作者：snail編輯：angelica 引言 跟著阿拉丁一起學(xué)習(xí)的時(shí)間又到了～～ ATAC-seq利用DNA轉(zhuǎn)座酶（Tn5）切割開放的DNA區(qū)域并結(jié)合二代高通量測序技術(shù)來研究...
IP屬地：北京
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ATAC-seq / ChIP-seq問題盤點(diǎn)
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admixture 群體結(jié)構(gòu)分析http://dalexander.github.io/admixture/admixture-manual.pdf[http://dalexander.github.io/...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析—PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建在得到我們感興趣的基因集后，除了對其進(jìn)行GO等富集分析查看與什么重要的生物學(xué)通路相關(guān)，還可以進(jìn)行PPI蛋白互作網(wǎng)絡(luò)（PPI, Protein-Protein Interact...
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基因ID轉(zhuǎn)換方法總結(jié)1. clusterProfiler包，bitr()轉(zhuǎn)換ID函數(shù) clusterProfiler 是Y叔寫的一個(gè)功能強(qiáng)大的R包，可以用來做各種富集分析，如GO、KEGG、DO...
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生信 | scATAC-Seq數(shù)據(jù)獲取（超快sra轉(zhuǎn)fq）部分代碼參考自10x genomics官網(wǎng)[what-is-cell-ranger-atac]，但絕大多數(shù)代碼融入了我自己的思考 1、上游分析（軟件安裝 + 數(shù)據(jù)獲取 + c...
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第1篇：ATAC-seq的背景介紹以及與ChIP-Seq的異同ATAC-Seq簡介 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput seq...
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sed命令基本用法
sed文本處理工具的用法： 用法1：前置命令 | sed [選項(xiàng)] '條件指令'用法2：sed [選項(xiàng)] '條件指令' 文件.. .. 相關(guān)說： 條件可以是行號或者...
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Seurat：計(jì)算cluster的細(xì)胞比例和繪制堆疊條形圖
計(jì)算各個(gè)cluster的細(xì)胞數(shù)； table(Idents(pbmc)) 定義對應(yīng)每個(gè)cluster對應(yīng)的細(xì)胞類型，也可將ident改為相應(yīng)的細(xì)胞類型，計(jì)算每個(gè)細(xì)胞類型的細(xì)胞...
