使用cBioPortal進(jìn)行復(fù)雜的癌癥基因組和臨床profiles整合分析（Y大寬原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載需要說明） 主要來自于doi:10.1158/2159-8290.CD-12-00...
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TCGA 數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn) —— GSVA、ssGSEA 和單基因富集分析前言 前面，我們介紹過了差異基因的功能富集分析，今天，我們對這部分的內(nèi)容作一些補(bǔ)充 主要介紹一下 GEVA、ssGSEA 和單基因的富集分析 GSVA 我們知道，GSEA 富...
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ssGSEA算法原理及應(yīng)用TCGA數(shù)據(jù)zhuang_gj 2020/10/11 ssGSEA算法原理及應(yīng)用[#ssgsea%E7%AE%97%E6%B3%95%E5%8E%9F%E7%90%86%E5%8F%8A...
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判斷GEO芯片數(shù)據(jù)表達(dá)矩陣是否需要log2轉(zhuǎn)換通過exprs函數(shù)獲取表達(dá)矩陣后我們可以通過以下三種方法判斷是否需要進(jìn)行l(wèi)og2轉(zhuǎn)換 1.肉眼識別 最簡單粗暴的方法就是，根據(jù)數(shù)值大小粗略估計(jì)：如果表達(dá)量的數(shù)值在50以內(nèi)，通...
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Scale和Normalization的異同前言 在處理數(shù)據(jù)的時(shí)候，經(jīng)常會遇到兩個(gè)名詞Scale和Normalization，這兩個(gè)名詞經(jīng)常會被混雜著使用，讓我在理解一些操作的時(shí)候經(jīng)常會迷糊，那么我就結(jié)合R語言里面的s...
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ggplot2以及畫箭頭的一切出來畫圖，難免碰到個(gè)畫箭頭的需求。 簡單，如下的代碼就能安排。 畫箭頭時(shí)一些調(diào)整和參數(shù)設(shè)置，可以參考如下代碼，看看箭頭的頭和尾的圓或者鈍怎么設(shè)置。
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討論學(xué)習(xí)R的grepl函數(shù)，附代碼俗話說，“獨(dú)學(xué)而無友，則孤陋而寡聞”。 為了方便大家交流學(xué)習(xí)，共同進(jìn)步，我特地創(chuàng)建了?生信交流群[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4O...
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規(guī)劃研究設(shè)計(jì)四步驟
規(guī)劃研究設(shè)計(jì)的最初四個(gè)步驟： 1. 找到一個(gè)題目，而這個(gè)題目要具體到你可以掌握足夠的相關(guān)信息。 2. 提出與該題目相關(guān)的問題，直到你發(fā)現(xiàn)某些引發(fā)自己興趣的問題。 3. 決定你...
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跟著Cell學(xué)作圖|8.富集網(wǎng)絡(luò)圖(Cytoscape/ClueGO)跟著Cell學(xué)作圖|8.富集網(wǎng)絡(luò)圖(Cytoscape/ClueGO) “實(shí)踐是檢驗(yàn)真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)。”“復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)R語言的最好辦法。” DOI: 10.1016/j.cell...
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跟著Nature Genetics 學(xué)畫圖：R語言ggplot2畫箱線圖(boxplot)展示D statistic今天推文重復(fù)的圖來自于 論文Whole-genome resequencing of 445 Lactuca accessions reveals the domestica...
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Citavi使用筆記（二）1. 關(guān)于group/category 之前我一直用category來將文獻(xiàn)分組，但是自從看了官網(wǎng)的介紹后，對于group和category的使用有了新的體會。group更適...
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是否該結(jié)束“說簡書”
昨天在簡村轉(zhuǎn)悠，發(fā)現(xiàn)簡友云卷云舒寫了一篇文章，題目是《是否該結(jié)束“談寫作”》，文中提到老師點(diǎn)評給出三點(diǎn)建議：一、不要總是談寫作。如果一直寫同質(zhì)化的東西，容易讓人生厭；二、要多...
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找出自己寫作的薄弱環(huán)節(jié)在簡書里日更已經(jīng)355天了，寫了這么久，總算有了一點(diǎn)小小的成績。 今天有簡友給我留言，字?jǐn)?shù)少了，文章不錯(cuò)。這位朋友真是一針見血，這個(gè)就是我寫作的薄弱環(huán)節(jié)，不知道是自己懶，還是...
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全國網(wǎng)絡(luò)作家達(dá)到1750萬，投稿泥牛入海也釋然了
昨天看了一篇文章，說目前國內(nèi)網(wǎng)絡(luò)作家已經(jīng)達(dá)到1750萬人。具體報(bào)道如下: 第六屆中國網(wǎng)絡(luò)文學(xué)論壇在內(nèi)蒙古赤峰隆重召開，大會公布了最新數(shù)據(jù)： 截止目前，全國網(wǎng)絡(luò)作家的數(shù)量已經(jīng)達(dá)...
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消零派052號賀蘭岳：四月份工作總結(jié)本人賀蘭岳，是3月1號來到簡書的，來到后我收獲了太多關(guān)心與厚愛！在個(gè)人成長方面我得到多位簡書前輩的提攜與指點(diǎn)；在寫作投稿方面得到了“悠云閣”和“愛心小島”的加持與助力。在這個(gè)...
