作者:snail編輯:angelica 引言 跟著阿拉丁一起學(xué)習(xí)的時(shí)間又到了~~ ATAC-seq利用DNA轉(zhuǎn)座酶(Tn5)切割開放的DNA區(qū)域并結(jié)合二代高通量測序技術(shù)來研究...
作者:snail編輯:angelica 引言 跟著阿拉丁一起學(xué)習(xí)的時(shí)間又到了~~ ATAC-seq利用DNA轉(zhuǎn)座酶(Tn5)切割開放的DNA區(qū)域并結(jié)合二代高通量測序技術(shù)來研究...
http://dalexander.github.io/admixture/admixture-manual.pdf[http://dalexander.github.io/...
在得到我們感興趣的基因集后,除了對其進(jìn)行GO等富集分析查看與什么重要的生物學(xué)通路相關(guān),還可以進(jìn)行PPI蛋白互作網(wǎng)絡(luò)(PPI, Protein-Protein Interact...
1. clusterProfiler包,bitr()轉(zhuǎn)換ID函數(shù) clusterProfiler 是Y叔寫的一個(gè)功能強(qiáng)大的R包,可以用來做各種富集分析,如GO、KEGG、DO...
部分代碼參考自10x genomics官網(wǎng)[what-is-cell-ranger-atac],但絕大多數(shù)代碼融入了我自己的思考 1、上游分析(軟件安裝 + 數(shù)據(jù)獲取 + c...
ATAC-Seq簡介 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput seq...
sed文本處理工具的用法: 用法1:前置命令 | sed [選項(xiàng)] '條件指令'用法2:sed [選項(xiàng)] '條件指令' 文件.. .. 相關(guān)說: 條件可以是行號或者...
計(jì)算各個(gè)cluster的細(xì)胞數(shù); table(Idents(pbmc)) 定義對應(yīng)每個(gè)cluster對應(yīng)的細(xì)胞類型,也可將ident改為相應(yīng)的細(xì)胞類型,計(jì)算每個(gè)細(xì)胞類型的細(xì)胞...