雷達圖繪制 （1）ggplot2簡約版雷達圖 library(ggplot2) dt = data.frame(A2 = c(0, 3.33, 3.25, 2.29, 0,2...
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基因家族分析全套軟件
基因家族生物信息學(xué)分析 （1）基因家族分析概述 旁系同源基因 基因家族可通過基因復(fù)制進行物種特異性擴增，主要有染色體片段復(fù)制、串聯(lián)復(fù)制和反轉(zhuǎn)錄子轉(zhuǎn)座等三種形式，可能導(dǎo)致功能丟...
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基因組注釋理論基礎(chǔ)
基因組注釋主要包括四個方面： 重復(fù)序列識別 序列比對方法 RepeatScout、LTR-finder、Tendem Repeat Finder、Piler、Repe...
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RepeatModeler + RepeatMasker
在基因組注釋中第一步就是重復(fù)序列的屏蔽，目前常用的從頭注釋pipeline就是RepeatModeler + RepeatMasker。 1. 軟件安裝 RepeatMask...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組擴增技術(shù)
單細胞轉(zhuǎn)錄組測序方法詳解 1 Smart-seq2（擴增全長轉(zhuǎn)錄組） 通過ployT抓取，只能檢測mRNA。 Smart-seq2步驟: 1通過ployT抓取，加入SMART...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)標準化--Normalization轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)經(jīng)過比對到參考基因組獲得對應(yīng)基因count值后，因為測序深度以及基因長度的關(guān)系，在進行差異分析之前，還需要進行標準化。標準化是轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)差異分析必不可少的一步。 用...
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生物工程的主要領(lǐng)域
盡管時間只有20多年，生物工程已發(fā)展成一個龐大的體系，按照傳統(tǒng)的說法（盡管這個傳統(tǒng)也不過20年），生物技術(shù)主要包括細胞工程、遺傳工程、發(fā)酵工程、酶工程這四大支柱。推廣開來，生...
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Python入門四+小部分linux
序列是對列表、元組、字符串的統(tǒng)稱。 Python中的字典指的是Perl中的哈希，字典使用{}進行定義，每一對鍵值組合稱為項。 集合：唯一性，無序性（即不能通過索引集中中的某一...
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Python入門四+小部分linux序列是對列表、元組、字符串的統(tǒng)稱。 Python中的字典指的是Perl中的哈希，字典使用{}進行定義，每一對鍵值組合稱為項。 集合：唯一性，無序性（即不能通過索引集中中的某一...