歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! Gene Ontology是研究基因功能的重要數(shù)據(jù)庫(kù)之一,在進(jìn)行GO的富集分析時(shí),需要提供所有基因?qū)?yīng)的GO注釋信息,本文介紹幾種獲取該信息的方式...
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感覺100年沒(méi)有上簡(jiǎn)書,近2個(gè)月忙于畢業(yè)論文以及公眾號(hào)推文,沒(méi)有時(shí)間更文章。終于前幾天交了論文呢,可以回來(lái)更文了。沒(méi)錯(cuò)我只是在為我的懶惰尋找接口,今天我們來(lái)講一下桑基圖(Sa...
導(dǎo)讀 ggtree由R語(yǔ)言大神Y叔紙筆,于2018年發(fā)表在Molecular Biology and Evolution雜志上,現(xiàn)引用已達(dá)407(2019.10.10 goo...
1.kegg數(shù)據(jù)庫(kù)下載 通常我們?nèi)绻阎硞€(gè)基因,想對(duì)這個(gè)基因做通路很簡(jiǎn)單,直接用kegg的網(wǎng)頁(yè)注釋就可以;如果想知道某個(gè)通路里相關(guān)的所有基因列表,要找全的話只能從數(shù)據(jù)庫(kù)里調(diào)...
測(cè)序上游分析系列: mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣:上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline:從raw r...
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1. 數(shù)據(jù)集介紹 ??由于人類基因集富集分析,有msigdb數(shù)據(jù)庫(kù)[https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp],上面有各種...
測(cè)序上游分析系列: mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣:上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline:從raw r...
Part 1. 蛋白質(zhì)組學(xué)中,譜圖搜庫(kù)是如何實(shí)現(xiàn)的? 蛋白質(zhì)組學(xué)中,各種軟件對(duì)質(zhì)譜得到的譜圖進(jìn)行搜庫(kù)時(shí)通常是利用以下三種方法之一進(jìn)行: 根據(jù)相關(guān)的質(zhì)量信息獲得部分或完整的肽序...
這是我聽B站鯪魚不會(huì)飛視頻(GO,KEGG,DO富集分析)里的筆記哦~當(dāng)然有的地方加上的是我自己的理解,如果哪里和視頻上講的不一樣那是我自己發(fā)揮的,自行忽略.... 市面上公...
GOplot 包通過(guò)封裝好的函數(shù)可視化基因功能分析結(jié)果。 #1. 安裝 #2. GOplot 內(nèi)置數(shù)據(jù) ##2.1 腦和心臟內(nèi)皮細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù) 來(lái)自文章Nolan et a...
寫作之友 基因和基因簇的功能譜 (functional profiles) 的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析及可視化 G Yu, LG Wang, Y Han, QY He. clusterPr...
因?yàn)闃颖緮?shù)量比較可觀,所以可以進(jìn)行WGCNA分析。這里是并不需要選取所有的基因來(lái)做WGCNA分析,挑選的標(biāo)準(zhǔn)可以是top變異程度大的基因集合,或者顯著差異表達(dá)的基因集合等等。...
系統(tǒng)發(fā)育樹是研究物種進(jìn)化歷史必不可少的信息,我們可以利用它得到一些重要?dú)v史線索,如: 生物多樣性(物種形成或滅絕); 物種性狀進(jìn)化與多樣化(Character evoluti...