需求 和這一篇的需求一致，不同公司的芯片原始數(shù)據(jù)處理方式也不同，最終都是為了得到表達(dá)矩陣，今天介紹的是illumina beadchip 芯片，用神奇的limma搞定它。找不...
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illumina beadchip 芯片原始數(shù)據(jù)處理 -
快捷查找KEGG里的通路和基因
需求 1.快捷查找ID對應(yīng)的description，知道通路對應(yīng)的編號是多少。2.找出某一個/幾個通路里的全部基因，用來做單獨(dú)的下游分析。 如果是要做KEGG的富集分析，cl...
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讓TCGA表達(dá)矩陣和臨床信息方便的匹配
0.背景 關(guān)于樣本id和分組信息：TCGA的樣本id里藏著分組信息[https://mp.weixin.qq.com/s/UohDh5fHkTPlwNp43ivWHg] TC...
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簡單高效滴處理R語言里的小數(shù)
舉個栗子 這是一組隨機(jī)數(shù)，假如需要把這樣的一組數(shù)字放在圖里，是需要整齊統(tǒng)一的顯示出來?；旧嫌袃煞N思路，一是保留相同的位數(shù)，二是用相同格式的科學(xué)計(jì)數(shù)法表示。 方法一：統(tǒng)一保留...
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哦，走開，你這個可惡的離群值1.離群值是啥子[http://222.70.95.243:6893/files/tmp/%E7%A6%BB%E7%BE%A4%E5%80%BC%EF%BC%8C%E6%88...
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按照熱圖聚類結(jié)果來給樣本分組1.需求 如圖，熱圖自帶聚類樹，將樣本(列)分成了三個簇。想要按照聚類的結(jié)果，獲取到 的信息，并將這個信息添加到熱圖上。 2.作圖的數(shù)據(jù) 輸入數(shù)據(jù)是個表達(dá)矩陣，行為基因，列為...
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emapplot-原來能用的函數(shù)，現(xiàn)在報錯了腫么辦emapplot是富集分析可視化的一種，展示有共同基因的通路，詳見：http://www.itdecent.cn/p/c45cc2e3890f[https://www.ji...
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讓我們蕩起雙槳，重新認(rèn)識一下p值在正文之前先分享一點(diǎn)生活故事： 上周天傍晚，我閃著腰了，躺了一晚上不見好，發(fā)朋友圈尋醫(yī)問藥了： 因?yàn)樽龅氖巧欧窒?，我朋友圈里醫(yī)學(xué)生和醫(yī)生非常多，我想看他們怎么說。我收到了幾...
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相關(guān)性系數(shù)和它的朋友們本文內(nèi)容是基于statquest-協(xié)方差與相關(guān)系數(shù)的學(xué)習(xí)筆記，介紹協(xié)方差、相關(guān)系數(shù)和R^1三個統(tǒng)計(jì)量，并添加了R語言實(shí)現(xiàn)，我知道一寫統(tǒng)計(jì)學(xué)就會閱讀量暴跌，沒人看就當(dāng)寫給自己看...
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上下調(diào)基因分別富集，也能一起畫圖雙向富集分析圖 1.需求 上下調(diào)基因分別富集分析，把結(jié)果放在一張圖上: 2.示例數(shù)據(jù)和r包準(zhǔn)備 模擬的是kegg的富集結(jié)果，編了一個數(shù)據(jù)。p是p值。畫圖的時候用-log10(...
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即使你不normal，平均值也normal--神奇的中心極限定理0.寫在前面 統(tǒng)計(jì)學(xué)知識刷起來。其實(shí)這又是一個系列，晦澀難懂沒人看的那種。但這樣的知識確實(shí)非常有價值，能夠帶給我以及認(rèn)真學(xué)習(xí)的讀者們實(shí)打?qū)嵉倪M(jìn)步，所以不管閱讀量高低，我都寫。...
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披著ggplot皮的pheatmap,深夜激動更新我的包0.寫在前面 從我學(xué)生信開始，畫熱圖用的就是pheatmap，有時復(fù)雜化的需求會用到ComplexHeatmap。作為R語言畫圖的絕對霸主，ggplot2的熱圖卻無法在熱圖的...
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KEGG、GO富集分析與GSEA并不是二選一最廣為人知的富集分析做法是把上調(diào)、下調(diào)基因分別或者合并，拿來做GO和KEGG富集分析。經(jīng)常有一些數(shù)據(jù)集，拿差異基因做得不到結(jié)果，那是因?yàn)榇_實(shí)富集不到任何通路，是正常的。不妨試...
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你知道韋恩圖管誰叫大哥不？臨近國慶節(jié)啦，花花9月19號上完了9月的線上課，飛回自己家里當(dāng)廢物啦（不要問我為什么不帶豆豆，回家當(dāng)廢物怎么能帶豆豆呢，帶了豆豆還怎么當(dāng)廢物呢）何況豆豆是一個要按時按點(diǎn)上班的...
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模型不如意十之八九，可拿出手無二三今天又來開放性討論啦。最近做了一個TCGA的數(shù)據(jù)分析，走到最后多因素cox模型構(gòu)建這一步了，選擇了三個基因，對數(shù)據(jù)集劃分了高低風(fēng)險，C-index值和timeROC計(jì)算的AU...
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棒棒糖圖，好吃也好用0. 需求 群里看到學(xué)員求助一個圖，畫它。 其實(shí)就是個點(diǎn)圖加棍，棒棒糖圖。找到了示例數(shù)據(jù)和代碼： https://www.r-graph-gallery.com/301-cu...
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單細(xì)胞交響樂29-實(shí)戰(zhàn)十二 10X 小鼠嵌合體胚胎劉小澤寫于2020.7.21為何取名叫“交響樂”？因?yàn)閱渭?xì)胞分析就像一個大樂團(tuán)，需要各個流程的協(xié)同配合單細(xì)胞交響樂1-常用的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)SingleCellExperiment單...
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弦圖，管他中不中用，反正高大上0.準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù) 可以是矩陣 行是一邊，列是一邊，矩陣正文的數(shù)字表示連接的強(qiáng)度。 可以是tidy數(shù)據(jù)框 一行是一個連接關(guān)系，第一列和第二列是要連接的兩邊，第三列是連接的強(qiáng)度。...
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