我要不要繼續(xù)更新呀。簡書真的不錯，尤其在markdown格式轉(zhuǎn)化方面。求求別倒閉！
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【軟件使用】PyMol入門教程主要講述PyMOL中常見的圖形界面（鼠標）操作 1.認識PyMol 1. 軟件界面介紹 1.2 內(nèi)置demo介紹 打開PyMOL,點擊1.1菜單窗口的Wizard菜單，然后點...
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跟著Nature microbiology學(xué)畫圖~R語言ggtree展示進化樹今天要模仿的圖片來自于論文 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions ...
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跟著Nature Communications學(xué)數(shù)據(jù)分析：R語言DESeq2包做otu差異豐度分析及火山圖展示結(jié)果論文 Microbiome differential abundance methods produce different results across 38 datase...
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使用clusterProfiler進行富集分析clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫的R包，看過了它的繪圖就會使人沉迷于其顏值無法自拔。本文很多內(nèi)容直接翻譯自官方文檔，加上了我的測試數(shù)據(jù)（還是以果蠅為例）。 一、...
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IGV導(dǎo)出SVG圖片導(dǎo)入到AI里的方法
前言 從IGV里導(dǎo)出矢量圖格式SVG，雖然可以直接用chrome查看，但是用AI打開編輯時會報錯，并只剩下框架，沒有各個tracks，如下圖： 有些版本還會報帶有Tiny的提...
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富集分析天花板之ClusterProfiler4說在前面 在國內(nèi)做生信的小伙伴或多或少都聽過一個大名鼎鼎的名字---Y叔，想當初小編初入生信大門時還專門百度查了一下，他就是南方醫(yī)科大學(xué)生物信息學(xué)系主任余光創(chuàng)教授。Y叔在國際...
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在熱圖中標注出特定基因的名稱對于基因的差異表達譜，常用熱圖作為展示。但有時差異基因可能非常的多，熱圖中不可能將所有基因的名稱標注出來。那么此時不妨選擇一些比較重要的基因（比方說p值最顯著的那些），在圖中...
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如何給熱圖heatmap添加指定的標簽？當我們畫熱圖（heatmap）的時候，如果基因的名字比較多的時候，在熱圖中展示的話，就會出現(xiàn)名字重疊的情況，針對這個情況，我們有兩種比較好的解決辦法，第一是在熱圖中僅顯示關(guān)注...
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pheatmap熱圖技巧合集突然間發(fā)現(xiàn)，我一做熱圖就用pheatmap幾乎不存在第二個選項了。是時候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一個值得注意的參數(shù)，它旨在說明你想...
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跟著PNAS學(xué)畫圖：R語言ggplot2分組添加擬合曲線論文 https://www.pnas.org/content/118/20/e2010588118[https://www.pnas.org/content/118/20/...
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bcftools 處理vcf文件，尋找多個vcf文件中突變的交集
目標 通過varscan等找到somatic mutations之后，想看多個樣本的突變之間的交集。bcftools是用來處理vcf文件，可以進行各種相關(guān)的處理和分析。 軟件...
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SnpEff使用方法
SnpEff使用方法 SnpEff 軟件通過基因組結(jié)構(gòu)注釋數(shù)據(jù)（GTF文件），對VCF文件中的SNP/InDel信息進行注釋，即主要解釋了SNP/InDel是否能夠?qū)幋a蛋白...
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如何在mac終端進入外插移動硬盤？
步驟如下： 1，在Mac中進入終端界面； 2，輸入$ cd ../ （注意：cd后面有一個空格）； 3，確保處于進入了 "/" 目錄，若不是，請繼續(xù)輸入$ cd ../ 4，...
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bcftools常用命令總結(jié)
bcftools是一個用于檢測突變和處理vcf（variant call format）、bcf（vcf對應(yīng)的二進制形式）文件的工具。雖然bcftools的大部分命令都可以直...
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最全bcftools使用說明--只看本文就夠了1 簡介 BCFtools 是一款多種實用工具的集合，它可以用于處理VCF文件和二進制的BCF文件。它可以接受VCF格式、壓縮的VCF格式以及BCF格式，并能自動檢測輸入的格...
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文獻中的熱圖代碼實現(xiàn)（熱圖標記感興趣的基因,基礎(chǔ)知識）hello，大家好，今天我們來實現(xiàn)一下下面的這張熱圖 我們最關(guān)注的就是圖的右邊只標記感興趣的基因，如何實現(xiàn)呢？？？ 準備作圖文件 接下來，讓我們來實現(xiàn)一下上面的熱圖。 為了繪...
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CRISPR-Cas gRNA設(shè)計到底該選哪個工具？？
自從開始分享自己的CRISPR-Cas9學(xué)習(xí)筆記和記錄之后，收到了很多很有用的Tips以及一些未曾思考過的問題。分享學(xué)習(xí)筆記是一個非常好的學(xué)習(xí)方法，因每個人的背景知識、思維邏...
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微生物組16S rRNA數(shù)據(jù)分析小結(jié)：從fastq測序數(shù)據(jù)到OTU table筆記內(nèi)容：由二代測序產(chǎn)生的序列數(shù)據(jù)（fastq格式）到物種豐度的OTU table， 樣本群落距離矩陣，物種多樣性指數(shù)，序列的進化樹及物種注釋信息的分析結(jié)果，為常規(guī)分析流程。...
個人介紹
抓娃娃大賽全國十六強
細胞生物學(xué)博士
努力??學(xué)習(xí)生物信息ing~
博士期間研究方向：昆蟲嗅覺感受，性信息素合成的分子機制；
博后現(xiàn)階段研究方向：蚊媒病毒神經(jīng)細胞嗜性的細胞分子機制
歡迎關(guān)注公眾號：我們一起學(xué)生信
細胞生物學(xué)博士
努力??學(xué)習(xí)生物信息ing~
博士期間研究方向：昆蟲嗅覺感受，性信息素合成的分子機制；
博后現(xiàn)階段研究方向：蚊媒病毒神經(jīng)細胞嗜性的細胞分子機制
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