前言 之前我們介紹了maSigpro的基本建模方式:分析時(shí)間序列的RNA-seq tool[http://www.itdecent.cn/p/ad76dcfdf840],這...
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環(huán)狀RNA的識(shí)別包含了序列比對(duì)和環(huán)狀RNA預(yù)測(cè)兩步,該軟件目前更新到了v2版本,相比v1版本,用法有較大變化。在v1版本中只支持tophat-fusion和STAR兩款軟件進(jìn)...
在RNA-seq中針對(duì)circRNA的鑒定與定量的綜合性分析方法——CIRIquant CIRIquant 與其他同類算法相比,其在鑒定circRNA的過程中降低了假陽性率。...
獨(dú)特的環(huán)狀結(jié)構(gòu)讓二代測(cè)序較短的讀長(zhǎng)限制了對(duì)其鑒定以及定量,目前僅僅依靠其反向剪切序列;另外,環(huán)狀RNA的表達(dá)總是與來源基因(host gene)線性RNA的表達(dá)糾纏不清,讓我...
資料來源應(yīng)該是最好的eggnog-mapper功能注釋教程[http://www.itdecent.cn/p/e646c0fa6443] 1. eggnog-mapper介...
circRNA可以作為sponge吸附大量的miRNA,從而調(diào)控下游基因的表達(dá)。對(duì)circRNA-miRNA結(jié)合的可視化我們可以通過 circlize[https://jok...
facet_grid()形成由行和列面化變量定義的面板矩陣。當(dāng)有兩個(gè)離散變量,并且這些變量的所有組合存在于數(shù)據(jù)中時(shí),它是最有用的。如果只有一個(gè)具有多個(gè)級(jí)別的變量,請(qǐng)嘗試fac...
dplyr包是Hadley Wickham的新作,主要用于數(shù)據(jù)清洗和整理,該包專注dataframe數(shù)據(jù)格式,從而大幅提高了數(shù)據(jù)處理速度,并且提供了與其它數(shù)據(jù)庫的接口;tid...
例如我們需要將一下數(shù)據(jù)的第二列從and處拆分為兩列: attr type1 1 foo_and_bar2 30 foo_and_bar_23 ...