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發(fā)簡信
IP屬地：北京
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TBtools繪制基因組特征圈圖circos
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破案了！blast建庫中-parse_seqids的用意
建庫的代碼，加上-parse_seqids提示 BLAST Database creation error: Near line 6001, the local id is ...
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fq轉(zhuǎn)換成fa格式
awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta
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基因家族MEGA建樹及iTOL基礎(chǔ)美化【詳解注釋文件】使用MEGAX構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹 先進(jìn)行多序列比對(duì)，muscle, clustalW, 可參考文獻(xiàn)選擇一種 區(qū)別見：http://blog.sciencenet.cn/blog-...
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基因家族鑒定 hmmer+blast (含hmmer安裝)策略 hmmsearch + blast 單獨(dú)使用或者組合使用 hmmsearch可以做兩次，第一次使用pfam中的多序列比對(duì)結(jié)果構(gòu)建模型進(jìn)行搜索，篩選過結(jié)構(gòu)域后，使用本物種...
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根據(jù)GFF3文件統(tǒng)計(jì)外顯子大小和數(shù)量以及內(nèi)含子大小
每個(gè)基因的外顯子起始與結(jié)束的位置，保存為1.txt,注意需要打開1.txt編輯刪除第一行的空行 計(jì)算每個(gè)外顯子的大小 計(jì)算每個(gè)內(nèi)含子的大小 統(tǒng)計(jì)每個(gè)基因外顯子的數(shù)量
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您好，我想請(qǐng)教下，根據(jù)gene.id,提取位置信息這一步，我已經(jīng)從gff整理出了4列信息【id,chr,start,end】,根據(jù)您的代碼，我嘗試 awk -F'\t' position | grep -f id.txt | awk '{print $0}' > out,什么都沒有。后又嘗試使用grep -wf id.txt position.txt 以及 awk 'NR==FNR{a[$1]=$0}NR!=FNR{print a[$1]}' position.txt id.txt > out 以及awk -F'\t' 'FILENAME=="id.txt"{F[$0]=1}FILENAME=="position.txt"{if($0 in F){print}}' id.txt position.txt > out
都不可以……手動(dòng)自己在文件里搜是可以搜到的，請(qǐng)問是哪里出錯(cuò)了？或者有沒有別的辦法呢，感謝基因家族分析五(基因家族在染色體上的位置圖)
繪制基因家族咋染色體上的位置 一：準(zhǔn)備文件 1.擬南芥NBS基因ID2.擬南芥gff文件3.擬南芥基因組長度4.在線繪圖工具：MapGene2Chrom web v2(htt...
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Batch SMART 最強(qiáng)序列特征[結(jié)構(gòu)域]預(yù)測(cè)軟件寫在前面 前天，在學(xué)位論文的完善中，有兩個(gè)疑似ERF成員始終令我困擾。植物轉(zhuǎn)錄因子中有個(gè)超家族AP2，包括兩個(gè)亞家族，一個(gè)也叫AP2，另一個(gè)叫ERF。前者往往含有兩個(gè)AP2結(jié)...
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TBtools | 保守 Motifs 到底屬于哪個(gè)結(jié)構(gòu)域寫在前面 TBtools 基本涵蓋了基因家族分析所常見的所有分析與可視化功能，其中最為獨(dú)特的 莫過于 Gene Structure View (Advanced) 幾乎覆蓋了...
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合并多個(gè)文件
目的 合并幾個(gè)txt文件，均為單列，均以SHH開頭 解決 cmd打開命令行 進(jìn)入放這些txt的文件夾 命令行輸入 *是通配符，匹配所有以SHH開頭的文件 該文件夾下就會(huì)生成t...
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【python腳本】計(jì)算fasta序列長度;基因組contig/scaffold/chromosome長度
目的 如題 腳本 來源：https://blog.csdn.net/tangxc10/article/details/48833989?utm_medium=distribu...
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MCScanX:分析基因組共線性
說在前面：官網(wǎng)http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/index.php信息很全面，有示例代碼/Manual手冊(cè)，你值得擁有。以下內(nèi)容基本出自官...
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Linux安裝blast+及使用
下載解壓 網(wǎng)址： https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 選擇預(yù)編譯的linux版本 可以...
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【python爬蟲】運(yùn)行scrapy報(bào)錯(cuò),KeyError: 'Spider not found:整個(gè)爬蟲框架如圖所示 報(bào)錯(cuò) 在 pycharm的terminal 輸入 scrapy crawl zhiyouji KeyError: 'Spider not found:...
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使用for循環(huán)構(gòu)建有規(guī)律的URL列表--以豆瓣圖書TOP250為例
網(wǎng)址規(guī)律 第一頁：https://book.douban.com/top250 【https://book.douban.com/top250?start=0】 第二頁：ht...
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基因組共線性工具M(jìn)CScanX使用說明MCScanX是檢測(cè)基因共線性和進(jìn)化分析的常用工具之一，2012發(fā)表至今引用數(shù)200+，作者之一的唐海寶老師是國內(nèi)植物基因組學(xué)生信分析、軟件開發(fā)領(lǐng)域的大拿，在學(xué)習(xí)使用MCSc...
