需求 和這一篇的需求一致，不同公司的芯片原始數(shù)據(jù)處理方式也不同，最終都是為了得到表達矩陣，今天介紹的是illumina beadchip 芯片，用神奇的limma搞定它。找不...
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illumina beadchip 芯片原始數(shù)據(jù)處理 -
快捷查找KEGG里的通路和基因
需求 1.快捷查找ID對應的description，知道通路對應的編號是多少。2.找出某一個/幾個通路里的全部基因，用來做單獨的下游分析。 如果是要做KEGG的富集分析，cl...
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讓TCGA表達矩陣和臨床信息方便的匹配
0.背景 關于樣本id和分組信息：TCGA的樣本id里藏著分組信息[https://mp.weixin.qq.com/s/UohDh5fHkTPlwNp43ivWHg] TC...
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簡單高效滴處理R語言里的小數(shù)
舉個栗子 這是一組隨機數(shù)，假如需要把這樣的一組數(shù)字放在圖里，是需要整齊統(tǒng)一的顯示出來?；旧嫌袃煞N思路，一是保留相同的位數(shù)，二是用相同格式的科學計數(shù)法表示。 方法一：統(tǒng)一保留...
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哦，走開，你這個可惡的離群值1.離群值是啥子[http://222.70.95.243:6893/files/tmp/%E7%A6%BB%E7%BE%A4%E5%80%BC%EF%BC%8C%E6%88...
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按照熱圖聚類結果來給樣本分組1.需求 如圖，熱圖自帶聚類樹，將樣本(列)分成了三個簇。想要按照聚類的結果，獲取到 的信息，并將這個信息添加到熱圖上。 2.作圖的數(shù)據(jù) 輸入數(shù)據(jù)是個表達矩陣，行為基因，列為...
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emapplot-原來能用的函數(shù)，現(xiàn)在報錯了腫么辦emapplot是富集分析可視化的一種，展示有共同基因的通路，詳見：http://www.itdecent.cn/p/c45cc2e3890f[https://www.ji...
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讓我們蕩起雙槳，重新認識一下p值在正文之前先分享一點生活故事： 上周天傍晚，我閃著腰了，躺了一晚上不見好，發(fā)朋友圈尋醫(yī)問藥了： 因為做的是生信分享，我朋友圈里醫(yī)學生和醫(yī)生非常多，我想看他們怎么說。我收到了幾...
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相關性系數(shù)和它的朋友們本文內容是基于statquest-協(xié)方差與相關系數(shù)的學習筆記，介紹協(xié)方差、相關系數(shù)和R^1三個統(tǒng)計量，并添加了R語言實現(xiàn)，我知道一寫統(tǒng)計學就會閱讀量暴跌，沒人看就當寫給自己看...