第四周 2018— 06.11-06.17原文: chromVAR: Inferring transcription factor-associated accessibil...
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學習目標: 學會用MACS2 call peaks 理解MACS2 call peaks的結果 Peak Calling Peak calling即利用計算的方法找出ChIP...
在多篇高分文章中都出現(xiàn)了評估細胞亞群純度的內(nèi)容,用到的是張澤民團隊的ROGEU包。提出了一個基于熵的統(tǒng)計量(ROGUE)來準確地定量鑒定的細胞團的純度,可應用于所有測試的sc...
系列回顧:ArchR官網(wǎng)教程學習筆記1:Getting Started with ArchR[http://www.itdecent.cn/p/a2bcdfb77961]A...
背景:單細胞ATAC分析流程介紹。 1.為什么做單細胞ATAC分析? 單細胞轉錄組分析的是單細胞分辨率上不同細胞之間的轉錄組(mRNA)差異,由中心法則可以知道,生物發(fā)生的過...
本文首發(fā)于我的個人博客, http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章) 使用ArchR分析單細胞ATAC-...
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課題需要某一篇已發(fā)表文章的基于10x Genomics平臺的scATAC-seq數(shù)據(jù),于是乎,開始了踩坑指南。 No.1 數(shù)據(jù)下載 眾所周知,公共數(shù)據(jù)的下載一般主要有GEO和...