歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! Gene Ontology是研究基因功能的重要數(shù)據(jù)庫(kù)之一，在進(jìn)行GO的富集分析時(shí)，需要提供所有基因?qū)?yīng)的GO注釋信息，本文介紹幾種獲取該信息的方式...
IP屬地：浙江
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詳解如何獲取物種所有基因?qū)?yīng)的GO注釋
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R數(shù)據(jù)可視化17:?；鶊D感覺100年沒(méi)有上簡(jiǎn)書，近2個(gè)月忙于畢業(yè)論文以及公眾號(hào)推文，沒(méi)有時(shí)間更文章。終于前幾天交了論文呢，可以回來(lái)更文了。沒(méi)錯(cuò)我只是在為我的懶惰尋找接口，今天我們來(lái)講一下桑基圖（Sa...
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R: ggtree (一) base導(dǎo)讀 ggtree由R語(yǔ)言大神Y叔紙筆，于2018年發(fā)表在Molecular Biology and Evolution雜志上，現(xiàn)引用已達(dá)407（2019.10.10 goo...
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KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)：查找某個(gè)通路上的所有基因
1.kegg數(shù)據(jù)庫(kù)下載 通常我們?nèi)绻阎硞€(gè)基因，想對(duì)這個(gè)基因做通路很簡(jiǎn)單，直接用kegg的網(wǎng)頁(yè)注釋就可以；如果想知道某個(gè)通路里相關(guān)的所有基因列表，要找全的話只能從數(shù)據(jù)庫(kù)里調(diào)...
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從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載并整合清洗高通量腫瘤表達(dá)譜-臨床性狀數(shù)據(jù)測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
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TCGA數(shù)據(jù)整合后進(jìn)行DESeq2差異表達(dá)分析和基于R的多種可視化測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
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小鼠基因集-GSKB--R進(jìn)行GSEA富集分析1. 數(shù)據(jù)集介紹 ??由于人類基因集富集分析，有msigdb數(shù)據(jù)庫(kù)[https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp]，上面有各種...
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TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
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喜歡寫代碼的外科醫(yī)生。
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蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)搜庫(kù)及FDR的控制Part 1. 蛋白質(zhì)組學(xué)中，譜圖搜庫(kù)是如何實(shí)現(xiàn)的？ 蛋白質(zhì)組學(xué)中，各種軟件對(duì)質(zhì)譜得到的譜圖進(jìn)行搜庫(kù)時(shí)通常是利用以下三種方法之一進(jìn)行： 根據(jù)相關(guān)的質(zhì)量信息獲得部分或完整的肽序...
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GO，KEGG，DO富集分析這是我聽B站鯪魚不會(huì)飛視頻（GO，KEGG，DO富集分析）里的筆記哦~當(dāng)然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和視頻上講的不一樣那是我自己發(fā)揮的，自行忽略.... 市面上公...
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GOplot 可視化基因富集分析結(jié)果GOplot 包通過(guò)封裝好的函數(shù)可視化基因功能分析結(jié)果。 #1. 安裝 #2. GOplot 內(nèi)置數(shù)據(jù) ##2.1 腦和心臟內(nèi)皮細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù) 來(lái)自文章Nolan et a...
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clusterProfiler: 分析+可視化GO和KEGG富集的轉(zhuǎn)錄組R包寫作之友 基因和基因簇的功能譜 (functional profiles) 的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析及可視化 G Yu, LG Wang, Y Han, QY He. clusterPr...
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STEP6:WGCNA相關(guān)性分析因?yàn)闃颖緮?shù)量比較可觀，所以可以進(jìn)行WGCNA分析。這里是并不需要選取所有的基因來(lái)做WGCNA分析，挑選的標(biāo)準(zhǔn)可以是top變異程度大的基因集合，或者顯著差異表達(dá)的基因集合等等。...
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系統(tǒng)發(fā)育比較分析—R系統(tǒng)發(fā)育樹是研究物種進(jìn)化歷史必不可少的信息，我們可以利用它得到一些重要?dú)v史線索，如： 生物多樣性（物種形成或滅絕）； 物種性狀進(jìn)化與多樣化（Character evoluti...
