寫(xiě)畢業(yè)論文的時(shí)候老板提到要用一張圖表示分類(lèi)系統(tǒng)的變化，于是像到用?；鶊D來(lái)呈現(xiàn)這個(gè)變化的過(guò)程，具體操作步驟如下（越來(lái)越不喜歡寫(xiě)注釋了，大家將就著看）：輸入表格如圖：
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：云南
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?；鶊D——不同系統(tǒng)發(fā)育框架比較 -
DiscoVista安裝
DiscoVista是一個(gè)可視化多物種樹(shù)的軟件，由python2編寫(xiě)；大家在安裝的時(shí)候可以單獨(dú)構(gòu)建一個(gè)python2的環(huán)境。 下載安裝包 安裝r-base 配置python2...
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請(qǐng)問(wèn)up，我在anaconda里面為什么搜不到coalhmm？
不完全譜系分選(Incomplete lineage sorting; ILS)及其分析方法
不完全譜系分選（Analysis of incomplete lineage sorting ; ILS)指的是由于基因組中不同片段的進(jìn)化速率和保守性不同，通過(guò)不同片段構(gòu)建的...
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基因流檢測(cè)軟件Dsuite安裝教程
Dsuite軟件的網(wǎng)站在Github上，GitHub - millanek/Dsuite: Fast calculation of Patterson's D (ABBA-B...
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統(tǒng)計(jì)單拷貝直系同源基因頻率
在進(jìn)行單拷貝直系同源基因構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)之前，我們會(huì)將一些出現(xiàn)頻率比較低的單拷貝直系同源基因過(guò)濾掉，這就需要先統(tǒng)計(jì)頻率了，這個(gè)腳本使用find函數(shù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)。
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合并單拷貝直系同源基因
當(dāng)我們提取完所有的單拷貝直系同源基因之后，需要把所有物種的同個(gè)基因復(fù)制到同一個(gè)fasta文件中，因此，寫(xiě)下了這個(gè)代碼，其中g(shù)ene_list.txt是所有的基因前綴，list...
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給系統(tǒng)樹(shù)的物種修改名稱(chēng)
構(gòu)建完系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)后，根據(jù)需要有些情況下需要對(duì)物種名稱(chēng)重命名，這個(gè)python腳本就是可以將rename.list中的對(duì)應(yīng)名稱(chēng)替換到tree中。
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統(tǒng)計(jì)序列的基礎(chǔ)信息
在把序列合并起來(lái)以后，如果要用于建樹(shù)的話，一般在此之前建議看一下序列的常規(guī)指數(shù)，比如序列的長(zhǎng)度、序列的配對(duì)相似度、序列的有效信息位點(diǎn)、還有序列的相對(duì)成分變異性，看看這些序列都...
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對(duì)BUSCO的結(jié)果進(jìn)行總結(jié)
平時(shí)我們對(duì)每個(gè)基因組做了BUSCO，但是官方提供的畫(huà)圖代碼很難用，所以決定自己提取出BUSCO的結(jié)果并進(jìn)行畫(huà)圖，這一串代碼就可以批量從BUSCO的結(jié)果中提取出我們想要的結(jié)果：
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整書(shū)翻譯的軟件推薦最近在讀一些全英文的書(shū)籍和文獻(xiàn)，這本書(shū)里邊有很多不熟悉的內(nèi)容，如果一句一句翻譯會(huì)很繁瑣，因此如果能夠一個(gè)整書(shū)翻譯的軟件就會(huì)顯得非常不錯(cuò)，而且不限制文件的大小！這個(gè)軟件叫bil...
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0 進(jìn)化基因組學(xué)——前言
統(tǒng)計(jì)和計(jì)算方法（第二版） 這本書(shū)的編輯Maria Anisimova，蘇黎世應(yīng)用科技大學(xué)生信研究中心的領(lǐng)導(dǎo)?？戳诉@本書(shū)的前言，感覺(jué)能組織起一批人寫(xiě)這樣一本書(shū)確實(shí)了不得，難怪N...
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Spades組裝中斷重啟
由于本人使用的服務(wù)器是大組公用服務(wù)器，所以經(jīng)常遇到斷網(wǎng)或者是死機(jī)的情況，spades的組裝時(shí)長(zhǎng)非常久，經(jīng)常遇到組裝一整天然后突然斷掉的情況，如果重新組裝的話就會(huì)比較費(fèi)時(shí)間。我...
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Mrbayes構(gòu)建貝葉斯樹(shù)復(fù)習(xí)
最近又重新構(gòu)建多片段的貝葉斯樹(shù)，對(duì)這些參數(shù)又有了新的理解，在此記錄，以備查詢(xún)。 多線程安裝 以前倒是寫(xiě)過(guò)多線程的安裝，不過(guò)都比較繁瑣，參考貝葉斯法構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)：MrBayes ...
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phytools祖先狀態(tài)重建
最近做了一個(gè)祖先狀態(tài)重建的工作，還是蠻有意思的。PS：需要說(shuō)一下的是，RASP的祖先狀態(tài)重建主要是分布區(qū)重建，用RASP的模型去做性狀重建會(huì)出現(xiàn)非常奇怪的結(jié)果，顧換成R語(yǔ)言來(lái)...
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主要關(guān)注于脊椎動(dòng)物適應(yīng)性進(jìn)化與比較基因組學(xué)研究<br>簡(jiǎn)書(shū)原賬號(hào)：WhyDoWeAge
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mamba極速安裝conda包
conda有的時(shí)候真是太慢了，無(wú)論怎么改鏡像，有的時(shí)候真的是慢的想讓我炸掉電腦（看著那個(gè)不斷旋轉(zhuǎn)的圈圈就是蛋疼無(wú)比）。所以就有人提出了解決方案，那就是mamba。 有的人可能...
