發(fā)簡信
IP屬地：云南
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桑基圖——不同系統(tǒng)發(fā)育框架比較寫畢業(yè)論文的時候老板提到要用一張圖表示分類系統(tǒng)的變化，于是像到用?；鶊D來呈現(xiàn)這個變化的過程，具體操作步驟如下（越來越不喜歡寫注釋了，大家將就著看...
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DiscoVista安裝
DiscoVista是一個可視化多物種樹的軟件，由python2編寫；大家在安裝的時候可以單獨構建一個python2的環(huán)境。 下載安裝包 安裝r...
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基因流檢測軟件Dsuite安裝教程
Dsuite軟件的網(wǎng)站在Github上，GitHub - millanek/Dsuite: Fast calculation of Patter...
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BUSCO安裝
之前有小伙伴反應說是BUSCO很難安裝，這里我們使用mamba來進行安裝，首先安裝mamba 成功！然后開始安裝busco， 成功！記得每次使用...
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統(tǒng)計單拷貝直系同源基因頻率
在進行單拷貝直系同源基因構建系統(tǒng)發(fā)育樹之前，我們會將一些出現(xiàn)頻率比較低的單拷貝直系同源基因過濾掉，這就需要先統(tǒng)計頻率了，這個腳本使用find函數(shù)...
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合并單拷貝直系同源基因
當我們提取完所有的單拷貝直系同源基因之后，需要把所有物種的同個基因復制到同一個fasta文件中，因此，寫下了這個代碼，其中gene_list.t...
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給系統(tǒng)樹的物種修改名稱
構建完系統(tǒng)發(fā)育樹后，根據(jù)需要有些情況下需要對物種名稱重命名，這個python腳本就是可以將rename.list中的對應名稱替換到tree中。
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統(tǒng)計序列的基礎信息
在把序列合并起來以后，如果要用于建樹的話，一般在此之前建議看一下序列的常規(guī)指數(shù)，比如序列的長度、序列的配對相似度、序列的有效信息位點、還有序列的...
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對BUSCO的結果進行總結
平時我們對每個基因組做了BUSCO，但是官方提供的畫圖代碼很難用，所以決定自己提取出BUSCO的結果并進行畫圖，這一串代碼就可以批量從BUSCO...