前言 在發(fā)表文章之前我們需要將測序的原始數(shù)據(jù)上傳到一個公共庫，并在文中提供accession number，實現(xiàn)數(shù)據(jù)的公開共享，這是國際慣例。以前我們上傳數(shù)據(jù)時只能上傳到美國...
IP屬地：北京
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國家基因組科學數(shù)據(jù)中心（NGDC）---組學原始數(shù)據(jù)如何上傳GSA -
最全bcftools使用說明--只看本文就夠了1 簡介 BCFtools 是一款多種實用工具的集合，它可以用于處理VCF文件和二進制的BCF文件。它可以接受VCF格式、壓縮的VCF格式以及BCF格式，并能自動檢測輸入的格...
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回歸分析 | R語言 -- 多元線性回歸
多元線性回歸 多元線性回歸 是 簡單線性回歸[http://www.itdecent.cn/p/f8b2a320a767] 的擴展，用于基于多個不同的預測變量（x）預測結果...
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「基因組學」使用OrthoFinder進行直系同源基因分析談論到直系同源基因分析的時候，大部分教程都是介紹OrthoMCL，這是2003年發(fā)表的一個工具，目前的引用次數(shù)已經(jīng)達到了3000多，但這個軟件似乎在2013年之后就不在更新，...
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用SeqinR包在NCBI獲取基因組序列并分析
這里是網(wǎng)頁版獲取DNA序列，下載保存后可以用read.fasta打開##########################用SeqinR包獲取序列并進行統(tǒng)計##########...
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@equne typoras還挺只能的，哈哈~
如何在 Markdown 注釋一段文字
寫代碼你可以注釋，不需要處理的代碼就 comment out。寫 Markdown 呢？一篇文章寫出來，總是有點草稿的，每次都忍痛割愛刪掉，可能下次還要再敲一遍。所以我一般都...
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【樹】Linux筆記-3 shell腳本編程【樹】Linux筆記-3 shell腳本編程 以下內容是參與【生信技能樹-全球聽第7期】的課程筆記，記錄人：小瑛 ，有問題可在公眾號后臺留言小白小白，請注意：筆記中出現(xiàn)的所...
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序列比對后計算變異位點，有效位點，核苷酸多樣性variable sites informative sites nucleotide diversity 信息位點的定義：在兩個及以上分類單元（的序列）中存在差異，且其中至...
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讀文章重復結果：使用DnaSp軟件計算核苷酸多態(tài)性Pi(nucleotide diversity)
葉綠體基因組的文章中通常會有一小部分內容是運用DnaSp軟件來進行核苷酸多態(tài)性π分析，斷斷續(xù)續(xù)看了也好長時間了，今天終于重復出了結果，簡單記錄自己的重復過程： 論文：comp...
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用以判斷選擇壓力的Ka/Ks的計算前言 最近在看一些關于生態(tài)、遺傳、基因組進化等的文獻，其中有個很多人用的也用了很久的用以判斷物種選擇壓力的數(shù)值，（Ka/Ks）。發(fā)現(xiàn)在國內的資料中比較少，即使有，也只是教大家...
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【樹】Linux筆記-2 軟件安裝
以下內容是參與【生信技能樹-全球聽第7期】的課程筆記，記錄人：小瑛 ，有問題可在公眾號后臺留言小白小白，請注意：筆記中出現(xiàn)的所有文件路徑，僅作為參考，請勿模仿！ 1. co...
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【樹】Linux筆記 -1
以下內容是參與【生信技能樹-全球聽第7期】的課程筆記，記錄人：小瑛 ，有問題可在公眾號后臺留言小白小白，請注意：筆記中出現(xiàn)的所有文件路徑，僅作為參考，請勿模仿！ 1. 登錄...
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fasta/fq文件處理萬能工具——Seqkit學習記錄
shenwei爪哥開發(fā)的處理Fasta/Fastq文件的萬能工具。之前處理fq/fa文件時花時間寫的一些腳本發(fā)現(xiàn)在seqkit里直接能一行命令就解決。實在是提升效率，整合流程...
