第四周 2018— 06.11-06.17原文： chromVAR: Inferring transcription factor-associated accessibil...
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Week4— chromVAR:預測染色質可及性相關的轉錄因子 -
第3篇：用MACS2軟件call peaks學習目標： 學會用MACS2 call peaks 理解MACS2 call peaks的結果 Peak Calling Peak calling即利用計算的方法找出ChIP...
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ROGUE： 細胞亞群純度評估在多篇高分文章中都出現(xiàn)了評估細胞亞群純度的內(nèi)容，用到的是張澤民團隊的ROGEU包。提出了一個基于熵的統(tǒng)計量(ROGUE)來準確地定量鑒定的細胞團的純度，可應用于所有測試的sc...
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ArchR官網(wǎng)教程學習筆記7:ArchR的基因評分和Marker基因系列回顧：ArchR官網(wǎng)教程學習筆記1：Getting Started with ArchR[http://www.itdecent.cn/p/a2bcdfb77961]A...
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單細胞ATAC分析標準流程（詳細版）背景：單細胞ATAC分析流程介紹。 1.為什么做單細胞ATAC分析？ 單細胞轉錄組分析的是單細胞分辨率上不同細胞之間的轉錄組（mRNA）差異，由中心法則可以知道，生物發(fā)生的過...
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使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第七章)本文首發(fā)于我的個人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章) 使用ArchR分析單細胞ATAC-...
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使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第三章)本文首發(fā)于我的個人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章) 使用ArchR分析單細胞ATAC-...
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生信-單細胞分析 | scATAC分析踩坑記錄課題需要某一篇已發(fā)表文章的基于10x Genomics平臺的scATAC-seq數(shù)據(jù)，于是乎，開始了踩坑指南。 No.1 數(shù)據(jù)下載 眾所周知，公共數(shù)據(jù)的下載一般主要有GEO和...
