個(gè)人總結(jié)：GWAS是復(fù)雜性狀相關(guān)基因定位的常用手段，其結(jié)果與參考基因組的選擇有關(guān)，若多樣性群體中的候選基因不存在于參考基因組，則無(wú)法鑒定。而Kmer-based GWAS則不...
一、什么是單倍型？ 在單倍型分析前，首先需要明白什么是單倍型、什么是基因單倍型？ 一般來(lái)講，所謂的單倍型是指同一染色體上不同變異位點(diǎn)的各種線性組合形式。那么基因單倍型自然就是...
你好我想問(wèn)下AGPv2的數(shù)據(jù)是在哪里下載的？
如何使用snpEff創(chuàng)建本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù)snpEff的使用是在Linux系統(tǒng)中Java運(yùn)行環(huán)境下。 一、下載snpEff 方法一： 直接在家目錄下載使用命令 wgethttp://sourceforge.net/p...
本文內(nèi)容主要來(lái)自徐云碧老師2016年發(fā)表在PBJ上的綜述“Bulked sample analysis in genetics, genomics and crop impr...
本文內(nèi)容來(lái)自徐明良教授報(bào)告，僅供學(xué)習(xí)。 玉米基因組蘊(yùn)含豐富抗病基因 與禾谷類(lèi)其它作物，如水稻、小麥等不同，玉米是典型異花授粉作物，遺傳基礎(chǔ)復(fù)雜，基因組多樣性明顯，在長(zhǎng)期進(jìn)化過(guò)...
近來(lái)在利用R包ggalt以美化pca和pcoa圖的展示，在linux環(huán)境下安裝ggalt時(shí)，遇見(jiàn)proj4的報(bào)錯(cuò)信息如下： configure: error: libproj...
一個(gè)標(biāo)題行??
GEO數(shù)據(jù)挖掘之第一步：數(shù)據(jù)預(yù)處理與差異分析作為一個(gè)剛接觸生物信息這個(gè)專(zhuān)業(yè)小白，我正在努力學(xué)習(xí)著最基礎(chǔ)的東西，最先是了解GEO數(shù)據(jù)庫(kù)，自己利用數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，還好之前有R語(yǔ)言基礎(chǔ)，這第一步就花了很長(zhǎng)時(shí)間，但是完成后是很有...
請(qǐng)問(wèn)我下載的series_matrix文件最后導(dǎo)入轉(zhuǎn)換只有第一行，數(shù)據(jù)導(dǎo)入有什么方法嗎？謝謝
GEO數(shù)據(jù)挖掘之第一步：數(shù)據(jù)預(yù)處理與差異分析作為一個(gè)剛接觸生物信息這個(gè)專(zhuān)業(yè)小白，我正在努力學(xué)習(xí)著最基礎(chǔ)的東西，最先是了解GEO數(shù)據(jù)庫(kù)，自己利用數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，還好之前有R語(yǔ)言基礎(chǔ)，這第一步就花了很長(zhǎng)時(shí)間，但是完成后是很有...
文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用，有錯(cuò)誤請(qǐng)指出，我立刻改正！ 更多參考：https://shengxin.ren/question/541[https://shengxin.ren...
原文鏈接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/401460339 (伯遠(yuǎn)生物) 01 啟動(dòng)子的基本類(lèi)型 啟動(dòng)子是基因的重要組成部分，其主要功能為調(diào)控基...
啟動(dòng)子（promoter） 作用和功能：?jiǎn)?dòng)子是指一段能使特定基因進(jìn)行轉(zhuǎn)錄的DNA序列。啟動(dòng)子可以被RNA聚合酶辨認(rèn)，并開(kāi)始轉(zhuǎn)錄合成RNA。在RNA合成中，啟動(dòng)子可以和調(diào)控基...
做實(shí)驗(yàn)的朋友們對(duì)這個(gè)問(wèn)題應(yīng)該是很感興趣的，因?yàn)樯婕暗胶罄m(xù)能不能實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。 一般的做法是拿基因名或者蛋白名去查文獻(xiàn)，查網(wǎng)站。我知道的：uniprot、PDB、the human...
時(shí)隔一年多，于今日（20210313）再次更新教程，后續(xù)如果新出教程的話會(huì)一直更新。 同時(shí)感謝多年陪伴我成長(zhǎng)、一直默默關(guān)注我的「你們」~ by 「橙子牛奶糖（陳文燕）」 1....
作物遺傳育種需要發(fā)掘?qū)r(nóng)藝性狀有重要貢獻(xiàn)的QTL。某一重要農(nóng)藝性狀往往是由多個(gè)QTL調(diào)控。對(duì)這些QTL進(jìn)行精細(xì)定位找出對(duì)應(yīng)的基因?qū)ψ魑锏母牧季哂兄匾饬x。本文對(duì)如何進(jìn)行...
作圖群體 在學(xué)習(xí)數(shù)量遺傳學(xué)課程時(shí)，經(jīng)常碰到諸如DH群體等名詞，還是需要把相關(guān)的專(zhuān)業(yè)名詞積累一下。作圖群體概念及分類(lèi)介紹 - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[https:...
這是很多年前做的關(guān)于作圖群體的PPT，懶得再排版了，直接截圖上傳了，需要PPT的可以私信小編。在介紹作圖群體前我們先看一下之類(lèi)性狀和數(shù)量性狀的差別： 當(dāng)然還要知道幾個(gè)基本的概...
