM/BAM格式提出之后(2009年),用于存儲(chǔ)變異檢測(cè)結(jié)果的格式VCF( variant call format )也被提出(2010年),...