生信堿移 scMLnet 使用筆記 本文將介紹如何使用 scMLnet 從單細(xì)胞 RNA 測(cè)序數(shù)據(jù)推斷細(xì)胞通訊中的調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 中山大學(xué) 孫小強(qiáng) 教授團(tuán)隊(duì)于2020年開(kāi)發(fā)了一種 ...
IP屬地：上海
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scMLnet 包：使用單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)推斷細(xì)胞通訊中的“配體-受體-TF-mRNA”調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（單細(xì)胞多層網(wǎng)絡(luò)） -
linux命令匯總（先復(fù)習(xí)一下吧） 命令格式 快捷鍵 Ctrl + C：終止任務(wù)Ctrl + Z：暫停任務(wù)（將一個(gè)正在前臺(tái)執(zhí)行的命令放到后臺(tái)，并處于暫停狀態(tài)）Ctrl + L：清屏Ctrl +...
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軟件1 —— conda
一、 基本介紹 Conda是一個(gè)開(kāi)源的包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)，可在Windows、macOS和Linux上運(yùn)行。 Conda可快速安裝、運(yùn)行和更新包及其依賴項(xiàng)，可以輕松地...
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軟件3 —— Trim Galore和Trimmomatic
一、 基本介紹 Trim Galore是對(duì)FastQC和Cutadapt的包裝。適用于所有高通量測(cè)序，包括RRBS (Reduced Representation Bisu...
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中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院-基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)博士在讀<br>歡迎關(guān)注個(gè)人公眾號(hào)<br><br>公眾號(hào)：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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plot1cell：優(yōu)雅的可視化你的單細(xì)胞數(shù)據(jù)簡(jiǎn)介 plot1cell包提供了多種單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化的高級(jí)功能，可以基于Seurat分析結(jié)果對(duì)象直接進(jìn)行可視化繪圖，主要依賴于Seurat V4，circlize，Compl...
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@43afbd6799d8 我也是 小心
R語(yǔ)言-解決problem copying rlang.dll: Permission denied的問(wèn)題
錯(cuò)誤場(chǎng)景 在下載某些包 的時(shí)候，遇到了Permission denied的問(wèn)題錯(cuò)誤如下：In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TR...
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害人不淺吶，執(zhí)行完unlink直接連RStudio都打不開(kāi)了，把base的包都刪掉了，聽(tīng)我說(shuō)謝謝你作者
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We'll do whatever just to stay alive.
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Seurat單細(xì)胞分析常見(jiàn)代碼-021.R程序并行運(yùn)算和調(diào)整R內(nèi)部允許的對(duì)象大小的限制 默認(rèn)是500 * 1024 ^ 2 = 500 Mb future在seurat的具體應(yīng)用詳見(jiàn)：https://satij...
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10X單細(xì)胞免疫圖譜分析匯總作者，Evil Genius~~ 新的一周，天氣變冷了，大家努力科研工作的同時(shí)，注意保暖，畢竟身體是革命的本錢。 相比較單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，ATAC和VDJ的文章相對(duì)較少，當(dāng)然了，...
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R 函數(shù)筆記 | grep()函數(shù)與R語(yǔ)言中的正則表達(dá)式
grep()能對(duì)向量中特定條件的元素進(jìn)行查詢，默認(rèn)return為index。grep()語(yǔ)法與grep()大致相似，但默認(rèn)return為logical。 grep() 代碼如...
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scRNAseq雙細(xì)胞去除-1: DoubletFinder10x平臺(tái)的雙細(xì)胞率（符合泊松分布1）： 根據(jù)Poisson分布，單個(gè)液滴包含超過(guò)一個(gè)細(xì)胞（doublets或multiplets）的頻率隨著上機(jī)細(xì)胞的濃度而改變。通常如果上...
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Seurat重要命令匯總
參考：https://satijalab.org/seurat/articles/essential_commands.html[https://satijalab.org/...
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