Counts值 對給定的基因組參考區(qū)域，計算比對上的read數(shù)，又稱為raw count（RC）。計數(shù)結(jié)果的差異的影響因素：落在參考區(qū)域上下限的read是否需要被統(tǒng)計，按照什...
發(fā)簡信
IP屬地：山西
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轉(zhuǎn)錄組分析1——原始數(shù)據(jù)以及過濾 -
周運來，男，長大了才會遇到的帥哥，穩(wěn)健，瀟灑，大方，靠譜。一段生信緣，一棵技能樹。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人，簡書創(chuàng)作者，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
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R語言分組箱線圖添加顯著性標(biāo)記簡單小例子部分示例數(shù)據(jù)如下 第一列是數(shù)值 第二列是處理一-第三列是處理二 最終出圖如下 這里自動做統(tǒng)計檢驗的函數(shù)是 stat_compare_means() 首先是做箱線圖和小提琴圖的...
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使用R語言中的corrplot來繪制相關(guān)系數(shù)矩陣熱圖R語言也是目前常用的數(shù)據(jù)分析編程語言之一，目前經(jīng)過使用者、科學(xué)家們的開發(fā)，其功能也比較強大。本文就使用R語言中的corrplot來繪制相關(guān)系數(shù)矩陣熱圖進行介紹。 下面以波士頓...
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基因表達相關(guān)性也可以用弦圖可視化（R語言）表達譜分析中，經(jīng)常會使用到相關(guān)性分析，探索一組基因間的共表達特征。例如，這些基因間的表達是否存在較強的協(xié)同性，一個基因表達值的改變是否與另一個基因表達值改變顯著相關(guān)，它們之間...
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富集分析后的結(jié)果如何畫chord弦狀圖
Chord Diagram弦狀圖-用來畫富集分析的結(jié)果 前面看的文獻中，有一個很漂亮的圈圖，https://mp.weixin.qq.com/s/NIqSTvJ916ZGk_...
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謝謝！用方法三得到了！太感謝了！
GO和KEGG富集結(jié)果如何顯示基因symbol
前面在講GO和KEGG富集倍數(shù)（Fold Enrichment）如何計算[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin....
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GO和KEGG富集結(jié)果如何顯示基因symbol
前面在講GO和KEGG富集倍數(shù)（Fold Enrichment）如何計算[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin....
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基因相關(guān)性+藥物敏感性分析①高低風(fēng)險組某基因表達量差異分析 ②藥物敏感性分析 安裝 pRRophetic 包，首先要安裝它的依賴包 依賴包安裝成功后，從本地安裝pRRophetic壓縮包 安裝好之后我...
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中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院-基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)博士在讀<br>歡迎關(guān)注個人公眾號<br><br>公眾號：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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一文讀懂R語言corrplot相關(guān)熱圖分析及美化?。。。ǜ綀D詳解，建議收藏）
gzh原文點我，歡迎同時關(guān)注[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIwODAxMzc5Mw==&mid=2247489477&idx=1&s...
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GO,KEGG,GSEA區(qū)別（轉(zhuǎn)）
GO富集分析、KEGG富集分析和GSEA的區(qū)別 - 知乎 (zhihu.com)[https://zhuanlan.zhihu.com/p/481189718]https:/...
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多因素Cox回歸分析（轉(zhuǎn)載）原貼：https://blog.csdn.net/weixin_46500027/article/details/124554798[https://blog.csdn.ne...
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找到原因啦。因為gene_list里的基因不在expSet里面
生存分析KM-plot多圖拼圖
做多個基因的KM-plot時，每個基因會生成一個KM-plot，會涉及到拼圖，主要是利用survminer包里面的arrange_ggsurvplots函數(shù)。在這里以TCGA...
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請幫我看下，為啥運行下面會出現(xiàn)error? 謝謝啦
Error in exprSet[g, ] : subscript out of bounds
> for(i in 1:length(gene_list)){
+ x = meta
+ g = gene_list[i]
+ x$gene = ifelse(exprSet[g,]> median(exprSet[g,]),'high','low')
+ sfit1 = survfit(Surv(time, event) ~gene, data = x)
+ splots[[i]] = ggsurvplot(sfit1, pval = TRUE, palette = "jco",
+ data = x, legend = c(0.8, 0.8),
+ title =gene_list[i],risk.table = T)
+ }
Error in exprSet[g, ] : subscript out of bounds生存分析KM-plot多圖拼圖
做多個基因的KM-plot時，每個基因會生成一個KM-plot，會涉及到拼圖，主要是利用survminer包里面的arrange_ggsurvplots函數(shù)。在這里以TCGA...
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問下，這一句genelist=c('TSPAN6','TNMD','DPM1','SCYL3')里面是不是gene_list? 下面出現(xiàn)的都是gene_list呢?
生存分析KM-plot多圖拼圖
做多個基因的KM-plot時，每個基因會生成一個KM-plot，會涉及到拼圖，主要是利用survminer包里面的arrange_ggsurvplots函數(shù)。在這里以TCGA...
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