前言 之前我們介紹了maSigpro的基本建模方式：分析時(shí)間序列的RNA-seq tool[http://www.itdecent.cn/p/ad76dcfdf840]，這...
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maSigpro建模代碼分析之make.design.matrix -
circRNA鑒定工具之CIRCexplorer2環(huán)狀RNA的識(shí)別包含了序列比對(duì)和環(huán)狀RNA預(yù)測(cè)兩步，該軟件目前更新到了v2版本，相比v1版本，用法有較大變化。在v1版本中只支持tophat-fusion和STAR兩款軟件進(jìn)...
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circRNA鑒定工具之CIRIquant在RNA-seq中針對(duì)circRNA的鑒定與定量的綜合性分析方法——CIRIquant CIRIquant 與其他同類算法相比，其在鑒定circRNA的過程中降低了假陽性率。...
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circRNA差異分析工具: DEBKS獨(dú)特的環(huán)狀結(jié)構(gòu)讓二代測(cè)序較短的讀長(zhǎng)限制了對(duì)其鑒定以及定量，目前僅僅依靠其反向剪切序列；另外，環(huán)狀RNA的表達(dá)總是與來源基因（host gene）線性RNA的表達(dá)糾纏不清，讓我...
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eggnog-mapper功能注釋資料來源應(yīng)該是最好的eggnog-mapper功能注釋教程[http://www.itdecent.cn/p/e646c0fa6443] 1. eggnog-mapper介...
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circlize(R package) ：circRNA與其靶miRNA的可視化circRNA可以作為sponge吸附大量的miRNA，從而調(diào)控下游基因的表達(dá)。對(duì)circRNA-miRNA結(jié)合的可視化我們可以通過 circlize[https://jok...
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facet_wrap()與facet_grid()facet_grid()形成由行和列面化變量定義的面板矩陣。當(dāng)有兩個(gè)離散變量，并且這些變量的所有組合存在于數(shù)據(jù)中時(shí)，它是最有用的。如果只有一個(gè)具有多個(gè)級(jí)別的變量，請(qǐng)嘗試fac...
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R語言數(shù)據(jù)處理包dplyr、tidyr筆記
dplyr包是Hadley Wickham的新作，主要用于數(shù)據(jù)清洗和整理，該包專注dataframe數(shù)據(jù)格式，從而大幅提高了數(shù)據(jù)處理速度，并且提供了與其它數(shù)據(jù)庫的接口；tid...
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R將一列拆分為幾列的方法
例如我們需要將一下數(shù)據(jù)的第二列從and處拆分為兩列： attr type1 1 foo_and_bar2 30 foo_and_bar_23 ...
