說在前面： 早在 2009 年，韓斌團(tuán)隊(duì)（第一作者是黃學(xué)輝）就在 Genome Res 上發(fā)了一篇文章 High-throughput genotyping by whole...
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SNPbinner 構(gòu)建定位群體的基因組 bin 圖譜 -
fSGAT批量候選基因關(guān)聯(lián)分析丨快速單基因關(guān)聯(lián)分析
候選基因如何分析？ 通常情況下關(guān)聯(lián)分析會得到一大堆候選基因，總不可能每個都有用，因此需要對候選基因進(jìn)行深一步分析，本篇筆記分享一下群體遺傳學(xué)研究中GWAS候選位點(diǎn)與候選基因的...
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總結(jié)丨SGAT單基因關(guān)聯(lián)分析工具，一文上手使用
SGAT是一個免費(fèi)開源的單基因分析工具，基于Linux系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)自動化批量處理，能夠快速準(zhǔn)確的完成單基因和表型的關(guān)聯(lián)分析，只需要輸入基因型和表型原始數(shù)據(jù)，即可計(jì)算出顯著關(guān)聯(lián)的S...
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「基因組」基因組分析之鑒定基因類型基因類型鑒定 基因組的組裝和注釋完成，得到配套的基因組和注釋文件之后，可以利用gffread軟件提取對應(yīng)的gene的cds，pep序列。應(yīng)運(yùn)而生，下游的生信或者實(shí)驗(yàn)想知道關(guān)注...
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GenomeSyn基因組共線性及結(jié)構(gòu)變異可視化工具三代Pacbio和Nanopore測序技術(shù)的快速發(fā)展推動了比較基因組學(xué)領(lǐng)域的進(jìn)步，泛基因組構(gòu)建和結(jié)構(gòu)變異識別成為該領(lǐng)域研究前沿。其中，共線性分析是比較基因組學(xué)的重要組成部分，...
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結(jié)構(gòu)變異SV的鑒定--smartie-sv與bayestyper
最近一直在折騰結(jié)構(gòu)變異SV的鑒定，SV的鑒定軟件雖然很多，但是在最近的兩篇基因組文章里面，主要用的是smartie-sv和bayesTyper，其中smartie-sv主要用...
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組學(xué)工具合集
組學(xué)工具合集 整理了一些目前知道的與組學(xué)相關(guān)的工具，可能不全面，歡迎補(bǔ)充 基因組學(xué) 一代組裝 Celera Assembler: 最具代表性的工具 二代組裝 Minia SP...
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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（六）：GO、KEGG富集分析與enrichplot超全可視化攻略本節(jié)概覽：1.獲取DEG結(jié)果的上下調(diào)差異基因2.bitr()函數(shù)轉(zhuǎn)化基因名為entrez ID3.利用clusterProfiler進(jìn)行KEGG與GO富集4.用enrichp...
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我是外科醫(yī)生，所以很粗暴的喲！～～<br>歡迎大家關(guān)注微博“醫(yī)學(xué)小蛋散”哦～<br>讓學(xué)醫(yī)快樂～ <br>記錄行醫(yī)之旅～
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GWAS分析-多個性狀的manhattan組合圖繪制(五)在之前GWAS分析中，我們已經(jīng)學(xué)會了如何使用R包qqman對單個性狀繪制manhattan圖，有時會需要將多個性狀的manhattan圖組合到一張圖中分析，今天就帶小伙伴學(xué)習(xí)...
