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R語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)OTU表的抽平分析
R語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)OTU表的抽平分析 好久沒(méi)有更新文章了，抱歉，今天我們先來(lái)講一下抽平。相信大家平常在16s RNA 測(cè)序后，一般都會(huì)對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)劃分后生成的OTU表進(jìn)行抽平，保證保證...
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phyloseq包的使用
參考資料： https://www.yunbios.net/phyloseq.html https://joey711.github.io/phyloseq/import-d...
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【R畫(huà)圖學(xué)習(xí)8.1】PCA圖主成分分析，即Principle Component Analysis (PCA)，是一種傳統(tǒng)的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法，被機(jī)器學(xué)習(xí)領(lǐng)域引入后，通常被認(rèn)為是一種特殊的非監(jiān)督學(xué)習(xí)算法，其可以...
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日行一善
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群落多樣性之Alpha多樣性（一）
學(xué)習(xí)生物學(xué)，一項(xiàng)很重要的事情就是理解概念。有一種方法就是直接從名字上理解概念。小RNA，是不是就是很小的RNA？宏基因組，是不是就是很“宏”的基因組？……答案很統(tǒng)一：必須是啊...
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微生物多樣性alpha分析看不明白？看這里！在微生物多樣性分析的報(bào)告中主要包括五個(gè)部分：Alpha多樣性分析、Beta多樣性分析、物種組成分析、進(jìn)化關(guān)系分析、差異分析，其中Alpha多樣性分析是生態(tài)學(xué)中生物多樣性的一個(gè)...
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利用ggplot畫(huà)好看的散點(diǎn)圖、箱線圖、小提琴圖及疊加圖小提琴圖保留了箱式圖的優(yōu)勢(shì)，有效顯示中位數(shù)，范圍和變異性，簡(jiǎn)單美觀可看性強(qiáng)，今天給大家分享下繪制小提琴圖、箱線圖、及散點(diǎn)圖的基本做法。 讀入數(shù)據(jù) 繪制 三圖合一
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微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié): vsearch
本次筆記內(nèi)容：vsearch超簡(jiǎn)介紹install vsearch (linux)常用command vsearch超簡(jiǎn)介紹 usearch的可靠替代，代碼開(kāi)源，沒(méi)有數(shù)據(jù)量大...
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GEO數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘—生信技能樹(shù)B站視頻以下是B站生信技能樹(shù)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘的課程筆記 主要內(nèi)容及學(xué)習(xí)目的： 介紹GEO數(shù)據(jù)庫(kù)：了解數(shù)據(jù)存放位置； 介紹GSE項(xiàng)目的3種下載方式； 介紹ID轉(zhuǎn)換：使用R語(yǔ)言技巧實(shí)現(xiàn)基...
