來源于：https://github.com/zhangrengang/TEsorter[https://github.com/zhangrengang/TEsorter]T...
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TEsorter：TE的分類和可視化 -
Deepseek本地部署詳細(xì)教程，末尾看效果、開頭看概念??！不要著急，部署前先理解些基礎(chǔ)概念，會(huì)更容易成功。其中相對(duì)容易出問題是： 1：虛擬機(jī)的開啟 2：docker的鏡像源配置 1-RAG技術(shù) RAG（Retrieval-Augme...
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宏基因組分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持續(xù)更新Logs 增加R包pctax內(nèi)的一些幫助上游分析的小腳本（2024.03.03） 增加Mmseqs2用于去冗余，基因聚類的速度非?？?，且隨序列量線性增長(zhǎng)（2024.03.12...
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R繪制優(yōu)美的進(jìn)化樹（進(jìn)階）上次已經(jīng)介紹過了使用R繪制系統(tǒng)發(fā)育樹的基本用法[http://www.itdecent.cn/p/b6c4d3376bc9]，也埋下一個(gè)小坑：復(fù)現(xiàn)文章里好看的樹，現(xiàn)在過來填...
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正確使用GIAB基準(zhǔn)變異集合評(píng)估生信流程準(zhǔn)確性前面我們介紹了GIAB中的標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集，包括了7個(gè)標(biāo)準(zhǔn)品的數(shù)據(jù)，分別是HG001（即NA12878），一個(gè)德系猶太人家系（HG002/HG003/HG004）和一個(gè)中國(guó)漢族人家...
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修改hicPlotMatrix完成定制HiC互作熱圖使用conda安裝hicexplorer時(shí)經(jīng)常會(huì)報(bào)錯(cuò)，下面介紹mamba安裝方法；同時(shí)，hicPlotMatrix繪制的熱圖沒有添加染色體邊界，并且圖例太大，下面介紹了源代碼...
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Linux查看或設(shè)置R/python/perl包、模塊或庫(kù)的安裝路徑
為了方便說明，下面統(tǒng)一將包、模塊或庫(kù)稱之為模塊。Linux通常涉及多用戶使用，當(dāng)我們沒有root權(quán)限時(shí)，模塊通常會(huì)安裝在自己的目錄下，或者一個(gè)用戶想調(diào)用其他用戶的模塊時(shí)，都需...
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ggplot2定制坐標(biāo)軸
本文主要介紹如何通過調(diào)整ggplot2中的參數(shù)，來實(shí)現(xiàn)坐標(biāo)軸的定制化，來達(dá)到個(gè)性化繪圖的需求。文中axis tick marks指的是坐標(biāo)軸線上的刻度，axis labels...
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recos軟件繪制不同類型TE在染色體的分布熱圖1、前期準(zhǔn)備 第一步, 獲取repeat注釋結(jié)果，使用RepeatMasker對(duì)基因組進(jìn)行repeat分析，可以得到以out結(jié)尾的文件，命令行如下： 第二步，獲取關(guān)心TE類型...
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recos軟件使用手冊(cè)1. 開發(fā)背景 隨著測(cè)序技術(shù)的不斷發(fā)展，尤其是三代測(cè)序技術(shù)的出現(xiàn)，例如PacBio和Nanopore，它們可以產(chǎn)出更長(zhǎng)、更準(zhǔn)確的測(cè)序數(shù)據(jù)，這使得原本有基因組的物種使用新技術(shù)可...
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recos軟件繪制突變密度在染色體上的分布圖1. recos還可以這么玩 recos開發(fā)之初是為了展現(xiàn)同源染色體之間的共線性關(guān)系、序列結(jié)構(gòu)差異和兩個(gè)基因的各自特性，繪制出一個(gè)高質(zhì)量可以放在文章中的圖片。除了展示兩個(gè)基因...
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MAS-seq技術(shù)原理（PacBio)1. 技術(shù)產(chǎn)生背景 PacBio構(gòu)建這種文庫(kù)的一個(gè)主要原因是，在其測(cè)序芯片中有很多零模波導(dǎo)孔（ZMW），每個(gè)孔在測(cè)序時(shí)只能測(cè)一條DNA分子，這樣其測(cè)序通量就受到孔數(shù)和文庫(kù)長(zhǎng)度...
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recos基因組及共線性可視化簡(jiǎn)介 這篇簡(jiǎn)文主要介紹一下recos軟件的安裝，以及該軟件可以繪制什么樣的基因組共線性圖。與circos類似，它可以將基因組之間的共線性和基因組的相關(guān)特性展示到圖中，不同的是...
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